科研技能训练营正式加入中山医院研究生会学术季的豪华大礼包啦!

很多小伙伴冒雨来听课,教室里座无虚席,

看来大家对学习充满了热情呐~

两个半小时的数据挖掘课

听完是不是摸不着头脑呢?

咦~怎么就好了!

咦~这是什么神奇操作!

咦~我是谁 我在哪!

敲黑板啦! 来看课代表笔记啦!

· 数据库:TCGA数据库(主要是肿瘤数据库)

· 数据类型:临床数据,mRNA , microRNA, 蛋白,甲基化

· 必备软件: perl + R安装包+R studio +cytoscape(官网可下载,注意区分windows 及mac版本)

· 下载方式:1.官网

是不是想通通加入购物车呐~

TIPS:

1.分别勾选下载gene expression 和miRNA;

2.在cart中,manifest和metadata都要下载哦

3.如果文件太大,需要使用命令下载(详见pdf)

如何构建miRNA与mRNA之间的联系

方法一:做实验

方法二:基于数据库(常用的数据库:miRDB, miRTarBase, TargetScan)

· 优点:简单快捷

· 缺点:1.3p,5p缺失(通过 StarBase补齐);

2.假阳性率高(可以通过多个数据可交集)

3.批量操作(通过编程)

方法三:WGCNA(权重基因共表达网络分析)

基本网络概念:

点---节点,如基因;边---基因间调控关系;

无尺度网络(有核心基因)VS 随机网络(各个基因权重相似)

构建网络理论基础:

基因表达矩阵→相关矩阵→邻接矩阵→TOM矩阵(直接相关,间接相关)→确定模块

哒哒~图就画好啦

算啦算啦 听不懂,还是自己去看豪斯医生的PPT吧,要按照操作自己做一遍哦~

!!以下高能!!

*加医学方客服微信获取课程PPT及相关R语言包。

下次的科研技能的课程是临床预测模型构建与分析,keep watching ~

文稿:中山医院研究生会学术部 (王璐)

排版:中山医院研究生会新媒体部(于洁)

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  • 原文链接https://kuaibao.qq.com/s/20181027F0WKD400?refer=cp_1026
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