构象搜索案例(Hyperchem)

在这里抛砖引玉,以教科书上的环己烯为例,讲述构象搜索(confromation search)的使用。其实不光Hypercherm可以,Avogadro也可以而且是免费的。教程使用hyperchem只因为界面容易操作。

  1. 画出饱和的六元环,即环己烯结构。根据教科书的知识,环己烯有boat和chair两种构型,通常我们通过软件建模能得到最稳定的chair式,难以得到boat。
  2. 选中四个碳原子,选择菜单select--name selection--other,填上标示名字TORSION1(自己命名)
  3. 菜单compute--conformational search,在构想搜索的窗口选择Options菜单, choosetorsion选中并加入刚才命名的torsion
  1. 菜单Option--define ring(定义环状结构部分)
  1. 菜单run--start,花上一点时间等等,boat chair 两种构型都出现在搜索列表了。明显chair能量比boat低,而且随机搜索到的次数要多很多
  1. 选中构象前的序号,然后put molecular就可以看到相应的结构了。

构象搜索是QSAR以及量化计算前的重要准备工作,关键是体现搜索的思路。

原文发布于微信公众号 - 分子生物和分子模拟计算(bio-simulation)

原文发表时间:2017-02-13

本文参与腾讯云自媒体分享计划,欢迎正在阅读的你也加入,一起分享。

发表于

我来说两句

0 条评论
登录 后参与评论

相关文章

来自专栏人工智能LeadAI

TensorFlow会话的配置项

01 TensorFlow配置项的文档位于这里 TensorFlow可以通过指定配置项,来配置需要运行的会话,示例代码如下: run_config = tf.C...

5234
来自专栏计算机视觉与深度学习基础

Leetcode 62 Unique Paths

A robot is located at the top-left corner of a m x n grid (marked 'Start' in th...

2278
来自专栏debugeeker的专栏

《coredump问题原理探究》windows版5.1节基本数据类型

版权声明:本文为博主原创文章,未经博主允许不得转载。 https://blog.csdn.net/xuzhina/article/detai...

853
来自专栏算法channel

TensorFlow笔记|Get Started

本系列推送主要参考: Stanford University CS20SI: Tensorflow for Deep Learning Research. Te...

3658
来自专栏我的博客

TP入门第六天

1、模型 模型类一般位于项目的Lib/Model目录下面,当我们创建一个UserModel类的时候,其实已经遵循了系统的约定。模型类的命名规则是除去表前缀的数据...

42811
来自专栏进击的程序猿

raft 系列解读(4) 之 etcd-raft学习

大多数Raft的实现都是整体设计,包括存储处理,消息序列化和网络传输,但是本raft库在实现的时候只实现了最核心的算法,换来了灵活性和性能,网络和disk IO...

1374
来自专栏cloudskyme

设计模式(5)-己所不欲,施之于人(代理模式)

什么是代理?在我们的日常生活中的例子非常多。 比如上网有的时候使用代理服务器,通过代理上网,这就是代理的一个非常常见的例子。 从这里边可以看到3个对象:真实网路...

3424
来自专栏逸鹏说道

C# 温故而知新:Stream篇(七)

NetworkStream 目录: NetworkStream的作用 简单介绍下TCP/IP 协议和相关层次 简单说明下 TCP和UDP的区别 简单介绍下套接字...

3055
来自专栏运维前线

使用MySQL community 源安装MySQL

使用MySQL community 源安装MySQL 添加MySQL Yum源 下载:http://dev.mysql.com/downloads/repo/y...

2867
来自专栏瞎说开发那些事

UiPath中调用 Abbyy Cloud OCR

3296

扫码关注云+社区

领取腾讯云代金券