师妹总结：做生信不可不知的anaconda使用指南

anaconda使用教程

刚开始接触生信的小伙伴们，一定都有安装和使用anaconda的各种迷惑。他的功能，正如anaconda的中文释义——蟒蛇，强大到“可怕”。今天，让我们一起来简易入门conda使用吧！

一、什么是Anaconda？

1. 简介

Anaconda（官方网站）是可以便捷获取并管理包，同时对环境可以统一管理的发行版本。包含conda、Python在内的超过180个科学包及其依赖项。

2. Anaconda、conda、pip的区别

Anaconda

Anaconda是一个包含180+的科学包及其依赖项的发行版本。其包含的科学包有：conda, numpy, scipy, ipython notebook等。

conda

conda是包及其依赖项和环境的管理工具。

▪适用语言：Python, R, Ruby, Lua, Scala, Java, JavaScript, C/C++, FORTRAN。

▪适用平台：Windows, macOS, Linux

▪ conda包和环境管理器包含于Anaconda的所有版本当中。

pip

pip是用于安装和管理软件包的包管理器。编写的语言为python

▪ Python中默认安装的版本：

Python 2.7.9及后续版本：默认安装，命令为pip

Python 3.4及后续版本：默认安装，命令为pip3

二、Anaconda的适用平台、安装和使用

1. 适用平台

▪ Windows

▪ macOS

▪ Linux（x86 / Power8）

2. 安装条件

▪系统要求：32位或64位系统均可

▪下载文件大小：约500MB

▪所需空间大小：3GB空间大小（Miniconda仅需400MB空间）

3. 安装步骤（以linux系统为例）

1. 前往官方下载页面（https://www.anaconda.com/products/individual#linux）下载

$ wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2020.07-Linux-x86_64.sh

2. 安装命令

$ chmod 777 Anaconda3-2020.07-Linux-x86_64.sh #赋予执行权$ bash Anaconda3-2020.07-Linux-x86_64.sh #运行

一般一路yes就好，安装器若提示“Do you wish the installer to prepend the Anaconda install location to PATH in your /home//.bashrc ?”，建议输入“yes”。

注意：

路径 /home//.bashrc 中 “” 即进入到家目录后你的目录名。

如果输入“no”，则需要手动添加路径，否则conda将无法正常运行。

当看到“Thank you for installing Anaconda!”则说明已经成功完成安装。

在终端中输入 source ~/.bashrc 可完成启动，即出现（base）字样。

3. 验证安装

在终端中输入命令 condallist ，如果Anaconda被成功安装，则会显示已经安装的包名和版本号。

在终端中输入 python 。若成功安装并且可以运行，则将会在Python版本号的右边显示“Anaconda custom (64-bit)”。退出Python交互界面则输入 exit() 或 quit() 即可。

4. 简易入门

创建conda环境

Base是conda的基本环境，有些安装软件的依赖包在base环境中会被降级。出于各种软件依赖包的版本问题，我们非常需要创建小环境来管理我们的软件。

查看当前存在的环境conda env list 或者 conda info –envs

创建新环境

conda create -n name python=2# -n: 设置新的环境的名字# python=2 指定新环境的python的版本，非必须参数

输入conda activate name 就可以激活新环境啦

退出环境conda deactivate

删除环境 conda remove -n myenv --all

重命名环境事实上conda没有这样的功能，但是可以参考以上两步实现

conda create -npython2 --clone py2conda remove -npy2 --all

添加频道

添加频道的作用可以理解为：安装conda等于买了一台电视机，想要看节目还是得添加频道

官方channel

conda config --add channels biocondaconda config --add channels conda-forge

显示安装的频道

conda config --set show_channel_urls yes

查看已经添加的channels

conda config --get channels

已添加的channel在哪里查看

cat ~/.condarc

常用的conda源

conda config--add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

conda config --add channelshttps://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/

更多channel地址可以参考https://mirrors.bfsu.edu.cn/help/anaconda/

利用conda安装生物信息软件

conda install tools-name

当conda安装不了时，说明当前的软件库没有对应资源

查找软件

anaconda search -t conda entrez-direct

找到要安装的版本

anaconda show bioconda/entrez-direct

安装

conda install --channel https://conda.anaconda.org/bioconda entrez-direct

安装完成后，可以用“which软件名”来查看该软件安装的位置：whichname

查看已安装的软件：

conda list

更新软件：

conda update name

卸载指定软件：

conda remove name

退出conda环境：

conda deactivate

今天的简易入门教程就到这里啦，祝各位小伙伴们使用愉快，安全顺利无bug!!（手动狗头！）