R-Purrr的使用，加速数据处理 Tidyverse中包含一个purrr程序包，之前在看数据处理分析时候，一直看到别人的code中，涵盖purrr，map函数，但是一直不知道这个是干什么的，现在发现purrr...Purrr 主要是替换for循环的使用。 Purrr引入了map函数以及一些用于操纵list的新函数。cheatsheet可以速查一些关于Tidyverse使用方法。...在了解purrr之前，需要掌握一些关于Tidyverse的基础。 关于Purrr的教程可以参考詹妮·布赖恩（Jenny Bryan）的教程。 珍妮的教程很棒，但比我的要教程长得多。需要耐心学些。...的方式一致，每个映射函数的第一个参数始终是要映射的数据对象，第二个参数始终是要迭代地应用于输入对象的每个元素的函数。...但是，您需要确保在每次迭代中都返回一个具有一致列名的数据框。 map_df将自动绑定每次迭代的行。
迭代方式主要有两种： 命令式编程 - for和while 函数式编程 - purrr 准备工作 purrr是tidyverse的核心r包之一，提供了一些更加强大的编程工具。...，我们可以先将for循环包装在函数中，然后再调用函数，而不是使用for循环，因此for循环在R中不像在其他编程语言中那么重要。...接下来我们将学习和使用purrr包，它提供的函数可以替代很多常见的for循环应用。R基础包中的apply应用函数族也可以完成类似的任务，但purrr包的函数更一致，也更容易学习。...$cyl) %>% map(function(df) lm(mpg ~ wt, data = df)) 因为在R中创建匿名函数的语法比较复杂，所以purrr提供了一种更方便的快捷方式——单侧公式...$r.squared) #> 4 6 8 #> 0.509 0.465 0.423 因为提取命名成分操作非常普遍，所以purrr提供了一种更简单的快捷方式：使用字符串。
purrr的设计目的并不是说要实现base R中无法实现的功能，只是base R中的这些底层函数使用起来太不方便而且容易出错，而purrr则用一种统一、安全的方式去重新打包了这些函数。...但是话说回来，在我最近写的包里面，我都尽量不使用purrr。 （purrr包的logo） ? “ 等等，你为什么不愿意在你最近写的这个包里面用purrr呢？...最近我不是在开发Bigrquiry这个包嘛（大猫：一个使用R从Google BigQuiry提取数据的API），我发现如果我用了purrr，那么我就很难避免不用dplyr，因为purrr严重依赖dplyr...“ tidyverse中的很多概念都被其他语言所借鉴了，那么tidyverse中有没有什么东西是借鉴其他语言的呢？ ” 当然。...虽然有时候技术细节非常难懂，但我的目的也并非理解这些细节，而是掌握最新的技术动态（get the big idea），并试图将这些酷的东西应用到R中去。 采 访节选：你在RStudio的一天？
这一次的内容太多了，我讲了 2 小时都没讲完，后续再放视频吧。有一段还忘记录了。。。...涉及编程的数据和代码都会放到 https://github.com/XSLiuLab/Workshop 推荐图书 《R for Data Science》[1] 《R 语言编程指南》 《R 实战》 其他推荐见...*与 write.* load 与 save readRDS 与 saveRDS 数据操作流程 放本小抄在身边，随时查阅 Tidyverse https://github.com/tidyverse/...基础语法一致，也可以使用 tidyverse 处理 整数索引 逻辑索引 命名索引 进一步的学习参考小抄、文档和《R 语言编程指南》 后几期主题 本期未讲述的内容？？？...正则表达式与字符串处理：base 与 stringr 列表处理与迭代计算：purrr 统计建模：stats 与 broom 绘图：graphics 与 ggplot2 函数编程：apply家族和purrr
本文的写作由来是知识星球一个朋友对如何在 tidyverse 系列包中使用公式函数（单侧公式）不太熟悉，所以通过本文分享一下我的心得。...img 公式保存了创建它的环境 使用到 R 的朋友几乎都用过公式，它在统计建模方面给了我们极大的方便。不过，公式相比于数值、逻辑值这些数据类型，有什么特点吗？...基本用法 假设我们要对 df 中的 x 和 y 列进行归一化处理，在不使用 scale() 函数的情况下，我们可能会手写一个函数： scale2 <- function(x) { (x - mean...这里完全不必要先构造一个函数再应用 2 次，使用公式函数结合 purrr 可以写出更简洁的代码： df3 <- purrr::map_df(df, ~ (.x - mean(.x)) / sd(.x)...在公式中，我们可以直接使用前面已经定义的变量，这里是 cfs。
tidyverse包，分享整洁数据的基础设计理念、语法和数据结构。...核心软件包是ggplot2、dplyr、tidyr、readr、purrr、tibble、stringr和forcats，它们提供了建模、转换和可视化数据的功能。...1 readr包：快速读写 1-1 readr包提供了几个新函数，能够更快的读取文件 readr包中的主要的函数有： read_csv，read_tsv，read_table，read_delim， write_csv...https://www.jianshu.com/p/f8b9e6bd52a2 [7] dplyr新功能解读: https://zhuanlan.zhihu.com/p/145839517 [8] 优雅的循环迭代...] R语言编程——基于tidyverse: https://zhuanlan.zhihu.com/p/198185888
逻辑运算是数学运算的重要组成部分，但其更是计算机计算的底层设置。作为一门数据处理语言，逻辑运算在R中承担着非常非常重要的作用。本专题就专门为大家整理一下R语言中的逻辑运算：TRUE/FALSE....x 逻辑非补充 xor(x,y)异或：xor(T,F)返回TRUEall(x)all()是在全部为TURE时返回T，any(x) any()是存在任何一个TRUE时返回TRUE R语言逻辑运算中额外注意...（2）在R中，所有非零值在逻辑运算中都会被当作为TRUE。...> TRUE & FALSE #返回[1] FALSE > 0.2 & 0 #返回[1] FALSE （3）在R语言中标量常被看作含有一个元素的向量，但在逻辑运算中是存在差异。...all(x==0))] X1 X3 X4 X5 1 0 0 0 0 2 -1 1 2 3 示例2：purrr包（tidyverse） purrr::discard(df, ~all(
❝今天会员交流群内有朋友询问图片预览遇到问题该如何解决，本节就来详细介绍一下R中图形预览及导出会遇到的问题，个人观点仅供参考。...✔ stringr 1.5.1 ✔ ggplot2 3.5.0 ✔ tibble 3.2.1 ✔ lubridate 1.9.3 ✔ tidyr 1.3.1 ✔ purrr...❝Cairo是R中的一个包，用于创建向量图形（如PDF、SVG）和位图图形（如PNG、BMP、GIF、JPEG）。它基于Cairo图形库，该库是一个跨平台的图形API，支持多种输出设备。...❞ 安装cairo包 install.packages("Cairo") 修改Graphics设置 ❝要访问和修改这些设置，可以在RStudio中按照以下步骤操作： 1.打开RStudio 2.在菜单栏中...（全局选项...） 3.在弹出的Options窗口中，从左侧菜单选择General 在General设置中，找到Graphics这里列出了上述的一些设置项，选择Cairo点击Apply->OK ❞ 完成上述设置后
那么，tidyverse就提供了一个很好的学习思路（tidyverse first），让我们先忽略编程这道大关，其理念是一开始不谈向量、矩阵、数据框、因子、流程控制等概念，直接从数据的操纵入手，让初学者在最短时间内学会数据的处理与可视化应用...(处理因子问题) tidyverse的安装也很简单，在R中输入以下命令： #安装包 install.packages("tidyverse") #使用前，记得载入包 library(tidyverse...管道函数 %>% 在tidyverse中，管道符号是数据整理的主力，它的功能和Linux上的管道符“|”类似，可以把许多功能连在一起，而且简洁好看，比起R的基本代码更加容易阅读！...总结 初学者从tidyverse 入门是一个不错的使用R的切入方式，它提供了一整套data science的工具，而且还特别好用。...当然，入门之后如果使用者在未来需要使用R完成更细腻的分析时，再分配较充足的时间学习base R。
❝本节来介绍两个R包内容较多，小编只介绍其中的两个功能分别是R包官网检索与循环格式转换，更多详细内容请参考官方文档。...❝经常会遇到一些R包安装的问题使用install.packages会提示R包不存在，这种问题可能是R包未提交到CRAN官方仓库，而安装github上的包则需要知道作者名及仓库名，因此使用packagefinder...「注：此方法只适用于CRAN及Github上的R包非100%都能检索，其它仓库不适用」 ❞ install.packages("packagefinder", dependencies = TRUE)...library(packagefinder) go("ggh4x","website") # 打开ggh4x包主页 循环格式转换 ❝使用purrr包写循环时会使得过程极为简洁，但是不利于直观阅读代码过程...) get_supported_fns("as_loop") # 了解当前支持purrr中的哪些函数适用as_loop() #> $map #> [1] "map" "map_at" "
简介 我之前预告过的 R 语言新书，起名为《R语言编程—基于tidyverse》，本书的目的是为了在国内推广 R 语言和 R 语言最新技术。本书非常适合新手 R 语言入门，老手 R 知识汰旧换新。...这种整洁、优雅的 tidy- 流，又带动了 R 语言在很多研究领域涌现出了一系列tidy-风格的包：tidymodels（统计与机器学习）、mlr3verse（机器学习）、rstatix（应用统计） 、...本书后半部分是R语言在应用统计、探索性数据分析、文档沟通方面的应用，所配案例力求能让读者上手使用。 4....分组汇总）、其它数据操作 （按行汇总、窗口函数、滑窗迭代、整洁计算），以及data.table基本使用 （常用数据操作的dplyr语法与data.table语法对照）。...本书所用的软件 本书使用最新版本的R语言4.1.1和RStudio 1.4，主要使用的R包是tidyverse 1.3.1系列。
学习目标 使用扩展包“ggplot2”绘制图表。 使用“map”函数进行数据结构迭代。 导出在R环境之外使用的图片。...1.设置数据框以进行可视化 在本课中需要制作与每个样本中的平均表达量相关的多个图，还需要使用所有可用的metadata来适当地注释图表。 观察rpkm数据。...`map`系列函数 purrr包map()提供了一系列函数，它是tidyverse中的一个包。参阅R for Data Science一书。...在本课中主要学习ggplot2绘图。 基础包绘图应用越来越少，因为ggplot2与基本R绘图函数相比功能更强大。ggplot2语法需要一些时间来适应，但一旦学会，会发现它非常强大、灵活。...这是因为每种类型的geom通常都具有一组必需的映射。映射使用aes（）函数设置，并且可以在geom_point()内部设置以专门应用于该层。
tidyverse就是Hadley Wickham将自己所写的包整理成了一整套数据处理的方法，包括ggplot2、dplyr、tidyr、readr、purrr、tibble、stringr、forcats...出版有《R for Data Science》（中文版《R数据科学》），这本书详细介绍了tidyverse的使用方法。...从文件中读取数据 purrr：(提供好用的编程函数 tibble：data.frame升级款 stringr：处理字符，查找、替换等 forcats：处理因子问题 ?...install.packages("tidyverse") #安装包 关联的包比较多，耐心等待一会儿 library(tidyverse) #使用前，记得载入包 以下讲：readr（读）、tibble.../ 03 — %>%：管道函数 ——将左侧的值应用到右侧数据data位置 管道函数在tidyverse中，管道符号是数据整理的主力，可以把许多功能连在一起，而且简洁好看，比起R的基本代码更加容易阅读
❞ 在开发 UCSCXenaShiny 的基础上，我将其中支持的 UCSCXena TCGA/CCLE 单基因数据下载函数进行了整理，构建了一个单一的入口。...这样即使用户无需加载 Shiny，也能够简单自在的下载 癌症单基因数据了。 ❝这里单独说的 TCGA 不太全面，实际包含了 TCGA TARGET GTEx 3 个数据库，它们是个体水平的数据。...CRAN 上的 UCSCXenaShiny，也需要进行上面的操作，否则无法使用最新的函数。...第 3 个是数据库，包括 toil（包括上面提到的 TCGA 等几个个体水平数据）和 ccle。 使用 了解函数参数后，使用就根据自己所需就行了。如果还不懂，可以不断试错。...──────────────────────── tidyverse 1.3.0 ── #> ✓ ggplot2 3.3.2 ✓ purrr 0.3.4 #> ✓ tibble 3.0.3
╮(╯▽╰)╭ ” Hadley Wickham，一个R圈如雷贯耳的人物，仅仅列举几个他开发的R包你就能知道他的分量了：ggplot2、dplyr、stringr、plyr、purrr、lubridate...……如果作为R的使用者你说自己与Hadley无关，那几乎只有一种原因——你用着他写的包却不自知。...写了这个包，把base R中的正则表达式函数全都用统一的名称给命名了一遍，它也就成了stringr的基础。很自然的，在第二次上这门课的时候，我就使用stringr教学生了。...你在使用其它tidyverse包的过程中也许已经接触了这些规范。我推崇这些规范，是因为他们真的在你的工作中起作用。就stringr而言，我认为以下两种这样的“规范”是最值得一提的。...例如base R中的sapply就不是对象类型一致的，因为sapply会首先尝试返回一个向量，如果实在无法coerce成向量，那么就返回一个list；而 tidyver 库中有个叫做purrr的包，他有个函数叫
背景 Tidyverse 是 Rstudio 公司推出的专门使用 R 进行数据分析的一整套工具集合，里面包括了readr，tidyr， dplyr，purrr，tibble，stringr...《R 数据科学》电子书：https://r4ds.had.co.nz/ tidyverse 包重构了 R 语言处理数据的语法，比默认的 R 函数更加方便，相当于一套新的语法，使用起来更加方便...，类似于 Excel 中的数据透视功能 pivot。...稀疏矩阵与稠密矩阵 在矩阵中，若数值为 0的元素数目远远多于非0元素的数目，并且非 0元素分布没有规律时，则称该矩阵为稀疏矩阵；与之相反，若非 0 元素数目占大多数时，则称该矩阵为稠密矩阵...二、tidyr 使用案例 library(tidyverse) library(tidyr) tdata <- mtcars[1:10,1:3] tdata gather(tdata) tdata <-
需要的软件 R和RStudio，这本书内容都是在RStudio软件中完成的，RStudio很适合初学者使用，毕竟是专门针对R开发的IDE，界面简洁明了，功能很多，操作也比较人性化，有很多好用的快捷键。...对象和函数 顺便简单介绍下对象和函数，在Rstudio中，我们导入的数据或是自己创建的数据都是以对象的形式显示在环境窗口（储存在了内存里），如我创建了对象a和b，它们的值分别是1和2；函数是具有一定功能的对象...安装可以在rstudio的Console栏的命令提示符 > 后输入以下代码： > install.packages("tidyverse") 加载R包 安装好的R包需要加载后才能使用，可以用函数library...() ── x dplyr::filter() masks stats::filter() x dplyr::lag() masks stats::lag() 可以看到加载了tidyverse中的子包...，conflicts显示的是其他包的同名函数被屏蔽，dplyr::mutate()这种输入方式可以表明mutate()函数是来自于dplyr包中的，而且当dplyr中的mutate()函数被其他R包的同名函数屏蔽时
写在前面 点图用处非常广泛，可以展示变量的分布情况，变量之间的相关性，回归结果等 本期介绍的是ggstatsplot包中绘制dotplot,scatterplot相关函数 2....用到的包 rm(list=ls()) library(tidyverse) library(ggstatsplot) library(ggsci) 3....grouped_ggdotplotstats 我们看一下不同cyl和cty的manufacturer分布情况 当然你也可以使用purrr包批量绘制，前面几期都讲过了， 这里就不赘述了 grouped_ggdotplotstats...grouped_ggscatterstats 我们看一下不同cly的displ的hwy的相关性 当然purrr包也是支持批量绘制的 grouped_ggscatterstats( ## arguments...label for the y-axis label.var = manufacturer, ## variable to use for labeling data points type = "r"
基于R和Python做的源代码，这里我们不仅可以得到大量优秀的源代码，同时我们可以得到一张决策树，用于知道如何使用代码。这两个人相当厉害了，不仅仅给大家了工具，还叫大家如何使用。...作为无私的分享，如果对大家有用，请在文章中致谢他们。如果我们需要交流代码，和谁交流呢？那必须是Yan Holtz，这位主要负责代码部分。Conor Healys负责图形设计工作。 ?...原图地址：https://www.data-to-viz.com/img/poster/poster_big.png 基于网站我们来做一个示例 大部分情况，我们的数据都是二维数据框：下面就二维数据框的数据...基于有顺序的二维数据框的出图 这是基于时间序列的一份二维数据。作者提供了数据下载地址. as.Date函数将数据转化为时间序列。...这里使用最后的60个数据进行可视化 这里做了折线图和点线图。我们ggplot出图就是这么随意，图形相加就是拼图。
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