蛋白相互作用数据库

前些天，收到大家消息，有同学对蛋白互作网络感兴趣，因此今天就把之前总结的一些PPI(Protein-protein interaction)的database给大家发出来，供大家参考。

我们知道，每个同学做的研究方向不同，有的同学是做human的相关研究，有的同学是做其他模式生物的研究；数据库同样的，有的数据库只包括了human的PPI，而有的数据库只包含了一种非human的模式生物，而还有的数据库则不仅包含了human，也包含了很多的模式生物。

我们接下来看看都有哪些数据库，每个数据库都有什么特点吧。

1.BIOGRID: Biological General Repository for InteractionDatasetshttp://thebiogrid.org/BIOGRID是一个比较全面的数据库，不仅包含了一些主要的模式生物的蛋白基因的interactions，也包含了chemical associations，以及转录后修饰的内容

3.MIPS: a collection of manually curated high-quality PPI data collectedfrom the scientific literature by expert curatorshttp://mips.helmholtz-muenchen.de/proj/ppi/MIPS是一个关于哺乳动物的PPI数据库。这个数据库和其他相比，它里面的PPI可靠性更强，因为这些PPI都是从经过实验的文献中整理的，并不包含通过计算机计算出来的PPI.

4.STRING: known and predicted protein interactionshttp://string-db.orgSTRING这个数据库因为我个人用的比较多，所以给大家详细的介绍一下。

4.1点击主页右上角的Search按钮

4.2出现如下图所示的界面，大家可以输入自己感兴趣的蛋白名称，下面选择自己的物种，从下图可知可选择的物种是比较多的。

4.3输入TP53，选择Homo sapiens，点击Select

4.4 CONTINUE

自己感兴趣的蛋白，以及和这个蛋白有关系的蛋白都在网页上呈现出来了。我们可以看到nodes有不同的颜色，同时edges也有不同的颜色。其中不同的颜色表示不同的信息，在图片的下面会有比较详细的讲解。这个图片里面有什么参数设置之类的也都可以在图片下面很详细的了解到。

当然除了上面的数据库外，还有一些像BIND/IntAct/InterDom/MINT, …数据库非常多，大家可以根据自己的需求查找适合自己科研项目的数据库，然后再利用这些数据库为自己的课题服务。

恭喜你，又学到了新知识。

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