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S4类是R语言中一种更为严格和复杂的面向对象编程方式。与更简单的S3类相比,S4类提供了更高的灵活性和严格性,适用于需要明确结构的复杂数据和应用场景。
读写过程中需要将一个GSE数据集中多个样本的seurat对象合并成一个大的seurat对象
书接上回,已经做好数据质控、过滤、去批次、降维聚类分群后,接下来就是进行细胞注释方面的工作
如果一个数据集我们采用了两种方法对其进行了分析,可采用如下方法比较两个Seurat分析结果中细胞簇和细胞类型的对应关系。
刚开始做单细胞测序的下游分析时,常用的是官方文档提供的pbmc3K数据集,但是我对注释出来的细胞类型缺乏相应的背景知识,对单细胞测序背后的生物学意义也很模糊,这...
Seurat里的FindClusters函数设置的resolution数值越大,分群的数量就越多,但是当单细胞数量太多的时候,会遇到resolution再变大,...
现在的单细胞测序很少是单个样本测序了,一般是多个样本。这里用ifnb.SeuratData包中的ifnb示例数据来模拟单细胞测序多样本分析流程。
参考官方文档:https://satijalab.org/seurat/articles/pbmc3k_tutorial
拟时序分析(Pseudotime Analysis)在单细胞测序(Single-cell RNA-seq)中是一个重要的分析步骤,主要用于研究细胞在发育过程或其...
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TA 很懒,什么都没有留下╮(╯_╰)╭