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使用aPEAR来增强clusterProfiler的GSEA分析结果
go
数据库
list
表格
可视化
其中 GO（Gene Ontology）和KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）数据库是两个常用的生物学功能注释数据库，但是GO数据库 注释通常包括三个方面的信息：分子功能（Molecular Function）、细胞组分（Cellular Component）和生物过程（Biological Process）。而前面我们演示了：使用topGO增强你的GO数据库注释结果的可视化，是超几何分布检验的结果的可视化，主要是展示GO数据库的有向无环图结构。接下来我们聊聊使用clusterProfiler的GSEA方法针对GO数据库进行注释后的结果的可视化，所以是需要大家自己提前弄清楚GSEA方法和超几何分布检验方法的区别哦！
生信技能树
2023-12-13
273
0
使用topGO增强你的GO数据库注释结果的可视化
go
数据库
表格
可视化
统计
其中 GO（Gene Ontology）和KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）数据库是两个常用的生物学功能注释数据库，科学家通常是使用来超几何分布检验这个统计学算法做富集分析，即通过比较实际观察到的基因集合（几十个或者几百个）中特定功能或通路的基因数量与随机期望的数量来判断其是否富集。
生信技能树
2023-12-13
420
0
[GSEAPY] 在Python里进行基因集富集分析
go
python
在生物信息学数据分析中，许多分析软件都是基于R开发的。这里介绍一个可以在Python 中进行基因富集分析的Python 软件 GSEAPY (Gene Set Enrichment Analysis in Python)
生信技能树
2023-02-27
1.2K
0
单细胞各个亚群特异性高表达基因的数据库注释（包括GO,KEGG,ReactomePA）
go
数据库
sql
数据处理
拿到了一个单细胞表达量矩阵，默认需要进行： 单细胞聚类分群注释 ，如果你对单细胞数据分析还没有基础认知，可以看基础10讲：
生信技能树
2022-12-16
879
0
把MsigDB数据库的全部通路转为gsva分析要求的输入格式
数据库
sql
go
http
无论是超几何分布检验和GSEA富集分析，都离不开生物学功能数据库，数据库不仅仅是GO/KEGG哦，目前最齐全的应该是属于 MSigDB（Molecular Signatures Database）数据库中定义了已知的基因集合：http://software.broadinstitute.org/gsea/msigdb 包括H和C1-C7八个系列（Collection），每个系列分别是：
生信技能树
2022-12-16
1.1K
0
基因集合的数据框，列表和对象形式
go
数据库
sql
http
这些都离不开生物学功能数据库，但是数据库不仅仅是GO/KEGG哦，目前最齐全的应该是属于 MSigDB（Molecular Signatures Database）数据库中定义了已知的基因集合：http://software.broadinstitute.org/gsea/msigdb 包括H和C1-C7八个系列（Collection），每个系列分别是：
生信技能树
2022-12-16
1.4K
0
影响差异分析后的火山图的对称性的因素有哪些？
linux
数据分析
https
网络安全
go
这个有点丑的火山图对应的文章是：《In vivo transcriptional analysis of mice infected with Leishmania major unveils cellular heterogeneity and altered transcriptomic profiling at single-cell resolution》，如下所示 ：
生信技能树
2022-07-26
1.2K
0
结肠腺癌细胞系过表达apoM的芯片数据分析
https
网络安全
go
硬件开发
数据库
比如GSE162325这个数据集，它比较新：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE162325，所以如果你使用我的AnnoProb
生信技能树
2022-07-26
661
1
RNA-seq入门实战（十一）：WGCNA加权基因共表达网络分析——关联基因模块与表型
编程算法
go
连续两次求贤令：曾经我给你带来了十万用户，但现在祝你倒闭，以及 生信技能树知识整理实习生招募，让我走大运结识了几位优秀小伙伴！大家开始根据我的ngs组学视频进行一系列公共数据集分析实战，其中几个小伙伴让我非常惊喜，不需要怎么沟通和指导，就默默的完成了一个实战！
生信技能树
2022-07-26
3.6K
2
RNA-seq入门实战（九）：PPI蛋白互作网络构建（上）——STRING数据库的使用
数据库
sql
r 语言
go
编程算法
连续两次求贤令：曾经我给你带来了十万用户，但现在祝你倒闭，以及 生信技能树知识整理实习生招募，让我走大运结识了几位优秀小伙伴！大家开始根据我的ngs组学视频进行一系列公共数据集分析实战，其中几个小伙伴让我非常惊喜，不需要怎么沟通和指导，就默默的完成了一个实战！
生信技能树
2022-07-26
3.6K
0
RNA-seq入门实战（七）：GSEA——基因集富集分析
es
go
连续两次求贤令：曾经我给你带来了十万用户，但现在祝你倒闭，以及 生信技能树知识整理实习生招募，让我走大运结识了几位优秀小伙伴！大家开始根据我的ngs组学视频进行一系列公共数据集分析实战，其中几个小伙伴让我非常惊喜，不需要怎么沟通和指导，就默默的完成了一个实战！
生信技能树
2022-07-26
4.7K
0
RNA-seq入门实战（六）：GO、KEGG富集分析与enrichplot超全可视化攻略
go
连续两次求贤令：曾经我给你带来了十万用户，但现在祝你倒闭，以及 生信技能树知识整理实习生招募，让我走大运结识了几位优秀小伙伴！大家开始根据我的ngs组学视频进行一系列公共数据集分析实战，其中几个小伙伴让我非常惊喜，不需要怎么沟通和指导，就默默的完成了一个实战！
生信技能树
2022-07-26
5.3K
0
单细胞数据分析之缺氧评分
go
database
mono
评分的算法很多，gsea，gsva等等，单细胞领域比较出名的是Seurat包的AddModuleScore函数，以及UCell和AUCell等包，从代码的角度来看，都是一个函数即可。
生信技能树
2022-06-08
1.9K
0
Mfuzz做转录变化的时间趋势分析后对每个趋势分组挑一个代表性基因
https
网络安全
go
而对基因的划分不同组别，还可以是根据表达量的相似性，代表性的方法有层次聚类、K-means聚类、WGCNA、Mfuzz等，其中Mfuzz是专门的做转录变化的时间趋势分析的方法，核心算法基于模糊c均值聚类（Fuzzy C-Means Clustering，FCM），关于它的用法我们很早以前就分享了笔记，见：使用Mfuzz包做时间序列分析。最近交流群有粉丝提问他看到了一个Mfuzz做转录变化的时间趋势分析后对每个趋势分组挑一个代表性基因，是发表在NaTure PLaNTS 杂志的文章：《Jasmonate-mediated wound signalling promotes plant regeneration》，如下所示：
生信技能树
2022-06-08
2.2K
0
全转录组的测序和芯片技术
硬件开发
数据库
sql
go
腾讯云开发者社区
那，为什么我们很少涉及到全转录组的数据分析，主要是因为它有 lncRNA，miRNA，CircRNA这样的3种常规 非编码基因，而众所周知，非编码基因的名声比较差，都知道很重要，但是它的重要性又不是直接证据，也没有系统性的go和kegg等生物学数据库的整理，所以大家研究它和交流它的时候通常是一个符号而已。
生信技能树
2022-06-08
811
0
4个基因如何做go和kegg数据库注释
go
数据分析
数据库
sql
我觉得这样的问题蛮好玩，说明初学者很容易被各种各样的高大上的数据分析项目给误导，以为go和kegg数据库注释是什么了不得的高级分析，或者说不知道为什么要做，也不知道它可以解决什么问题，仅仅是想搞一下高大上的图表而已。
生信技能树
2022-06-08
755
0
RNAseq数据 | 下载GEO中的FPKM文件后该怎么下游分析
go
Oncogenic lncRNA downregulates cancer cell antigen presentation and intrinsic tumor suppression不过不需要看文章，大家只需要做差异分析即可，这个时候需要注意的是，作者提供的是RPKM值表达矩阵！
生信技能树
2022-06-08
1.5K
0
两个神经退行性疾病的单细胞核转录组队列的细胞亚群及其标记基因的比较
https
网络安全
go
我们以前分享的神经退行性疾病单细胞数据集，是发表于2020的文献《Single-nucleus transcriptome analysis reveals dysregulation of angiogenic endothelial cells and neuroprotective glia in Alzheimer's disease.》，通过学习，我们整理了这样的基因列表： astrocytes = c("AQP4", "ADGRV1", "GPC5", "RYR3") endothelia
生信技能树
2022-03-03
407
0
如何快速定位到你所干扰的基因的功能
html
go
前面我们分享了：上下调差异基因那么多！如何定位目标基因呢？，需要一些生物学背景才能从成百上千的上下调基因里面的“拿到”自己感兴趣的基因，去开启一个课题。该文章是：《CECR2 drives breast cancer metastasis by promoting NF-B signaling and macrophage-mediated immune suppression》
生信技能树
2022-03-03
340
0
单细胞转录组分析揭示胃肠道间质瘤和微环境的异质性
腾讯云开发者社区
https
网络安全
go
文章标题：《Single-cell transcriptome analysis revealed the heterogeneity and microenvironment of gastrointestinal stromal tumors》
生信技能树
2021-12-10
709
0
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