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7.JSON格式数据的格式化
json
xml
python
编程算法
有一些五六年前的学生们都成长为了各个生物信息学相关公司的小领导，而且他们都有了自己的公众号，知乎号，也算是一番人物。最近他们跟我反馈面试找不到或者说很难直接考核筛选到认真干活的生信工程师，挺有意思的。让我想起来了早在生信技能树论坛创立之初我为了引流，而规划的200个生信工程师面试题。值得继续分享：
生信技能树
2021-03-24
1.8K
0
R包安利 ① easyPubMed—PubMed利器
xml
grep
生信技能树新晋学徒一枚，按照规矩要先经过魔鬼班的推文教程考核，大家近期会看到她在我的指导下分享的学习心得笔记。
生信技能树
2019-06-15
2.2K
0
blast简介及格式解读及练习题
编程算法
go
数据库
html
xml
双序列比对可以采用是基于动态规划算法的Needleman-Wunsch（NW）和Smith-Waterman algorithm（SW）算法，虽然精度高，但计算消耗大。当与数据库比对的时候，该算法就显得不切实际。因此TASTA，blast采用启发式算法使得通过大幅度丢失灵敏度来减少运行时间。与FASTA软件相比，blast通过把搜索限制在狭隘的矩阵对角线条带上，来改进FASTA进行数据库搜索的速度。
生信技能树
2018-09-21
2.5K
0
TCGA的28篇教程-所以癌症的突变全景图
数据库
xml
数据挖掘
http
有了MAF格式的突变数据，比如TCGA里面的乳腺癌的1000个左右的样本的突变信息，就很容易走maftool这个包，进行绘图，代码如下：
生信技能树
2018-09-21
5.3K
1
TCGA的28篇教程-数据挖掘三板斧之ceRNA
数据挖掘
r 语言
数据库
xml
Motivation: 目前一些计算方法都是基于2011年的那个ceRNAs假设，研究lncRNAs和miRNA靶mRNAs之间的竞争关系。但是，当mRNAs脱离miRNAs的控制之后，海绵lncRNAs如何影响这些mRNAs的表达水平还不是很清楚。
生信技能树
2018-08-16
2K
0
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