单元课视频初体验:学好Oncomine,触摸肿瘤数据挖掘

肿瘤数据挖掘,Oncomine好用到爆。那么这份Oncomine经典“食用”教程,请速收藏之。

肿瘤,一直以来都是科研者坚持不懈的攻关对象,近年来该领域更是老树新花惊喜不断,肿瘤相关研究数据也是呈井喷式增长。然而这些肿瘤数据的信息挖掘仍处于浅尝辄止的状态,目前很多功能未知的基因仍是一片蓝海,静待有心人来挖掘。

而Oncomine数据库作为肿瘤领域中经典样本数据库,涵盖了65个基因芯片数据集、4700个芯片及4亿8千万个基因表达数据,可用于分析基因表达差异、寻找离群值、预测共表达基因等,并可根据肿瘤分期、分级、组织类型等临床信息进行分类,有利于发现新的生物标记物或新的治疗靶点。

显然,坐拥最全的癌症突变谱、基因表达数据以及相关的临床信息的Oncomine数据库,着实科研者研究肿瘤的一把利器。

因此,为了让零基础的临床医生快速入门Oncomine数据库,解螺旋研发的科研技能单元课01《Oncomine数据库使用教程》重新升级改版,以视频的形式细述了该数据库的各项功能,包括注册、检索、分析等操作步骤,并以实例演示基因差异表达分析、基因表达与临床相关性以及多基因共表达分析三种常见应用,巨细无遗,堪称傻瓜式教程。

基因表达差异分析

在以非营利邮箱(如学校或研究机构邮箱)注册并登录该数据库后,既可检索基因表达谱差异,挖掘具有研究价值的靶分子,也可检索特定研究靶分子,分析其在肿瘤中的表达情况。

首先,以乳腺癌为例检索基因表达谱差异。

其次,以KDM5D为例,检索特定研究靶分子以及其在乳腺癌中的表达情况。

基因表达与临床相关性

Oncomine数据库收录的信息大多包括临床病例信息,因而也可对基因表达与临床相关性进行分析。而课程中也以CPSF7在乳腺癌中的分析为例,通过实际操作演示基因表达与生存状态关联分析以及肿瘤分期分析。

1.生存状态分析

2.肿瘤分期分析

3.其他

多基因共表达信息查询

如此,先跟着视频课程中的教程原封不动的操作一遍,熟悉Oncomine操作流程,随后将相应分子转换为自己所研究的癌种和分子,再做一遍,即可掌握该数据库的常规应用分析。此外,课后还有丰富的练习数据,学员们通过不断的巩固学习就可实现从懵懂到透彻的质变。

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  • 原文链接http://kuaibao.qq.com/s/20180511G1CFZ400?refer=cp_1026
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