5分钟一个课题设计,10分钟一篇生信文章

每年年底对科研汪意味着什么呢?开题报告、结题报告、基金标书、选刊投稿。

相信大家都各有各的喜悦和苦恼,苦恼啥呢?太多了。

咱们今天就来关注一下科研汪比较头大的课题设计和数据挖掘,这也是开题报告和基金申请中最重要的一部分了。

咱们就介绍的神器的网站叫做circlncRNAnet,一个自诩碾压所有非编码RNA数据库的网站,其实刚开始师兄是不信,看着看着就跪了。

教大家如何10分钟就找到课题设计思路,甚至做出一篇生信文章的素材。

(1)数据库网址

首先来看下它的网站首页

http://app.cgu.edu.tw/circlnc/

有三种分析的选项,咱们首先来试试“lncRNA-TCGA”,基于TCGA数据库,类似这种功能的数据库也是不少的,像CRN、cbioportal等,不过绝对没有这个好用。

(2)选择疾病类型,Start!

咱们看到,有多达20个肿瘤类型,咱们随手点开“BRCA(Breast Invasive Carcinoma )”

(3)不需要R,不需要别人帮忙,一键分析

然后乳腺癌的样本分析就出来了!就出来了!

咱们只需要选择“LogFC”“P值”来初筛一下基因(有些童鞋表示这种小儿科寡人也会),然后你点击“CSV”就可以下载到自己桌面了。

(4)课题设计选lncRNA分子

但是lncRNA依然很多啊,怎么办,那咱们就调整筛选条件,至于是logFC=8还是20,你看着办吧

例如咱们提高筛选标准后,就出现了少数几个lncRNA了,那咱们自己查下信息,认为重要的那个或者几个(请注意,可以多选哦)

这个时候浏览器再次进入假死状态,请记住是假死,不是真死!不要暴躁地摔电脑!

(5)5分钟之后.......

等待了5分钟之后,分析的结果出来了,看看都有什么

① LncRNA在组织中表达水平箱式图

② LncRNA和共表达靶基因的共表达散点图

③ 共表达基因的热图、GO注释和KEGG富集

④ 共表达基因的Circos图

⑤ LncRNA-RBP网络图

⑥ LncRNA-miRNA网络图

呵呵,生信文章可以写写了

(6)lncRNA互作关系可下载

这些图有时候很慢才出来,要有耐心(阴险脸)

喜欢lncRNA和miRNA互作的胖友有福了,一键下载有木有!

想要研究lncRNA的结合蛋白RBP的胖友有福了,一键下载有木有!

(7)生存分析曲线

(8)可DIY分析自己的芯片或者测序数据

另外这个网站也给咱们提供了分析自己lnc、circ芯片或者测序数据的选项

Demo file的样子如下,你需要首先区分开编码的和非编码的RNA,分别导入txt格式

circlncRNAnet自诩碾压以下所有数据库:

什么Starbase、NONCODE、miRanda、lncRNA2Function、Co-LncRNA、lncRNA2Target、LNCipedia、lncPro、Circ2Traits、CircNet等等,反正就是给人的感觉,没有一个其他数据库是它看得上的(哭脸)。

  • 发表于:
  • 原文链接:http://kuaibao.qq.com/s/20180119B03IJJ00?refer=cp_1026

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