腾讯云开发者社区-腾讯云

开发者社区

文档建议反馈控制台

最新优惠活动

文章/答案/技术大牛

发布

生信技能树

专栏作者

1914

文章

3608606

阅读量

1134

订阅数

Linux下的文本排序让我很意外

shell linux html https http

这里就是{1..25}语法，是shell的扩展，shell扩展有以下几种，并按以下顺序处理，当然如果没找到匹配的扩展格式，那就不处理：

生信技能树

2023-02-28

9020

使用ggpubr包的stat_cor函数一步到位绘制相关性散点图并且添加统计学指标

编程算法 https http 网络安全

再比如前面笔记两次单细胞差异分析后的结果进行相关性散点图绘制提到的两次差异分析结果的对比，就使用了ggpubr包的ggscatter函数绘制了相关性散点图：

生信技能树

2023-02-27

1.5K0

把MsigDB数据库的全部通路转为gsva分析要求的输入格式

数据库 sql go http

无论是超几何分布检验和GSEA富集分析，都离不开生物学功能数据库，数据库不仅仅是GO/KEGG哦，目前最齐全的应该是属于 MSigDB（Molecular Signatures Database）数据库中定义了已知的基因集合：http://software.broadinstitute.org/gsea/msigdb 包括H和C1-C7八个系列（Collection），每个系列分别是：

生信技能树

2022-12-16

1.1K0

基因集合的数据框，列表和对象形式

go 数据库 sql http

这些都离不开生物学功能数据库，但是数据库不仅仅是GO/KEGG哦，目前最齐全的应该是属于 MSigDB（Molecular Signatures Database）数据库中定义了已知的基因集合：http://software.broadinstitute.org/gsea/msigdb 包括H和C1-C7八个系列（Collection），每个系列分别是：

生信技能树

2022-12-16

1.4K0

ggplot的aes和aes_string的差异

https http 编程算法网络安全数据结构

总共是26个基因，它们都是在case 和 control两个分组需要看表达量差异，而且case 和 control两个分组内部都是10个病人。

生信技能树

2022-07-26

1.7K0

微生物DNA测序数据找变异位点

http github git 开源

我们以这三年疫情的微生物SARS– CoV-2为例，文章：《Genomic Diversity of Severe Acute Respiratory Syndrome– Coronavirus 2 in Patients With Coronavirus Disease 2019》，它就列出来了微生物的DNA测序找变异位点的流程，主要是4个软件，步骤如下所示：

生信技能树

2022-06-08

4610

生物学功能基因集数据库之ConsensusPathDB

数据库 http sql

有意思的是它对比了31个已有的生物学功能基因集数据库，做了一个整理，算是集大成者？包括：

生信技能树

2022-03-03

9970

使用基于Python的refgenie自动从（阿拉丁）商店下载参考基因组

该平台由位于弗吉尼亚大学公共卫生基因组学中心的计算生物学和生物信息学研究小组(Sheffield lab of computational biology)建立。上次修改/更新是2021年11月。

生信技能树

2022-03-03

5450

各个单细胞亚群特异性的转录因子热图

http https github 网络安全 git

虽然转录因子分析作为单细胞转录组数据分析的3大高级分析之一名满天下，但是因为它太耗费计算资源导致绝大部分人敬而远之，我们其实也多次分享过细节教程：

生信技能树

2022-03-03

1.7K0

这是我见过的最搞笑的单细胞数据挖掘凑图

数据挖掘图像处理腾讯云开发者社区 http

但是目前绝大部分小伙伴对单细胞的理解还停留在凑图上面，比如一个文章：《Comprehensive analysis reveals a prognostic and therapeutic biomarker CD3D in the breast carcinoma microenvironment》，链接：Biosci Rep (2021) ， https://doi.org/10.1042/BSR20202898

生信技能树

2022-03-03

3580

你不需要真的这个包，而仅仅是需要它里面的数据

http r 语言数据库一体机 TData

实际上，但凡学过一点点R语言的，都知道如何下载这样的R语言源代码压缩包文件来进行安装。实际上，这个包的的官方说明书也写的很清楚：http://research-pub.gene.com/IMvigor210CoreBiologies/

生信技能树

2021-12-24

1.2K0

IMvigor210CoreBiologies包安装指北

https http 网络安全

由于免疫治疗队列数据过于稀缺，很多文章便使用了该队列数据进行验证。但是在安装该包的过程中，笔者遇到了一点小问题，今天根据笔者自己在安装过程中遇到的问题，写下这一份安装小教程。

生信技能树

2021-12-24

3.8K0

如果你一定要TCGA数据库的转录组测序的TPM表达量矩阵，不妨自己进行转换啊！

https http 网络安全 python

首先需要下载TCGA的33种癌症的全部数据，尤其是表达量矩阵和临床表型信息啦，这里我们推荐在ucsc的xena里面下载：https://xenabrowser.net/datapages/，可以看到，确实是没有提供TPM表达量矩阵，但是自己进行转换啊！无论RPKM或FPKM或者TPM格式是多么的遭人诟病，它的真实需求还是存在，那么我们该如何合理的定义基因的长度呢？

生信技能树

2021-11-25

2.7K0

一个基因有两个id我能肿么办

数据库 sql http

其实这个基因首先是有一个基因名字，是 MATR3 ，是人类基因命名委员会给出来的。如果你不了解人类基因命名委员会(HUGO Gene Nomenclature Committee)，可以看我六年前的博客介绍：http://www.bio-info-trainee.com/653.html

生信技能树

2021-11-04

2.7K0

要你来讲故事而已

数据库 sql http php 腾讯云开发者社区

因为这个小伙伴在还在本科大四时候就跟着我们生信技能树在学习生物信息学了，还参加过几次分享，所以就多聊了聊。确实对该学生来说，落差有点大，本来以为自己学的一身本领应该是出社会了大展拳脚，结果做的都是老生常谈的面子工程课题。

生信技能树

2021-11-04

3530

什么鬼，你才60秒？

html https http 网络安全

其实就是全局变量utils::download.file() in R 里面，默认它仅仅是给你60秒的时间去下载文件。

生信技能树

2021-11-04

1.4K0

ChIP-seq数据分析课程学习笔记之peaks的可视化

tcp/ip html http https 网络安全

其中中国医科大的“小高”同学给大家带来的就是ChIP-seq数据分析实战视频课程的配套笔记，希望可以帮助大家更好的吸收消化课程内容！

生信技能树

2021-10-12

4.8K0

m6A图文复现08-Peak结果可视化metaPlotR

html tcp/ip github https http

上一期我们使用了Guitar包对Peak结果进行可视化，见：m6A图文复现07-Peak结果以及分布特征图

生信技能树

2021-10-12

2K0

R包安装失败居然真的是版本问题

html http https 网络安全 r 语言

我下意识的认为他应该是有其它错误，但是看大家在群里讨论的热火朝天，我就去试了试。首先看了看最原始的安装方式：

生信技能树

2021-10-12

3.4K0

使用R语言的parallel包调用多个线程加快数据处理进度

http html tcp/ip r 语言 https

使用方法非常简单，就是 makeCluster 函数定义好需要并行计算的线程数量，然后之前的apply家族循环就区别在函数名字前面加上par的签字，比如 lapply就替换成为了 parLapply 函数。

生信技能树

2021-10-12

3.3K0

点击加载更多

社区活动

腾讯技术创作狂欢月

“码”上创作 21 天，分 10000 元奖品池！

Python精品学习库

代码在线跑，知识轻松学

博客搬家 | 分享价值百万资源包

自行/邀约他人一键搬运博客，速成社区影响力并领取好礼

技术创作特训营·精选知识专栏

往期视频·千货材料·成员作品最新动态