尤其是在R包中编程改变了从ggplot2引用函数的方式，以及在aes()和vars()中使用ggplot2的非标准求值的方式。...常规任务最佳实践 使用ggplot2可视化一个对象 ggplot2在包中通常用于可视化对象（例如，在一个plot()-风格的函数中）。.../ 234, "r" = 25 / 234 ), class = "discrete_distr" ) R中需要的类都有plot()方法，但想要依赖一个单一的plot()为你的每个用户都提供他们所需要的可视化需求是不现实的...一个很好的例子是ggdendro[3]，它创建系统树图但同时计算出数据以方便用户干自己想要做的事情。...如果没有，则会将主题对象存储在编译后的包的字节码中，而该字节码可能与安装的ggplot2不一致！
上篇原创推文使用了geopandas进行了房价分布的地图推文教程，本期我们将使用绘图功能更加强大的ggplot2 以及其推展包进行地图绘制和图表美化工作，主要涉及的知识点如下： geojsonio包对...geojson数据格式读取 ggplot2 可视化展示 openxlsx 实现R灵活读取excel文件 ggtext包实现文本定制化操作 geojsonio包对geojson数据格式读取 这里使用的数据和上期推文的数据一样...，读取geojson格式文件的代码如下： HK <- geojson_read("香港特别行政区.json",what='sp') 即可实现R语言对geojson格式地图文件的读取。...转换成这样的数据格式后，我们就可以使用ggplot2 进行可视化绘制。...ggtext 实现文本同行不同颜色设置 对一行文本不同颜色、粗细等文本属性的设置，ggtext包 可以轻松实现(这个在Python中目前还无法高效实现)，这里我们只放出相应的代码，如下： #导入ggtext
P0(FN2ZN}QH8QSC$2~ZEJGI.jpg 今天在一个交流群里看到有人问这个图如何实现？...这种图叫玫瑰图或者花瓣图，如果使用R语言的ggplot2来做的话， 比较常规的实现办法是先做柱形图，然后再用极坐标，比如 df<-data.frame(x=LETTERS[1:6],...印象里好像见过python实现推文开头提到的图。...，我们试着用R语言的ggplot2试一下 假设我们有10个数据 x<-1:180 x y<-sin(10*x*pi/180) df<-data.frame(x=x,y=abs(y)) df$yz<...小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记；3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记
今天跟大家分享的是ggplot图表中的一类重要元素——线条。...R语言中ggplot函数系统中涉及到线条的地方有很多，最常见的场景就是我们做geom_line()（折线图）、geom_path（）(路径图),以及图表的绘图区（panel）、图表区、网格系统（grid...我们使用过ggplot内内置数据集验证我们的猜想。...以上依次使用的线条粗度值为1,2,3,4,5,6，大家可以通过图表感受到ggplot图表中线条的粗度变化规律。...除了折线图（以及路径图，等图层中的线条之外），在theme系统中存在大量的关于线条的属性设置(网格系统、图表边框、轴线、图例系统)，均可以参照以上参数进行设置。
云雨图的样子如下 ?...是一半的小提琴图加散点图的组合，看起来有些像云朵加雨滴的形式，所以得名云雨图，主要的作用还是用来展示数据的分布情况 之前看到过相关推文进行介绍，大部分的推文介绍的实现办法都是使用gghalves包，这个包中的函数可以将...ggplot2的常规图形只画其中的一般，比如 geom_half_boxplor() geom_half_violin() 最近在一个介绍ggplot2扩展包的链接里发现了一个包叫see，这个包里有一个函数是...geom_violindot()函数，画云雨图非常方便，下面简单介绍一下代码 首先是安装see这个R包 install.package("see") 使用鸢尾花的数据集作图 library(ggplot2...试了其中的几个，发现这个配色还挺好看的 ggplot(iris, aes(x = Species, y = Sepal.Length,
ggplot 中 scale 的使用 ggplot画图是画图中的战斗机，但是往往在我们用ggplot2画图时候，需要根据需求更改坐标，图例等，最常见的就是更改x，y坐标系的名称。...在ggplot2中，坐标系与比例尺和参考线是自动生成的，并且生成得很好。...我们会使用scale_color_和scale_fill_来更改调色板，今天我们就来介绍如何在ggplot中调整比例尺，调整中断和标签，修改轴和图例等。...强大的 Scale包，可以实现在ggplot基础上，对图形进行微调及更改。...for discrete axes demo_datetime for data / time axes # install.packages devtools::install_github("r-lib
之前的推文介绍了画柱形图展示富集分析的结果R语言ggplot2做柱形图展示富集分析的结果，今天的推文介绍一下画气泡图展示富集分析结果的代码。气泡图就是散点图的一个变种。...多了一个变量映射给点的大小，富集分析里通常是用来映射基因的数量。比如下图 image.png 示例数据集还是之前的KEGG富集分析结果。...library(tidyverse) dat %>% filter(Corrected.P.Value dat01 dim(dat01) dim(dat) 最基本的图 library...(ggplot2) dat01$GeneRatio<-dat01$Input.number/200 ggplot(dat01,aes(x=GeneRatio,y=Term))+ geom_point...("paletteer") library(paletteer) #paletteer_c("ggthemes::Orange-Blue Diverging", 50) ggplot(dat01,aes
最近在使用ggplot2对箱线图叠加点图是发现奇怪的现象，只要我改变点的形状，绘图就出问题了。 下面我通过一个简单的示例展示这个问题。...我们先生成一组简单的数据，并绘制一个正常的叠加图： library(ggplot2) library(dplyr) head(mtcars) ## mpg cyl...来解决点也需要分配到不同的fill组中的问题。...= shape), position=position_jitterdodge()) 如果我们对比上面这个图和第一个图，很容易发现点的坐标变化了！...而我们代码的唯一修改就是增加了shape映射以修改点的形状。 我百思不得其解，ggplot完全没有干好它该干的事情嘛。
今天跟大家分享ggplot图表系统中形状。 在ggplot函数系统中，形状是一类重要的映射属性，如同颜色一样，它可以被赋予给变量，当然也可以直接指定实际的形状类别。...ggplot函数的图层理念中，修改局部图层的元素，需要在局部图层内进行设定，这里需要在geom_point（）函数内部进行形状设定。 R绘图系统中存储着的形状符号多达25种： ?...颜色变量是所有属性中为数不多的既可以使用离散型变量、又可以使用连续性变量进行映射的属性 二、关于制定属性映射时shape、size、colour（fill）的位置问题。...作用于单个图层的映射属性要放在对应图层中，（比如作用于线条的属性要放在geom_line()内，作用于形状的属性要放在geom_point()内）,作用于全局的属性要放在全局系统函数层内【ggplot（...（比如本例中同时作用于折线图和散点图的数据集、x轴y轴变量以及分组变量等） 以上是个人学习ggplot函数过程中所获得的一些体会和心得，希望能够帮助大家在学习R语言可视化过程中少走一些弯路，限于个人能力和水平
image.png 之前有人在公众号留言问这幅图的实现办法，这个是气泡图，用ggplot2很方便能够实现，但是这个图比较特殊的是横坐标还有对应的图片，当然出图以后用其他软件来编辑是可以实现的，但是对齐之类的可能会比较麻烦...如果能用代码实现就能节省一些时间，正好最近看到一个ggplot2的扩展包 叫做 ggimg 对应的github的主页是 https://github.com/statsmaths/ggimg 下面我们就来试试能不能用这个包来实现推文开头的图...(ggimg) library(ggplot2) ggplot()+ geom_point_img(data=df, aes(x=x,y=y,img=img),...vjust = 1)+ coord_cartesian(clip = "off") dev.off() 结束语：不知道威少搭配詹姆斯最后能出一个什么效果，之前记得有一个记录是 同一个队一场比赛中两个人同时拿三双...这个记录应该能被威少和詹姆斯预定了吧 哈哈哈哈 示例数据和代码直接在后台回复 20210730就可以获取了 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R
第一步·R语言画图的准备工作1.如果你在国内，则需要先设置镜像#设置镜像options("repos"=c(CRAN="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/..."))#在国外的话可以跳过这一步2.安装画图所需要的包#安装R包if(!...)library(ggpubr)library(eoffice)library(patchwork)第二步·开始学习画图常用的R包画图：“base”，“ggplot2”，“ggpubr”拼图：“patchwork...alpha = 0.5, # 透明度 50% shape = 8) # 点的形状#mapping可以省略，aes必须写2.2映射：按照数据框的某一列来定义图的某个属性ggplot...data = iris,mapping = aes(x = Sepal.Length, y = Petal.Length))+ geom_smooth()+ geom_point()4.位置# 抖动的点图
之前分享过一篇推文介绍过这个内容 R语言ggplot2包画曼哈顿图的一个简单小例子，但是当时自己不太懂曼哈顿图，实现是直接借助ggplot2的geom_jitter()这个函数实现的。...这个函数并不会考虑每个变异位点的位置，而实际的曼哈顿图是需要根据变异位点的位置来画的。今天的推文重新介绍一下ggplot2绘制曼哈顿图的代码。...数据集就使用之前的推文中用到的数据跟着Nature Genetics学GWAS分析：emmax软件gwas分析/qqman包展示结果，这个数据太大，出图有些慢，只随机选取了其中1%的数据 (这个数据我自己的存储路径...R语言中也有现成的包和函数可以直接画曼哈顿图，我这里选择用ggplot2来画是因为出图后可以非常方便的组合其他的图，比如可以叠加一个基因结构的图，然后再拼一个展示不同基因型表型差异的图。...这些如果是用ggplot2来做，都可以用代码实现，省去了手动拼图的过程。
R语言ggplot2如果要做散点图可以用自带的一些形状 如果想用其他形状，有一个R包是ggstar https://cran.r-project.org/web/packages/ggstar/vignettes...ggstar这个R包的整体结构暂时还看不明白，但是定义形状的部分自己能够修改。...在 primitive.R 代码中 plxy 就是一个形状的数据，第一列是x，第二列是y 比如上图中28的形状 square diamond 把中心掏出一正方形的空白 data.frame(x=c(0,...(aes(x=x,y=y),fill="red",color="black") 在 primitive.R 代码中添加上一段代码 else if (starshape == 28){ data.frame...，就能够把这个形状用于ggplot2的散点图中
偶然间在github 上发现的这个链接，示例数据和代码都有，很好的R语言学习素材 链接是 https://github.com/blmoore/blogR ，主要内容有 image.png 光看这个可能有些枯燥...大家感兴趣的话可以自己研究研究 我们直接运行画图代码 加载ggplot2 library(ggplot2) 最基本的热图 ggplot(mdf, aes(y=state, x=year, fill=c...)) + geom_tile() image.png 调整热图方块的一些内容 ggplot(mdf, aes(y=state, x=year, fill=c)) + geom_tile(colour...调整热图的颜色和图例 ggplot(mdf, aes(y=state, x=year, fill=c)) + geom_tile(colour="white", #linewidth...欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记
之前一直苦恼于ggplot函数无法制作雷达图，心想着既然饼图可以通过柱形图+极坐标模拟出来，为啥雷达图不行。...我尝试着用折线图+极坐标来模拟雷达图（之前在制作饼图和圆环图以及玫瑰图的时候就是这样做的）。...后来又是在浏览r语言论坛时，无意间看到一个围绕ggplot2包开发的插件——ggradar，果不其然，是专门用于辅助ggplot2制作雷达图而生的。...接下来我跟大家分享该插件的使用方法： 因为是开发版的，托管在github网站上，所以不能通过普通途径下载，需要使用devtools工具： install_github("ricardo-bion/ggradar...可以看出，ggradar函数支持多序列雷达图，只是对它规定的数据结构很不能理解，为啥不是列代表分类，行代表轴变量呢，跟ggplot的语法还是有一些偏离，不过只要数据构造好之后，作图函数的语法是相当简练的
在找资料的时候偶然发现的这个图，这个图来源于论文 Russian periphery is dying in movement: a cohort assessment of internal youth.../ikashnitsky/2f3e2b2af6f50911bb775bbce6eb0fb8 https://ikashnitsky.github.io/2019/dotplot/ 感觉这个图很漂亮，数据代码还是公开的...，所以我们来重复一下 这个图横坐标是 变化率，纵坐标是地区，每一个纵坐标对应的是两个 1980-84 1988-92 变量，其中每一个对应的是实心点和空心点，census和stat record 这个图目前还想不到如何应用于我自己的数据...接下来是图例 他这里采用的办法是使用annotate()函数手动添加 font_rc <- "Times New Roman" p1+ annotate("rect", xmin = 29, xmax...，次条推文是广告 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记
如果是研究比较多的物种，可以直接使用R语言包clusterProfiler做富集分析当然是最好，最后可以很少的代码拿到很漂亮的结果图。...但是如果是比较小众的物种，没办法借助clusterProfiler这个R包的话,如何得到和clusterProfiler一样的可视化结果呢？...今天的推文介绍一下相关的R语言ggplot2作图代码 clusterProfiler能出的图有柱形图、气泡图、网络图、热图等 今天的推文只介绍柱形图和气泡图，网络图和热图相对比较复杂。.../500)))+ geom_col(aes(fill=Corrected.P.Value)) 接下来是对细节的一些调整，包括更改配色，图例的标题等等 library(see) ggplot(dat01...，左侧就会看起来很多，看起来不好看，这个时候可以在文字里插入一个换行符\n
遇到这个问题是在使用ggtree可视化展示进化树的时候，我想给进化树的枝分组映射颜色，对应的推文是跟着Nature Genetics学画图：R语言ggtree给进化树的枝分组映射颜色 第一步是准备进化树文件...image.png 加载需要用到的R包 library(treeio) library(ggtree) library(ggplot2) 读取树文件和分组信息 tree<-read.tree("practice.tree.../questions/45493163/ggplot-remove-na-factor-level-in-legend ggtree(tree_1)+ geom_tree(aes(color=group...image.png 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 需要示例数据和代码 点赞 点击在看 然后在后台留言 20210605 就可以了 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python...做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记；3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记！
《R语言数据可视化之美》中详细介绍了各种峰峦图的绘制方法。其中关于R-ggridges包的问题1今天有了新的认识，并做修正奉献给大家。...ggridges包有一个很惊艳的函数geom_density_ridges_gradient（）可以绘制多数据系列的核密度估计图，如下图所示： 在这个函数中，fill的颜色还可以以x轴的数值作为映射，...图表风格的自动转换；2. 颜色主题的自动转换；3. 新型图表的自动绘制；4. 数据分析的自动实现；5....Excel辅助工具的使用 Excel图表插件EasyCharts 2.0版本：EasyShu即将上线。新版本不仅会保留原插件的基本功能，而且会拥有其他更多新功能。...新插件可以轻松绘制矩阵气泡图，一键生成的效果如下图所示： 我们即将推出的Excel插件EasyCharts 1.0的升级版-EasyShu，也可以一键绘制峰峦图，其效果图如下所示。
“今天又是一篇Python可视化的好文。用过R语言的都知道ggplot2画出来的图表是极其舒适的，从配色到线条，都十分养颜。...之前我用过Python来画图，原始状态下的图表真的是难以入目，难登大雅之堂。今天，文章介绍了一个库，叫 plotnine，是可以实现ggplot2的功效，具体怎么玩？...Plotnine is the implementation of the R package ggplot2 in Python....It replicates the syntax of R package ggplot2 and visualizes the data with the concept of the grammar...Top 50 ggplot2 Visualizations — The Master List (With Full R Code), 2017. http://r-statistics.co/.
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