构象搜索案例(Hyperchem)

在这里抛砖引玉,以教科书上的环己烯为例,讲述构象搜索(confromation search)的使用。其实不光Hypercherm可以,Avogadro也可以而且是免费的。教程使用hyperchem只因为界面容易操作。

  1. 画出饱和的六元环,即环己烯结构。根据教科书的知识,环己烯有boat和chair两种构型,通常我们通过软件建模能得到最稳定的chair式,难以得到boat。
  2. 选中四个碳原子,选择菜单select--name selection--other,填上标示名字TORSION1(自己命名)
  3. 菜单compute--conformational search,在构想搜索的窗口选择Options菜单, choosetorsion选中并加入刚才命名的torsion
  1. 菜单Option--define ring(定义环状结构部分)
  1. 菜单run--start,花上一点时间等等,boat chair 两种构型都出现在搜索列表了。明显chair能量比boat低,而且随机搜索到的次数要多很多
  1. 选中构象前的序号,然后put molecular就可以看到相应的结构了。

构象搜索是QSAR以及量化计算前的重要准备工作,关键是体现搜索的思路。

原文发布于微信公众号 - 分子生物和分子模拟计算(bio-simulation)

原文发表时间:2017-02-13

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