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生信技能树

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通过R里面的reticulate包桥接使用Windows的conda
但是我们常规的的教程都是基于Linux的conda的教程,比如各个用户里面安装自己的conda,每个用户独立操作,安装方法代码如下:
生信技能树
2022-03-03
1.1K0
使用conda配置一个单细胞数据分析环境
这个时候,你无需理会你的服务器的R语言版本或者R包啦,因为你每次都会 conda activate r 激活你自己的R语言环境哦。我们在这个环境里面安装了 bioconductor的 singlecelltk和singlecellsignalr,因为它们本身就会依赖大量的其它R语言包,所以理论上这个时候你的这个 conda activate r 小环境,已经是比较好的可以用来做单细胞转录组数据分析的啦!
生信技能树
2021-11-25
2.1K1
mskcc的vcf2maf极简解决方案代码分享
为了写这个教程,我特意在唐医生的共享云服务器上面测试了,从头到尾运行过,验证过,你一定可以follow成功的哈! 首先是安装miniconda https://mirrors.tuna.tsinghu
生信技能树
2020-09-29
3.3K0
阅读量过万的conda使用总结,跨越一年的更新
conda分为anaconda和miniconda。anaconda是包含一些常用包的版本(这里的常用不代表你常用 微笑.jpg),miniconda则是精简版,需要啥装啥,所以推荐使用miniconda。
生信技能树
2019-10-09
1.9K0
生信分析人员如何系统入门python(2019更新版)
一般来说,使用 Python 做生信有两种情况:一种是专门分析生物学数据(主要是各种组学),以调包为主,日常工作就是熟悉各种包的文档,写各种脚本串联工具分析流程,大部分写的都是以快速实现为目的的即用即弃小脚本,对 Python 要求并不高,掌握最核心的语法就可以解决大部分问题,甚至面向对象这部分的编程都较少涉及。
生信技能树
2019-10-09
6.2K0
原创10000+生信教程大神给你的RNA实战视频演练
推荐使用偷懒方法,比如安装miniconda软件,下载地址:https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/ 这样就可以使用它安装绝大部分其它软件。
生信技能树
2018-08-16
2.8K0
我的第一次ChIP-seq实践
1. 软件安装 整个过程基本是从零开始,也就是说服务器没有安装任何所需软件。因为我平时会用到Python,所以第一步安装的是Anaconda,版本是Anaconda3-4.4.0-Linux-x86_64.sh. Ananconda是一个用于科学计算的Python发行版,能够方便解决多版本Python并存(后面会看到)、切换以及各种第三方包安装问题(最大的好处)。 Anaconda和整个ChIP-seq分析没关系,提到它是因为安装Anaconda后可以用BIOCONDA,能够方便安装管理生物信息软件,无需自
生信技能树
2018-03-08
2.8K0
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