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生信修炼手册

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182
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动态网页常用的两种数据加载方式ajax和js动态请求
对于静态网页,我们只需要访问对应的URL就可以获得全部的数据了,动态网页则没有这么简单。比如以下网站
生信修炼手册
2020-11-02
4.5K0
KEGG API 用法详解上篇
对于大多数的数据库而言,API接口可以方便的从数据库中检索数据。kegg 数据库的API 链接如下:
生信修炼手册
2020-05-09
7010
使用trim_galore对NGS数据进行质量过滤
cutadapt软件可以对NGS数据进行质量过滤,FastQC软件可以查看NGS数据的质量分布,trim_galore将这两个软件封装到一起,使用起来更加的方便。 官网如下
生信修炼手册
2020-05-08
4.2K0
使用Trimmomatic对NGS数据进行质量过滤
Trimmomatic 软件可以对NGS测序数据进行质量过滤,其去除adapter的功能只是针对illumina的序列,从reads的3’端识别adapter序列并去除,相比cutadapt,少了几分灵活性。但是在过滤低质量序列时,采用了滑动窗口的算法,给定窗口长度和步长,如果该窗口内所有碱基的平均质量值低于阈值,则将该窗口及其以后的碱基全部去除。对于数据量很多的reads, 滑动窗口算法比cutadapt的算法运行速度更快。官网如下
生信修炼手册
2020-05-08
2.8K0
使用GDC API查看和下载TCGA的数据
API是应用程序编程接口,很多的网站都有对应的API,方便程序抓取数据,比如NCBI, EBI, KEGG等等,GDC也有对应的API, 可以方便的查询和下载TCGA的数据,API的网址如下
生信修炼手册
2019-12-19
1.4K0
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