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Rggplot2在R包开发使用

尤其是在R编程改变了从ggplot2引用函数方式,以及在aes()和vars()中使用ggplot2非标准求值方式。...常规任务最佳实践 使用ggplot2可视化一个对象 ggplot2在包通常用于可视化对象(例如,在一个plot()-风格函数)。.../ 234, "r" = 25 / 234 ), class = "discrete_distr" ) R需要类都有plot()方法,但想要依赖一个单一plot()为你每个用户都提供他们所需要可视化需求是不现实...一个很好例子是ggdendro[3],它创建系统树但同时计算出数据以方便用户干自己想要做事情。...如果没有,则会将主题对象存储在编译后字节码,而该字节码可能与安装ggplot2不一致!

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R-ggplot2 空间绘图 - 房价气泡绘制

上篇原创推文使用了geopandas进行了房价分布地图推文教程,本期我们将使用绘图功能更加强大ggplot2 以及其推展包进行地图绘制和图表美化工作,主要涉及知识点如下: geojsonio包对...geojson数据格式读取 ggplot2 可视化展示 openxlsx 实现R灵活读取excel文件 ggtext包实现文本定制化操作 geojsonio包对geojson数据格式读取 这里使用数据和上期推文数据一样...,读取geojson格式文件代码如下: HK <- geojson_read("香港特别行政区.json",what='sp') 即可实现R语言对geojson格式地图文件读取。...转换成这样数据格式后,我们就可以使用ggplot2 进行可视化绘制。...ggtext 实现文本同行不同颜色设置 对一行文本不同颜色、粗细等文本属性设置,ggtext包 可以轻松实现(这个在Python目前还无法高效实现),这里我们只放出相应代码,如下: #导入ggtext

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R语言ggplot2做玫瑰(花瓣简单小例子

P0(FN2ZN}QH8QSC$2~ZEJGI.jpg 今天在一个交流群里看到有人问这个如何实现?...这种叫玫瑰或者花瓣,如果使用R语言ggplot2来做的话, 比较常规实现办法是先做柱形,然后再用极坐标,比如 df<-data.frame(x=LETTERS[1:6],...印象里好像见过python实现推文开头提到。...,我们试着用R语言ggplot2试一下 假设我们有10个数据 x<-1:180 x y<-sin(10*x*pi/180) df<-data.frame(x=x,y=abs(y)) df$yz<...小明数据分析笔记本 小明数据分析笔记本 公众号 主要分享:1、R语言和python做数据分析和数据可视化简单小例子;2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记;3、生物信息学入门学习资料及自己学习笔记

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R语言ggplot2做云雨简单小例子

云雨样子如下 ?...是一半小提琴加散点图组合,看起来有些像云朵加雨滴形式,所以得名云雨,主要作用还是用来展示数据分布情况 之前看到过相关推文进行介绍,大部分推文介绍实现办法都是使用gghalves包,这个包函数可以将...ggplot2常规图形只画其中一般,比如 geom_half_boxplor() geom_half_violin() 最近在一个介绍ggplot2扩展包链接里发现了一个包叫see,这个包里有一个函数是...geom_violindot()函数,画云雨非常方便,下面简单介绍一下代码 首先是安装see这个R包 install.package("see") 使用鸢尾花数据集作图 library(ggplot2...试了其中几个,发现这个配色还挺好看 ggplot(iris, aes(x = Species, y = Sepal.Length,

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R语言ggplot2绘制曼哈顿展示GWAS分析结果

之前分享过一篇推文介绍过这个内容 R语言ggplot2包画曼哈顿一个简单小例子,但是当时自己不太懂曼哈顿实现是直接借助ggplot2geom_jitter()这个函数实现。...这个函数并不会考虑每个变异位点位置,而实际曼哈顿是需要根据变异位点位置来画。今天推文重新介绍一下ggplot2绘制曼哈顿代码。...数据集就使用之前推文中用到数据跟着Nature Genetics学GWAS分析:emmax软件gwas分析/qqman包展示结果,这个数据太大,出有些慢,只随机选取了其中1%数据 (这个数据我自己存储路径...R语言中也有现成包和函数可以直接画曼哈顿,我这里选择用ggplot2来画是因为出后可以非常方便组合其他,比如可以叠加一个基因结构,然后再拼一个展示不同基因型表型差异。...这些如果是用ggplot2来做,都可以用代码实现,省去了手动拼图过程。

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R语言可视化——ggplot图表系统形状

今天跟大家分享ggplot图表系统形状。 在ggplot函数系统,形状是一类重要映射属性,如同颜色一样,它可以被赋予给变量,当然也可以直接指定实际形状类别。...ggplot函数图层理念,修改局部图层元素,需要在局部图层内进行设定,这里需要在geom_point()函数内部进行形状设定。 R绘图系统存储着形状符号多达25种: ?...颜色变量是所有属性为数不多既可以使用离散型变量、又可以使用连续性变量进行映射属性 二、关于制定属性映射时shape、size、colour(fill)位置问题。...作用于单个图层映射属性要放在对应图层,(比如作用于线条属性要放在geom_line()内,作用于形状属性要放在geom_point()内),作用于全局属性要放在全局系统函数层内【ggplot(...(比如本例同时作用于折线图和散点图数据集、x轴y轴变量以及分组变量等) 以上是个人学习ggplot函数过程中所获得一些体会和心得,希望能够帮助大家在学习R语言可视化过程少走一些弯路,限于个人能力和水平

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R语言ggplot2气泡叠加图片简单小例子

image.png 之前有人在公众号留言问这幅实现办法,这个是气泡,用ggplot2很方便能够实现,但是这个比较特殊是横坐标还有对应图片,当然出以后用其他软件来编辑是可以实现,但是对齐之类可能会比较麻烦...如果能用代码实现就能节省一些时间,正好最近看到一个ggplot2扩展包 叫做 ggimg 对应github主页是 https://github.com/statsmaths/ggimg 下面我们就来试试能不能用这个包来实现推文开头...(ggimg) library(ggplot2) ggplot()+ geom_point_img(data=df, aes(x=x,y=y,img=img),...vjust = 1)+ coord_cartesian(clip = "off") dev.off() 结束语:不知道威少搭配詹姆斯最后能出一个什么效果,之前记得有一个记录是 同一个队一场比赛两个人同时拿三双...这个记录应该能被威少和詹姆斯预定了吧 哈哈哈哈 示例数据和代码直接在后台回复 20210730就可以获取了 欢迎大家关注我公众号 小明数据分析笔记本 小明数据分析笔记本 公众号 主要分享:1、R

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R语言ggplot2漂亮和配色简单小例子

偶然间在github 上发现这个链接,示例数据和代码都有,很好R语言学习素材 链接是 https://github.com/blmoore/blogR ,主要内容有 image.png 光看这个可能有些枯燥...大家感兴趣的话可以自己研究研究 我们直接运行画图代码 加载ggplot2 library(ggplot2) 最基本 ggplot(mdf, aes(y=state, x=year, fill=c...)) + geom_tile() image.png 调整热方块一些内容 ggplot(mdf, aes(y=state, x=year, fill=c)) + geom_tile(colour...调整热颜色和图例 ggplot(mdf, aes(y=state, x=year, fill=c)) + geom_tile(colour="white", #linewidth...欢迎大家关注我公众号 小明数据分析笔记本 小明数据分析笔记本 公众号 主要分享:1、R语言和python做数据分析和数据可视化简单小例子;2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记

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R语言可视化——用ggplot构造期待已久雷达

之前一直苦恼于ggplot函数无法制作雷达,心想着既然饼可以通过柱形+极坐标模拟出来,为啥雷达不行。...我尝试着用折线图+极坐标来模拟雷达(之前在制作饼和圆环以及玫瑰时候就是这样做)。...后来又是在浏览r语言论坛时,无意间看到一个围绕ggplot2包开发插件——ggradar,果不其然,是专门用于辅助ggplot2制作雷达而生。...接下来我跟大家分享该插件使用方法: 因为是开发版,托管在github网站上,所以不能通过普通途径下载,需要使用devtools工具: install_github("ricardo-bion/ggradar...可以看出,ggradar函数支持多序列雷达,只是对它规定数据结构很不能理解,为啥不是列代表分类,行代表轴变量呢,跟ggplot语法还是有一些偏离,不过只要数据构造好之后,作图函数语法是相当简练

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R语言ggplot2做柱形展示富集分析结果

如果是研究比较多物种,可以直接使用R语言包clusterProfiler做富集分析当然是最好,最后可以很少代码拿到很漂亮结果。...但是如果是比较小众物种,没办法借助clusterProfiler这个R包的话,如何得到和clusterProfiler一样可视化结果呢?...今天推文介绍一下相关R语言ggplot2作图代码 clusterProfiler能出有柱形、气泡、网络、热等 今天推文只介绍柱形和气泡,网络和热相对比较复杂。.../500)))+ geom_col(aes(fill=Corrected.P.Value)) 接下来是对细节一些调整,包括更改配色,图例标题等等 library(see) ggplot(dat01...,左侧就会看起来很多,看起来不好看,这个时候可以在文字里插入一个换行符\n

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R语言ggplot2作图如何去掉图例NA

遇到这个问题是在使用ggtree可视化展示进化树时候,我想给进化树枝分组映射颜色,对应推文是跟着Nature Genetics学画图:R语言ggtree给进化树枝分组映射颜色 第一步是准备进化树文件...image.png 加载需要用到R包 library(treeio) library(ggtree) library(ggplot2) 读取树文件和分组信息 tree<-read.tree("practice.tree.../questions/45493163/ggplot-remove-na-factor-level-in-legend ggtree(tree_1)+ geom_tree(aes(color=group...image.png 欢迎大家关注我公众号 小明数据分析笔记本 需要示例数据和代码 点赞 点击在看 然后在后台留言 20210605 就可以了 小明数据分析笔记本 公众号 主要分享:1、R语言和python...做数据分析和数据可视化简单小例子;2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记;3、生物信息学入门学习资料及自己学习笔记!

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R语言ggplot2画一幅漂亮哑铃

在找资料时候偶然发现这个,这个来源于论文 Russian periphery is dying in movement: a cohort assessment of internal youth.../ikashnitsky/2f3e2b2af6f50911bb775bbce6eb0fb8 https://ikashnitsky.github.io/2019/dotplot/ 感觉这个很漂亮,数据代码还是公开...,所以我们来重复一下 这个横坐标是 变化率,纵坐标是地区,每一个纵坐标对应是两个 1980-84 1988-92 变量,其中每一个对应是实心点和空心点,census和stat record 这个目前还想不到如何应用于我自己数据...接下来是图例 他这里采用办法是使用annotate()函数手动添加 font_rc <- "Times New Roman" p1+ annotate("rect", xmin = 29, xmax...,次条推文是广告 欢迎大家关注我公众号 小明数据分析笔记本 小明数据分析笔记本 公众号 主要分享:1、R语言和python做数据分析和数据可视化简单小例子;2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记

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Excel-R-Python: 峰峦实现

R语言数据可视化之美》详细介绍了各种峰峦绘制方法。其中关于R-ggridges包问题1今天有了新认识,并做修正奉献给大家。...ggridges包有一个很惊艳函数geom_density_ridges_gradient()可以绘制多数据系列核密度估计,如下图所示: 在这个函数,fill颜色还可以以x轴数值作为映射,...图表风格自动转换;2. 颜色主题自动转换;3. 新型图表自动绘制;4. 数据分析自动实现;5....Excel辅助工具使用 Excel图表插件EasyCharts 2.0版本:EasyShu即将上线。新版本不仅会保留原插件基本功能,而且会拥有其他更多新功能。...新插件可以轻松绘制矩阵气泡,一键生成效果如下图所示: 我们即将推出Excel插件EasyCharts 1.0升级版-EasyShu,也可以一键绘制峰峦,其效果如下所示。

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