生信入门：序列比对之bowtie和bwa介绍

基因组mapping会有以下几个方面需要考量：

1.准确度。

基因组很大，并且有重复，如何准确的mapping到基因组。如果比对错误，则会造成假阳性的variant。

2.敏感性。

有variation的序列和参考基因组是不一样的，如何高效的把这些序列mapping到参考基因组上。并且每个个体是和参考基因组有差异的。

3.速度。

二代测序会产生非常多的数据，如何把这些序列快速的比对到参考基因组上。

针对以上mapping的几个考量，有如下的mapping的算法

From：Nat Biotechnol. 2009,27(5):455

但综合下来用的比较多的是bowtie和bwa，其他的软件因为各种原因都没有被小编用到过。

Bowtie运算速度较快，具体算法如下图所示：

BWA，准确度较高，BWA中包含了三种不同的mapping算法：

BWA mem：较常用，适合长片段（>75bp)

BWA aln:适合短片段

BWA SW:适合gap比较多的mapping

Mapping quality代表了什么？

Mapping可以把原始的fastq格式的数据mapping到参考基因组上，从而获得此reads的位置信息。其中mapping quality代表了reads所mapping的位置是否可信。如果一条reads可以mapping到多个位置，那么就会有比较低的mapping quality。在BWA算法中，如果可以mapping到多个位置，则选择最好的一个，但是mapping quality依然会很低。

具体mapping的命令

生成的sam文件即为注释到基因组上的文件，结果如下图所示：

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