/home/biol/perl5 5:是一个目录
/home/biol/perl5 5:是一个目录
提问于 2020-10-31 21:55:21
以下脚本崩溃：
#!/bin/bash
#usage: sh oxford_pbs.sh ref.fa AA.fasta hybrid.gff3
cov=50
ide=100
for ((i=70;i<=${ide};i++));
do
input=$(basename $(echo ${2} | sed 's|.gff3||g'))
#cat <有了这个错误：
/var/spool/PBS/mom_priv/jobs/8352088.pbs.SC: line 24: /home/biol/perl5: Is a directory
/var/spool/PBS/mom_priv/jobs/8352088.pbs.SC: line 27: agat_sp_extract_sequences.pl: command not found但是，这两个命令在命令行上运行时没有任何问题：
> module load bioperl/1.7.1-foss-2017a r/3.4.2-bioconductor-foss-2017a
> eval "$(perl -I$HOME/perl5/lib/perl5 -Mlocal::lib)"
>
> agat_sp_extract_sequences.pl --help
------------------------------------------------------------------------------
| Another GFF Analysis Toolkit (AGAT) - Version: v0.1.0 |
| https://github.com/NBISweden/AGAT |
| National Bioinformatics Infrastructure Sweden (NBIS) - www.nbis.se |
------------------------------------------------------------------------------为什么Perl脚本不运行在Bash脚本中？
提前谢谢你
回答 1
Unix & Linux用户
回答已采纳
发布于 2020-11-01 01:25:47
问题是，$(perl ...)命令替换将立即完成，因为您有qsub <而不是qsub <<'EOF'，以便展开${i}。
perl将输出可以包含空格的行，如
PERL_MB_OPT="--install_base \"/home/user/perl5\""但是，当您在执行最终脚本时，它们将变成
PERL_MB_OPT=--install_base "/home/user/perl5"关于/home/user/perl5的错误将是一个目录。最简单的解决方案是将perl推迟到以后：
eval "\$(perl -I$HOME/perl5/lib/perl5 -Mlocal::lib)"页面原文内容由Unix & Linux提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://unix.stackexchange.com/questions/617404
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