基于保留页眉行的列值的拆分文本文件(基因组数据)
提问于 2015-12-20 18:30:10
我有一个大的基因组数据文件(.txt)，格式如下。我想分裂它的基础上，染色体列，chr1, chr2..chrX,chrY等，保持标题行在所有分裂的文件。如何使用unix/linux命令来做到这一点？
基因组数据
variantId chromosome begin end
1 1 33223 34343
2 2 44543 46444
3 2 55566 59999
4 3 33445 55666结果
file.chr1.txt
variantId chromosome begin end
1 1 33223 34343
file.chr2.txt
variantId chromosome begin end
2 2 44543 46444
3 2 55566 59999
file.chr3.txt
variantId chromosome begin end
4 3 33445 55666
回答 1
Stack Overflow用户
回答已采纳
发布于 2015-12-20 18:43:04
这是人类基因组(通常是46条染色体)的数据吗？如果是这样，这是怎么回事？
for chr in $(seq 1 46)
do
head -n1 data.txt >chr$chr.txt
done
awk 'NR != 1 { print $0 >>("chr"$2".txt") }' data.txt(这是基于@Sasha上述评论的第二次编辑。)
请注意，("chr"$2".txt")周围的父母显然不需要GNU，但他们在我的OS版本的awk上。
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/34388173
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