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白癜风单细胞转录组数据处理
腾讯云开发者社区
数据分析
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数据处理
所以我写了一个还算是比较自动化的单细胞转录组数据处理代码，如果是我自己来做这样的处理，可以在十几分钟就完成复现文章的第一层次降维聚类分群图，如下所示的2分组的15个样品 ：
生信技能树
2023-02-27
352
0
单细胞数量太多可以抽样也可以
文件存储
python
express
linux
但是有同学提问，它的单细胞表达量矩阵是五万到十万个细胞，并不想预先拆分成为单细胞亚群分组，所以没办法使用AverageExpression得到一个简单的表达量矩阵，想直接对全部的单细胞矩阵进行gsva，但是矩阵每次都会内存溢出，大家也可以尝试下面的代码：
生信技能树
2022-07-26
1.6K
0
gget，一个能高效进行各式各样网络数据库查询的工具
文件存储
ftp
数据库
sql
希望所有的学徒，实习生以及马拉松授课学员都可以在咱们《生信技能树》的舞台上大放异彩。前面有粉丝自告奋勇希望可以把他自己在简书等平台的生物信息学笔记分享在我们《生信技能树》公众号，在专业的舞台上跟大家切磋！非常欢迎，他前面的分享是：
生信技能树
2022-06-27
1.2K
0
一波三折终于在R里面读入了这个Excel表格
文件存储
r 语言
换成read.table() 后 （我也不知道自己为什么会这样思考，换函数肯定是不对的，但是初学者就是需要勇于探索，在碰壁中成长）
生信技能树
2022-06-08
526
0
生信技能树R语言学习直播配套笔记
文件存储
1.1 判断数据类型class() 1.2 按Tab键自动补全1.3 数据类型的判断和转换 （1）is 族函数，判断，返回值为TRUE或FALSE
生信技能树
2022-06-08
1.1K
0
哈佛课程笔记-理解DEseq2差异分析原理
文件存储
https
网络安全
python
纵轴是基因，横轴是count数，这个图揭示了某个样本中所有基因的count数分布。
生信技能树
2022-03-03
5.3K
0
表达量矩阵并不一定要上传到GEO或者ArrayExpress
腾讯云开发者社区
gui
文件存储
作者：Tabula Muris Consortium · 2018 · 截止到2021-06-11被引用次数：480
生信技能树
2021-07-06
356
0
图片压缩神器ffmpeg
视频处理
文件存储
linux
临走之前先让他们把照片发给我们了，文件夹有点大，想隔空投送给宝妈手机。但是宝妈手机这些天居然给宝宝拍了几十个视频沾满了手机空间，暂时还舍不得删除。
生信技能树
2021-05-27
2.2K
0
鼻咽癌患者肿瘤部位和外周血的单细胞组成差异
文件存储
go
在单细胞大行其道的近两年，我也安排了学徒们做了几百个有表达量矩阵可以下载的单细胞转录组文献图表复现，挑选其中100个成功的案例，提供代码给大家，希望对大家有帮助！
生信技能树
2021-04-29
764
0
画韦恩图那么容易，为什么拿到指定元素却有问题
文件存储
这个时候，如果你的合作者并不擅长代码，可以直接打开这个csv文件，根据sum列进行筛选即可。
生信技能树
2020-12-17
793
0
甲基化芯片数据下载如何读入到R里面
硬件开发
文件存储
数据是一切的开始，前面我们介绍了一些背景知识，主要是理解什么是DNA甲基化，为什么要检测它，以及芯片和测序两个方向的DNA甲基化检测技术。具体介绍在：甲基化的一些基础知识，也了解了甲基化芯片的一般分析流程 。既然要开始甲基化芯片数据挖掘实战，那么首先要有数据咯！需要区别的是甲基化芯片样本的idat原始文件，以及甲基化信号值矩阵。前面我们介绍了如何在GEO里面下载甲基化数据，拿到的数据文件必须要导入到R里面才能分析，现在我们就讲一下不同数据如何导入R里面。
生信技能树
2020-02-20
2.2K
0
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