RDkit 1-简单笔记

参考资料:http://www.rdkit.org/docs/Install.html

Rdkit是化学信息学非常重要的一个跨平台的包,主要用来小分子配体的相关操作,个人非常喜欢,仅次于Openbabel。

安装

这里简单介绍conda安装方法

读写分子

阅读单个分子

主要的模块为

写入分子

可以更改为标准写法

利用python写入分子:

修饰分子

加氢

同样可以移除氢

2D分子执行描述

3D分子执行描述

Rdkit 一般的方法为粗略生成3D坐标然后用UFF力场修饰。最近有Riniker 和Landrum使用CSD数据库进行转角搜寻,从而减小了最小化步骤

绘画分子

可以使用 包进行绘画:

子结构搜索

化学转换

子结构的转换

删除子结构

替换子结构这里暂时没理解

寻找最大的共同结构

使用FindMCS功能函数,MCS为maximum common substructure的缩写

指纹印记和分子相似度

RDKit能够生成分子印记并且用于计算相似度

拓扑印记

默认的相似度算法为Tanimoto相似,可用的相似包括Tanimoto,Dice,Cosine,Sokal,Russel,Kulczynski,McConnaughey和Tversky

Morgan 印记

使用时需要指定印记半径

生成分子相似图谱

使用 模块

化学功能和药效团

化学功能

首先需要构建自己的功能工厂

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  • 原文链接https://kuaibao.qq.com/s/20180725G1SQG400?refer=cp_1026
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