科研技能训练营正式加入中山医院研究生会学术季的豪华大礼包啦！

很多小伙伴冒雨来听课，教室里座无虚席，

看来大家对学习充满了热情呐~

两个半小时的数据挖掘课

听完是不是摸不着头脑呢？

咦~怎么就好了！

咦~这是什么神奇操作！

咦~我是谁 我在哪！

敲黑板啦! 来看课代表笔记啦！

· 数据库：TCGA数据库（主要是肿瘤数据库）

· 数据类型：临床数据，mRNA , microRNA, 蛋白，甲基化

· 必备软件： perl + R安装包+R studio +cytoscape（官网可下载，注意区分windows 及mac版本）

· 下载方式：1.官网

是不是想通通加入购物车呐~

TIPS:

1.分别勾选下载gene expression 和miRNA;

2.在cart中，manifest和metadata都要下载哦

3.如果文件太大，需要使用命令下载（详见pdf）

如何构建miRNA与mRNA之间的联系

方法一：做实验

方法二：基于数据库（常用的数据库：miRDB, miRTarBase, TargetScan）

· 优点：简单快捷

· 缺点：1.3p，5p缺失（通过 StarBase补齐）；

2.假阳性率高（可以通过多个数据可交集）

3.批量操作（通过编程）

方法三：WGCNA（权重基因共表达网络分析）

基本网络概念：

点---节点，如基因；边---基因间调控关系；

无尺度网络（有核心基因）VS 随机网络（各个基因权重相似）

构建网络理论基础：

基因表达矩阵→相关矩阵→邻接矩阵→TOM矩阵(直接相关，间接相关)→确定模块

哒哒~图就画好啦

算啦算啦 听不懂，还是自己去看豪斯医生的PPT吧，要按照操作自己做一遍哦~

！！以下高能！！

*加医学方客服微信获取课程PPT及相关R语言包。

下次的科研技能的课程是临床预测模型构建与分析，keep watching ~

文稿：中山医院研究生会学术部 （王璐）

排版：中山医院研究生会新媒体部（于洁）