零基础R语言绘制热图

我们平时看文献的时候会看到各种好看的热图,瞬间觉得逼格就上来了,官方解释:热图可以简单地聚合大量数据,并使用一种渐进的色带来优雅地表现出来,可以很直观地展现空间数据的相对大小。其实热图的绘制并不难,看完这篇文章,你也可以画出好看的热图。准备好了吗,是时候展现真正的技术了。

之前的文章已经给大家讲过怎么安装R语言了,这里就不多赘述了。

第一步安装:

这里稍微给大家介绍一下RColorBrewer包:RColorBrewer is an R package that allows users to create colourful graphs with pre-made color palettes.为什么要使用它,是因为他艳丽及丰富的配色深深的把小编吸引住了,这么好的东西一定要分享给大家。他有三个配色。大家可以根据情况使用。

第二步读取数据:

首先我们来看一下数据的格式,第一行为样品名称,第一列为基因名称。

第三步查看数据分布:

第四步画图:

最后查看结果:

最后总结一下常用参数的设置:

treeheight_row设置row方向的聚类树高

treeheight_col设置col方向的聚类树高

cellheight表示每个单元格的高度

cellwidth表示每个单元格的宽度

display_numbers表示是否将数值显示在热图的格子中(T/F)。

fontsize表示热图中字体显示的大小

number_color设置显示内容的颜色

这样运行的结果如下:

今天就分享到这里,有什么问题留言吧!

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