如何进行小麦基因功能研究-2

今天小编继续跟大家学习Uauy老师的这篇论文:如何进行小麦基因功能学研究。

上次我们已经解读了第一,二部分,介绍了一些基本背景和和小麦序列组装的知识。小编尤其感谢Mustela和李磊两位老师在评论区对同源基因相关知识的指正和补充。关于这个问题,EnsemblPlants上有非常详细的解释和图列(https://www.ensembl.org/info/genome/compara/homology_types.html),我发现这个问题不仅仅只是一些定义而已,弄懂这几个词的关系和区别对于开展比较基因组学或者小麦中基因功能的研究还是很有必要的,小编会择机详解。

今天我们介绍文章的第三,四部分:

3. 查找小麦里的同源基因

首先,我们进入EnsemblPlants的小麦页面:http://plants.ensembl.org/Triticum_aestivum/Info/Index。然后在页面左下方会看到Comparative genomics这个功能:

点击Example gene tree, 这里是以3D染色体上的一个gene做为例子:

这个是Summary table,下面还有很多有用的信息,其中也包括gene tree.

相关的详细使用教程可以在EnsemblPlants的网站或www.wheat-training.com上找到。

接下来小编把上边这个wheat training的网站跟大家介绍一下,这个网站包罗万象,不管是哪个水平的研究者都会找到有价值的内容。这是网站的主页:

Genomic resources包含的这六个板块非常值得大家去浏览。当然我们看多了就会发现原来核心的数据库也就那么几个,各种网站都只是各种总结和链接。但是从不同角度多浏览几遍可以让大家融会贯通,对各种数据库又更全面的理解。

Here we describe some of the genomic resources available for hexaploid wheat.

This section describes the wheat genome assemblies available, gene models, using EnsemblPlants to access wheat data, accessing wheat expression data, finding variation data and finding the wheat orthologue of genes from other species.

然后也包含非常多有用的PDF教程:

Wheat growth:

Introduction to wheat /Wheat development /How to grow wheat /How to cross wheat /Glossary

Genomic resources:

Genome assemblies /Gene models /Using EnsemblPlants /Expression data

Variation data /Finding wheat orthologues /How to use Polymarker /How to use Ensembl Biomart

最后是我们公众号以前推送过的相关内容,绝对都是干货:

4. 表达数据

确定候选基因的表达时间和地点是研究一个基因的起点。当然,表达信息也可以帮助缩小QTL区间内候选基因的范围,也可以帮助预测一个基因家族成员的功能。这里介绍两个数据库:WheatExphttps://wheat.pw.usda.gov/WheatExp和expVIPhttp://www.wheat-expression.com, (Pearce等,2015;Borrill等,2016)。不过这两个数据库我们以前的推送已经详细的介绍过了:

这篇推送就包括上边两个数据库,虽然现在WheatExp还没有根据RefSeq 1.0/1.1来更新,但根据我了解,这个网站不久还会增加一批新的数据,所以这个网站还是值得关注的!

这篇推送又一次介绍了expVIP,而且还另外介绍了一个基因表达数据库:Wheat eFP Browser可以将基因的表达画在小麦22个组织上。这个数据库来源于210 samples from one cultivar and corresponds to 70 tissue*timepoints x 3 重复。而且所有表达都根据RefSeq 1.0/1.1来做注释。

另外,以下两篇推送是我们创始小编在公众号最开始的时候写的两篇文章,虽然内容简单,但满满都是干货:

在阅读以往推送的时候,发现我们的小编曾经推荐过一本好书,生物信息学刚刚入门的朋友可以考虑:比如什么是BLAST(BasicLocal Alignment Search Tool),以及BLAST包含的几种种类(blastn,blastp,blastx等等)

“这里还是要说句题外话,那就是对于blast工具以及结果的了解这里并没有介绍,大家可以在网上搜索各种教程进行了解,其中樊龙江主编的《生物信息学》中有详细介绍,建议打算学习生物信息学的小伙伴可以买一本来学习。”

  • 发表于:
  • 原文链接https://kuaibao.qq.com/s/20180924B095O500?refer=cp_1026
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