总架构师主要负责设计系统的技术架构,确保系统的可扩展性和可维护性。而CTO则负责制定和执行公司的技术战略,支持公司的业务目标,并管理技术团队。两者在职责和职能上有一定的区别,但同时也需要紧密合作,以确保技术和业务的协同发展。