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生信宝典

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生信分析pandas数据处理 Python简明教程 | 视频17

python 数据处理 pandas 教程视频

源码在：https://github.com/Tong-Chen/Bioinfo_course_python

2023-08-30

2170

生信分析pandas数据处理 Python简明教程 | 视频18

python 数据处理 pandas 教程视频

源码在：https://github.com/Tong-Chen/Bioinfo_course_python

2023-08-30

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重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程（原理、代码和评述）

数据分析数据库大数据数据处理

NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析 (重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程（原理、代码和评述）)、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step) - Limma差异分析、火山图、功能富集）等内容。

2021-12-31

2.2K0

CIRCOS圈图绘制 - circos安装

Circos是绘制圈图的神器，在http://circos.ca/images/页面有很多CIRCOS可视化的示例。 Circos可以在线使用，在线使用时是把表格转为圈图，不过只允许最大75行和75列

2018-02-05

1.1K0

GO、GSEA富集分析一网打进

数据分析数据处理互联网医疗

富集分析是生物信息分析中快速了解目标基因或目标区域功能倾向性的最重要方法之一。其中代表性的计算方式有两种：一是基于筛选的差异基因，采用超几何检验判断上调或下调基因在哪些GO或KEGG或其它定义的通路富集。假设背景基因数目为m，背景基因中某一通路pathway中注释的基因有n个；上调基因有k个，上调基因中落于通路pathway的数目为l。简单来讲就是比较l/k是否显著高于n/m，即上调基因中落在通路pathway的比例是否高于背景基因在这一通路的比例。(实际计算时，是算的odds ratio的差异，l/(k

2018-02-05

4.2K0

TCGA数据库在线使用

数据库数据处理互联网医疗

最近做培训时整理的一部分TCGA相关数据库的使用总结。在线数据库更新改版都比较快，使用时需要参照最新的线上数据教程。不过癌症相关的数据库操作起来也都比较类似，输入一个或多个关注的目的基因，查看基因的功能注释，基因在哪些样品中存在突变，突变位点的分布，共表达网络，生存分析等。本文包括了TCGA本站中数据的浏览、下载，尤其是TCGA改版后的功能介绍(增加了OncoGrid展示)，然后是cBioPortal，TCGA数据在线提供的分析类型最多的一个平台，再是FIREBROWSE，比较不错的在线展示和方便的数据下

2018-02-05

3.9K0

ICGC数据库使用

数据库互联网医疗数据处理

TCGA是不错的癌症研究数据资源，但癌症研究不只是有TCGA。ICGC国际癌症基因组联盟，有亚洲、澳大利亚、欧洲、北美和南美17个行政区的89个项目，包括25,000个肿瘤基因组。目的是To obtain a comprehensivedescription of genomic, transcriptomic and epigenomic changes in 50 different tumor types and/or subtypes which are of clinical and societ

2018-02-05

5.8K0

测序数据可视化（二）- IGV

数据分析数据处理

IGV是本地浏览测序数据功能最为强大的基因组浏览器，支持多种不同类型的输入格式和不同的显示方式，如峰图、线图、柱状图、Sashimi-plot。同时还可以配合bedtools使用。新版的Windows IGV分发包中包含了Java运行环境，点击链接http://data.broadinstitute.org/igv/projects/downloads/IGV_Win_2.3.93.zip即可下载，解压后，点击igv.bat文件即可启动。若启动失败，使用记事本打开并编辑igv.bat文件，在文件的最后新

2018-02-05

4.4K0

Bookdown文档生成教程

bookdown是一款及其方便的编写技术文档或教材的工具，语法简洁，数据处理灵活。支持Rmarkdown或普通markdown通过pandoc软件转换为HTML或PDF。 Here lists the usage of bookdown for writing documents. Get required information Install required software Rstudio或Pandoc二选一, bookdown必须安装。 Install Rstudio (version>1.0.0

2018-02-05

3.6K0

分子对接简明教程（二）

用PyMOL展示配体和受体相互作用的原子和氢键为了简化展示过程，我们设计了一个pml脚本 (脚本内有很详细的解释)，只需要修改脚本里面受体和配体的名字，然后在PyMOL的命令行界面输入PyMOL> run display.pml即可获得展示结果。当然这个脚本也可以使用程序generatePmlForHbond.py生成。 ############################################################ ###All one needs to do is repla

2018-02-05

2.5K0

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