利用garnett鉴定细胞

生信喵实验柴

发布于 2022-10-25 19:43:08

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发布于 2022-10-25 19:43:08

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背景

网站：https://cole-trapnell-lab.github.io/garnett/

文档：https://cole-trapnell-lab.github.io/garnett/docs/

一、软件安装

library(devtools)

install.packages("devtools")
devtools::install_github("cole-trapnell-lab/garnett") #缺依赖直接conda安装了

二、下载数据库

https://cole-trapnell-lab.github.io/garnett/classifiers/

garnett marker gene 列表

三、利用 marker 基因进行细胞鉴定

#利用marker基因进行细胞鉴定
library(garnett)

#读入10x 数据，转换为cds类
pbmc_cds <- load_cellranger_data("run_count_1kpbmcs/")
#marker基因文件
marker_file_path <- "./monocle3/hsPBMC_markers.txt"

#利用marker基因进行细胞鉴定
library(org.Hs.eg.db)
marker_check <- check_markers(pbmc_cds, marker_file_path,
                              db=org.Hs.eg.db,
                              cds_gene_id_type = "ENSEMBL",
                              marker_file_gene_id_type = "SYMBOL")
#绘图检查
plot_markers(marker_check)

写在最后：有时间我们会努力更新的。大家互动交流可以前去论坛，地址在下面，复制去浏览器即可访问，弥补下公众号没有留言功能的缺憾。原地址暂未启用（bioinfoer.com）。