分享一个单细胞测序数据库

近期在Nucleic acids research上发表的文献中介绍了一种癌症细胞功能相关的单细胞测序数据库。该数据库旨在为癌症异质性研究提供可视化的数据支持。

该项研究结果发表于

Nucleic acids research

文献重点介绍了数据库的数据收集和处理流程以及用户界面功能。用户既可以通过特定基因研究相关细胞功能或从细胞功能开始研究相关基因,也可以总览和下载数据库中收录的所有原始数据。

数据库的数据收集和处理流程以及用户界面功能示意图

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从细胞功能到基因

进入官网主页后点击特定功能,如metastasis,可以查询不同癌症单细胞测序研究中和细胞转移相关的基因,并追溯数据的来源:

(注* 官网网址:http://biocc.hrbmu.edu.cn/CancerSEA/ )

数据库主页

多种癌种中所有和转移相关的单细胞测序数据结果

此外数据库还能显示和细胞转移相关的所有PCG(protein-coding genes)和lncRNA结果并关联GO和KEGG的信号通路分析结果:

癌细胞功能相关PCG、lncRNA和信号通路

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从基因发掘相关细胞功能

该数据库支持单个基因、癌种和功能、基因集三种搜索方式,提供了丰富的数据检索方式:

网站搜索界面

搜索结果会匹配关键词与不同癌种、不同细胞功能的相关性,给出可视化的点状图:

相关性匹配结果

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数据总览

所有收录的数据均可溯源并浏览下载原始数据,亦可在线浏览包含PCG、lncRNA、拷贝数突变等可视化数据:

总览页面下包含所有收录数据的导航

基于PCG、lncRNA表达、基因拷贝数突变的可视化图表

单细胞测序技术将有力推动癌症异质性研究。可预见未来中海量相关数据涌现的趋势下,高度可视化和频繁更新的数据库会是研究者非常可靠的工具。

参考文献:

Yuan Het al,CancerSEA: a cancer single-cell state atlas, Nucleic Acids Re (2018).

Doi:10.1093/nar/gky939

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