在Snakemake中,使用dynamic关键字时,可能会导致Snakemake停止而没有错误提示。dynamic是Snakemake中的一个特殊关键字,用于定义动态规则。动态规则是一种特殊类型的规则,其输出文件的数量和名称在运行时才确定。
当使用dynamic关键字时,Snakemake会根据规则的输入和输出文件的动态性来决定是否需要运行该规则。如果Snakemake无法确定动态规则的输出文件,或者无法找到满足输入文件要求的动态规则,它可能会停止而没有错误提示。
要解决这个问题,可以尝试以下几个步骤:
--debug-dag
参数来启用调试模式,这将输出有关规则依赖关系图的详细信息,有助于排查问题。总之,当使用dynamic关键字时,如果Snakemake停止而没有错误提示,需要仔细检查规则的输入和输出文件定义,并确保输入文件的可用性。如果问题仍然存在,可以尝试使用调试模式获取更多信息。
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