(从all_simple_paths)将igraph.vs对象列表转换为数据框
所以，这是一个与这里问的问题非常相似的问题：Turning an igraph.vs into a data frame然而，我在将这个问题的解决方案应用到我自己的情况时遇到了问题。
与这个问题中的个人类似，我已经使用R igraph函数all_simple_paths()创建了一个igraph.vs对象列表。
然后增加了复杂性，我用下面的方式在这个列表中添加了更多的路径：
for (i in 1:length(starts)){
smple_path_n = all_simple_paths(info_igraph,
starts,
to = end)
all_paths = c(all_paths, smple_path_n)
}因此，我将这些列表合并为一个整体的、更大的列表。此对象列表如下所示：
[[1]]
+ 3/? vertices, named, from 31c3f54 (deleted):
[1] hsa:1147 hsa:4790 hsa:6348
[[2]]
+ 3/? vertices, named, from d0aa080 (deleted):
[1] hsa:1147 hsa:4790 hsa:6348
[[3]]
+ 3/? vertices, named, from 60b5da5 (deleted):
[1] hsa:1326 hsa:4790 hsa:6348我现在遇到的问题是，我想将这些对象转换为数据帧或矩阵，如下所示：
hsa:1147 hsa:1326 hsa:4790 hsa:6348
Pathway1 1 0 1 1
Pathway2 1 0 1 1
Pathway3 0 1 1 1所有这些都与这里开始链接的问题非常相似，但无论出于什么原因，all_simple_paths()函数输出似乎与all_shortest_paths()函数的行为方式不同。因此，问题中提出的解决方案似乎对我不起作用。
当在原始列表(或组合的整体列表)上使用as_ids时，我得到以下错误：
Error in UseMethod("as_ids") :
no applicable method for 'as_ids' applied to an object of class "list"类似地，该列表似乎没有任何“列”，因为当尝试使用all_paths$划分它时，似乎没有任何子列表。
我真的不知道下一步该怎么做，因为我对这些对象没有足够的经验来弄清楚问题可能是什么(或者甚至因为我使用的函数的工作方式，这是否实际上是不可行的)。感谢您的帮助。
回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2019-12-11 11:15:58
作为将来的参考，如果其他人调查了类似的问题：
我的问题是，您不能将as_ids函数应用于任何一组简单路径，并且它一次只能应用于一个。事后看来，这似乎是显而易见的，但令人沮丧的是，这意味着它不能直接应用于igraph.vs对象列表，而这正是all_simple_paths()函数返回的结果。
我的解决方案使用for循环，感觉相当不优雅，但似乎是有效的：
dir_paths_part = list()
for (nsmples in 1:length(smple_path_n)){
curr_smple = as_ids(smple_path_n[[nsmples]])
dir_paths_part[[nsmples]] = curr_smple
}实际上，我需要将as_ids函数单独应用于列表中的每个元素，并将它们放回一个新列表中。
https://stackoverflow.com/questions/59272260
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