我想在一本出版物中写一些关于Schnorr组的东西,我意识到在互联网上找到关于它们的任何东西是多么困难。谁能帮我解决以下问题?
施诺尔群的实际定义是什么(以及在哪里)?如果它是一个具有素数阶的乘法有限循环群,那么它的所有准则是否都得到了满足?在对什么是素数阶Q的循环群,使得DLP是硬的?的回答中,如果r In p = qr + 1是r>2,听起来就像是一个Schnorr集团?
Schnorr群是在哪里首次被引入的,谁称它们为Schnorr群?我查看了Schnorr签名与和DLP的安全性中的参考资料,但在Schnorr的专利中找不到任何有用的东西,他的论文直接以: KAC选择素数p和q,使
我正在使用python创建一个程序,将一组DNA序列转换为氨基酸(蛋白质)序列。然后,我需要找到一个特定子序列,并计算出现该特定子序列的序列的数量。这是我到目前为止所拥有的代码:
#Open cDNA_sequences file and read in line by line
with open('cDNA_sequences.csv', 'r') as results:
for line in results:
columns = line.rstrip("\n").split(",") #rem
如何按字母顺序返回列表?
我有序列翻译器,和一个可以读取dna和蛋白质序列的python代码。代码读取dna序列并将其翻译为蛋白质序列,读取蛋白质序列,将其与翻译的蛋白质序列进行比较,并打印出存在于读取的蛋白质序列中的蛋白质序列的列表。我如何打印它们中都存在的蛋白质的列表?
def translate_codon(cod):
"""Translates a codon into an aminoacid using an internal dictionary with the standard genetic code."""
我的处境有点不寻常。有七个不同的蛋白质存储在一个文件中,根据它们的残基名称。每种蛋白质都有不同的序列长度。现在,我需要计算每个蛋白质的质量中心,生成一个时间序列数据,我知道如何处理单个蛋白质,但不需要多个蛋白质系统。对于单一蛋白质,我可以这样做:
import MDAnalysis as mda
import numpy as np
u = mda.Universe('lp400start.gro')
u1 = mda.Merge(u.select_atoms("not resname W and not resname WF and not resname ION&
我正在尝试编写一个脚本,从包含蛋白质ID的文件中创建一个字典列表。到目前为止,我是这样写的:
#import packages
import sys
#get the file from the command line
map_file = sys.argv[1]
#create dictionaries containing the different proteins IDs
def get_mapping(map_file):
file = open(map_file)
result = list()
column_count = file.r
我试图用Node2Vec和支持向量机对蛋白质-蛋白质相互作用图上的节点进行分类,以预测与特定疾病相关的疾病基因。准确地说。关键是,我已经使用networkx创建了一个图,我的节点具有labels(蛋白质名称)和属性=0/1(如果该蛋白质是否导致疾病)。我在这张图上应用了node2vec,我有了我的模型。(在这个阶段,我不关心p和q的值),但我不知道如何将它输入SVM,或者更重要的是,如何在将向量化的图形输入到SVM之前降低它的维数。另外,我不知道这些向量中是否包含了我的节点的属性。然而,单独地,我有一个名为lbls的字典来拥有我的节点,它们的值在这里是一小部分代码。
node2vec = No
我有一个报告,它应该具有以下结构:
Group A.1
Header 1
Record Q.1
Record Q.2
Header 2
Record P.1
Group A.2
Header 1
Record Q.3
Header 2
Record P.2
Record P.3
....
然而,我总是得到这样的结果:
Group A.1
Header 1
Record Q.1
Header 1
Record Q.2
Header 2
Record P.1
Group A.2
Header 1
这个代码计算的是一些微生物蛋白质组的平均蛋白质长度(氨基酸数)。
从目前的情况来看,代码需要很长时间才能运行,我认为我在某个地方效率很低,但不能100%确定在哪里运行。
我运行代码的方式是使用bash-循环(对每个特定文件类型的示例(如*.faa)使用find )如下:
for FAA in $(find . -name "*.faa")
do
python proteinlengthgen.py $FAA
done
My代码:
from Bio import SeqIO
import sys
from collections import Counter
def s
我正在尝试从UniProt获取一些结果,这是一个蛋白质数据库(细节并不重要)。我正在尝试使用一些从一种ID转换为另一种ID的脚本。我可以在浏览器上手动完成此操作,但不能在Python中完成。
在中有一些示例脚本。我尝试了Perl one,它似乎可以工作,所以问题出在我的Python尝试。(工作)脚本是:
## tool_example.pl ##
use strict;
use warnings;
use LWP::UserAgent;
my $base = 'http://www.uniprot.org';
my $tool = 'mapping';
my
这是我偶然找到正确答案的问题之一,但我不明白为什么它是正确的,维基百科也没有帮助。对于Rosalind,我编写了一个简单的脚本,用于从一个蛋白质字符串中获取所有可能的RNA序列的数量(模块1,000,000)。我知道这不是最有效的代码(部分原因是我从以前做过的东西中回收比特),但这里是这样的:
protein = """<large protein string>"""
protein = ''.join(protein.split('\n'))
translate = {'UUU'