老谈手把手,深度挖掘转录因子结构信息及结构位点分析

老谈老师庖丁解牛般拆解数据的细活又来了~

前两期转录因子套路课已经将其研究的套路以及必备常识都做了深入浅出的详细解析。不少学员经过此课程的洗礼后,其任督二脉被彻底打通,想来以后再读转录因子研究的相关文献必然会轻而易举。

而本期课程老谈则对范例文献进行庖丁解牛,详细解读分析文章数据及作图,并会以视频教程演示用生信数据库挖掘转录因子结构信息和预测靶基因启动子区域的潜在结合位点预测的具体做法。

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有时文献之所以难读,主要在于对文献的知识背景知之甚少、不甚了解。针对此问题,老谈则贴心地针对范例文献的背景知识、主要实验的具体原理以及作者的前期研究工作进行了整理,可让学员们快速了解文献的研究目的所在。

随后在此基础之上,课程也会对Figures中各个小图进行具体的解读,并探讨每个实验结果之间的逻辑关系,进而推导相应实验结论,以此理清文章说理思路。

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虽然这篇发表于Oncogene(IF>7)的文献在研究思路和实验方法上有很多借鉴之处,但基于科研素来以严谨为第一要义,且以细节处见真章,该文章中的5张实验结果图所存在微小瑕疵仍是躲不过老谈的火眼金睛。

以参考文献的Figure1为例,就存在图片对齐、Y轴标注、X轴标注的字体不一、数据展示顺序、小图边界以及星号标注等问题。

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在研究转录因子调控靶基因的过程中,这两个前置步骤必不可少:1)寻找靶基因启动子序列能够结合的转录因子;2)或寻找转录因子能够结合的下游靶基因的启动子序列。

而要实现对转录因子与靶基因间的牵线搭配,这需要先对转录因子的DNA结合结构域(DBD)以及DNA序列上的转录因子结合位点(TFBS)等相关知识做到了如指掌。

因而,课程中也介绍一些与转录因子预测比较权威且常用的网址,以及转录因子预测的局限性(如可能会存在大量的假阳性预测位点),同时也介绍针对数据库预测结果优化的三种方式。

而在一般情况下,可通过多个数据库预测靶基因启动子可能结合的转录因子,随后在多个预测结果中取交集并进行实验验证即可。

随后课程也以视频演示了通过NCBI的Gene数据库以及Uniprot数据库获取转录因子内相关结构域的结构信息的具体使用方法。

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课程也介绍了如何通过JASPAR网站获得转录因子结合位点的相关信息、以及通过UCSC联合JASPAR预测靶基因启动子区域内的候选转录因子的具体使用方法。

套路课系列之《转录因子研究套路课》:

套路课系列之《lncRNA套路课》:

套路课系列之《功能基因套路课》:

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  • 原文链接https://kuaibao.qq.com/s/20180712G00TNX00?refer=cp_1026
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