走近NCBI(上)

美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information),简称NCBI,是由美国国立卫生研究院于1988年创办。NCBI作为大名鼎鼎的科研信息数据库,功能强大到无微不至,如文献检索、基因序列查询、质粒图谱、序列对比、查原始数据等。因而,对该数据库的合理使用无疑会让科研工作者们在科研路上如虎添翼。

下面将对NCBI的各种强大功能一一介绍:

01

利用PuMmed检索文献

PubMed覆盖了全世界70多个国家4300多种主要生物医学期刊的摘要和部分全文。其覆盖的时间段也非常长,早的可以追溯到20世纪60年代,最新的几乎就在此时此刻。

在检索框内输入查询词(如WHEAT),再单击“search”进行检索。此时检索结果是以summary形式显示的,即只显示题目、作者及文章来源等简单信息。单击“Format”按钮即可选择以其他形式显示检索结果。同时还可以通过单击“Sort by”和“Per page”来限制细化检索条件或调整每页显示的文献数。

另外,PubMed也提供高级检索(Advanced),方便用户精确查到自己心仪的文章。在ALL Fileds中选择一个检索字段,在右侧输入框中输入检索词或检索式,点击右侧“show index list”,则系统显示相应字段的索引词列表。点击一个索引词,被选中的索引词会自动粘贴在提问框。

02

利用Genome、Nucleotide查找基因序列

基因组全序列:通过Genome数据库实现。

在搜索栏中输入想查找的物种的名字(以果蝇fruit fly为例)。检索后选择想要的具体物种名称,进入链接查看详情。

页面右侧的两个链接通往NCBI的其他数据库,在这里你可以下载物种的全基因组文件等。

质粒或某段基因序列:通过Nucleotide功能实现

在搜索栏中输入想查找的质粒或基因的名字(以pUC19质粒为例)。检索后选择相应链接进入。

进入后即可看到pUC19全序列及其描述,包括某段序列的具体功能等。单击“FEATURES”中蓝色的部分,对应的序列会在下方全序列中变色,方便查看。

信知团队 ALD |供稿

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  • 原文链接https://kuaibao.qq.com/s/20180710G0XN5X00?refer=cp_1026
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