如何从mgcv::gam.check中保存edf并跳过绘图
如何从mgcv::gam.check中保存edf并跳过绘图
提问于 2017-02-04 08:40:40
下面的脚本中的gam.check将诊断信息输出到控制台(以及绘图)：
library(mgcv)
set.seed(0)
dat <- gamSim(1,n=200)
b<-gam(y~s(x0)+s(x1)+s(x2)+s(x3),data=dat)
gam.check(b,pch=19,cex=.3)以上代码中的gam.check语句输出到控制台的输出如下：
Method: GCV Optimizer: magic
Smoothing parameter selection converged after 8 iterations.
The RMS GCV score gradient at convergence was 0.00001072609 .
The Hessian was positive definite.
Model rank = 37 / 37
Basis dimension (k) checking results. Low p-value (k-index<1) may
indicate that k is too low, especially if edf is close to k'.
k' edf k-index p-value
s(x0) 9.000 2.318 0.996 0.44
s(x1) 9.000 2.306 0.969 0.32
s(x2) 9.000 7.655 0.961 0.24
s(x3) 9.000 1.233 1.037 0.66我希望将诊断输出保存到列表(或仅将表保存到数据帧)，和不输出任何图形。
我考虑过的事情：
- 下面的代码返回一个空对象。 x<-gam.check(b，pch=19，cex=.3)
- 查看gam.check的代码，似乎我希望从 k.check(b，子样本= k.sample，n.rep = k.rep) 不幸的是，直接运行上述代码行，会产生一个“未能找到函数”"k.check“。
- 我可以使用接收器将输出保存到控制台，但这不会关闭绘图。
- Gavin Simpson为提取地块here提供了一个很好的答案，但是我没有看到任何能帮助我解决问题的方法。
回答 1
Stack Overflow用户
回答已采纳
发布于 2017-02-04 11:40:07
user20650在上述评论中的回答是……
在你的第二个选项中，使用包名..。ie mgcv:::k.check因此可以使用f <-函数(b，k.sample = 5000，k.rep = 200) printCoefmat(mgcv:::k.check(b，子样本= k.sample，n.rep = k.rep)，数字= 3)
...for我的目的我放弃了printCoefmat
f <- function(b, k.sample = 5000, k.rep = 200) {
mgcv:::k.check(b, subsample = k.sample, n.rep = k.rep)
}
(basis <- f(b))页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/42042822
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