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生信修炼手册
2020-11-02
1.5K
0
matplotlib基础绘图命令之violinplot
网站
python
matlab
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vert参数的默认值为True，表示竖直方向的小提琴图，当取值WieFalse时，绘制水平方向的小提琴图，用法如下
生信修炼手册
2020-08-11
1.2K
0
使用python urllib进行网页爬取
网站
爬虫
自动化
http
编写一段程序，从网站上抓取特定资源，比如自动化的下载kegg colorful pathway的通路图，这样的程序就是一个基础的网络爬虫了。在python中，通过内置模块urlib, 可以实现常规的网页抓取任务。
生信修炼手册
2020-05-28
1.8K
0
通过NetworkAnalyst在线服务构建PPI网络
网站
数据库
sql
编程算法
NetworkAnalyst是一个在线网站，通过该网站可以方便的分析基因表达谱数据，比如聚类，差异分析，富集分析等等，而且可以基于基因来构建各种相互作用网络，该网站的地址如下
生信修炼手册
2020-05-08
1.1K
0
quickGO:在线查询GO和GO注释信息的网站
go
网站
quickGO是EMBL-EBI发布的网站，通过该网站，可以快速的查询Go Terms和Go注释相关信息，官网如下
生信修炼手册
2020-05-08
2.5K
0
使用pyGenomeTracks可视化hi-c数据
python
命令行工具
网站
可视化是数据分析中非常重要的一个环节，对于NGS分析数据的可视化，最常用的就是各种基因组浏览器了，既有UCSC, GBrowse等基于web的基因组浏览器，也有igvtools等本地化的图形界面软件。对于Hi-C数据，在前面的文章中也介绍过基于web的WashU Epigenome Browser基因组浏览器和本地化的juicebox软件。
生信修炼手册
2019-12-19
1.3K
0
使用cBioPortal查看TCGA肿瘤数据
网站
数据库
sql
cBioPortal整合了来自TCGA,CCLE以及几个独立的大型肿瘤研究项目的数据，构建了一个易于使用的网站，不需要有深厚的计算机功底，也可以通过该网站查询，分析，可视化肿瘤的相关结果。
生信修炼手册
2019-12-19
1.5K
0
3D Genome Browser:Hi-C数据可视化工具
网站
对于chip_seq的数据，我们可以通过UCSC, igvtools等基因组浏览器来展示和查看相应的数据，而对于三维基因组学的结果信息，这些二维基因组浏览器就不能够有效的进行展示了。随着三维基因组学的发展，相关的可视化软件也越来越多, 3D Genome Browser就是其中一个，是一个用于展示三维基因组学数据的在线网站，网址如下
生信修炼手册
2019-12-19
1K
0
点击鼠标即可完成GWAS meta分析，任何人都可以！
html
网站
MetaGenyo是一个GWAS meta分析的在线网站，通过该网站，只需上传指定格式的文件，然后鼠标点击就可以轻松实现meta分析，网址如下
生信修炼手册
2019-12-19
820
0
GWAS做完了，下一步做什么？
网站
https
网络安全
访问管理
数据库
通过GWAS分析可以找出与疾病相关联的SNP位点，然而我们的根本目的是找出可能导致疾病发生的SNP位点，这些位点位于GWAS分析结果中，完成了GWAS分析之后，我们还需要借助下游分析对GWAS的分析结果进一步注释和挖掘，筛选可能致病的SNP位点。
生信修炼手册
2019-12-19
5.2K
0
值得借鉴的eQTL可视化形式
网站
eQTL的分析结果本质就是一些调控基因表达的SNP位点，在结果展示时，最经典的可视化方式如下
生信修炼手册
2019-12-17
2.3K
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