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生信宝典

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讨论群问题：Linux 下的批量操作，第2种很赞

通常情况下我们的处理是针对多个样品的，比如多样品质控、多样品比对、多样品定量等。这时就需要用到循环来简化、优化计算了。

2022-03-27

2440

临床基因组分析相关数据库汇总

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一、人群SNV频率数据库数据库名称网站简介 dbSNP https://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/ dbSNP 包含人类单核苷酸变异、微卫星和小片段插入和缺失，以及常见变异和临床突变的发表、群体频率、分子结果以及基因组和 RefSeq 映射信息。 gnomAD http://gnomad.broadinstitute.org/或http://www.gnomad-sg.org/ gnomAD（v3.1.2）基于GRCh38，其中短变异（short variant）数据集涵盖了7

2022-01-19

1.5K0

非度量多维排列 NMDS (Non-metric multidimensional scaling)分析

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多维排列 (Multidimensional scaling,MDS)是可视化多变量样品(如多个物种丰度、多个基因表达)相似性水平的一种方法。其基于距离矩阵进行一系列的排序分析。

2022-01-18

4.3K0

基因组中的趣事（一）：这个基因编码98种转录本

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从ENSEMBL的注释来看，人基因组中包含60,676个注释的基因，19968个蛋白编码基因。这些基因长度不同、位置不同、转录出的转录本不同，下面我们用几篇推文一步步去了解下基因组中的基因都有哪些令我们惊讶的地方。

2021-10-22

9500

推荐几个常用的生物通路数据库

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NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析 (重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程)、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step)）、批次效应处理等内容。

2021-07-06

1.5K0

推荐几个常用的通路数据库

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生物通路是细胞内分子之间的一系列相互作用，导致细胞内的某种产物或改变。这种通路可以触发新的分子的组装，比如脂肪或蛋白质。通路也可以开启或关闭基因，或者刺激细胞移动。一些最常见的生物通路涉及到新陈代谢、基因表达的调节和信号的传递。通路在基因组学的高级研究中起着关键作用。

2021-03-10

1.6K0

R语言可视化学习笔记之ggridges包绘制山峦图

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ggridges包主要用来绘制山峦图。尤其是针对时间或者空间分布可视化具有十分好的效果。ggridges主要提供两个几何图像函数：

2020-09-27

2.1K1

中科院动物所团队揭示了空间种子传播集合网络的结构及功能维持机制

探究全球变化下区域生物多样性及其生态系统功能的维持机制和保护对策是生态学、生物地理学和保护生物学领域研究的重大课题。

2020-06-01

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翻车实录之Nature Medicine新冠单细胞文献|附全代码

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NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析 (重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程（原理、代码和评述）)、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step) - Limma差异分析、火山图、功能富集）等内容。

2020-05-26

1.3K0

DNA metabarcoding: 条形码的追踪饮食摄入之路

最近一项研究表明：DNA metabarcoding为追踪人类饮食中植物的摄入提供了一种有潜力的新方法，类似方法也可以用来检测人类食谱中的动物成分和真菌成分。该研究发表在了《mSystems》期刊 (IF:6.5)，阐述了广泛用于野生生物的研究方法能从人类粪便食物残渣中扩增和测序植物DNA。

2019-10-21

2.1K0

生信分析过程中这些常见文件的格式以及查看方式你都知道吗？

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生信分析过程中，会与很多不同格式的文件打交道，除了原始测序数据fastq之外，还需要准备基因组文件fasta格式和基因注释文件gtf格式。在分析的过程中还会有众多中间文件的生成，如bed、bed12、sam、bam、wig、bigwig、bedgraph等，生成后我们一般会查看下内容了解文件每一列的含义，以此来决定需要提取哪些有用信息列来进行下一步分析。

2019-10-14

2.4K0

你知道R中的赋值符号箭头(<-)和等号（=）的区别吗？

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作为一门高级语言，R语言拥有独特的语法，比如今天说道的赋值符号。在其他语言里，赋值符合通常用一个等号(=)表示，而在R语言里，承担这个任务的可以是箭头(<-)符号，也可以是等号（=）。这就导致许多R语言初学者，分不清R语言中的赋值到底是使用箭头（<-）还是等号（=）？许多早期学习R的童鞋都比较喜欢使用等号（=）进行赋值。毕竟，简简单单的a = 5用起来比较符合大多数现有语言的习惯。出于对某种赋值方式的偏好，甚至出现了等号党和箭头党，但是到底孰好孰坏，显然争不出任何结果，相对来说更重要的是了解这两者的区别。只有我们深刻理解了其相同与不同之后，才能更好的运用他们。

2019-10-14

6.5K0

Bioconda软件安装神器：多版本并存、环境复制、环境导出

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2017年生信宝典发布了Linux学习 - 又双叒叕一个软件安装方法，现在根据使用经验做一些更新，主要是增加了conda环境的复制、导入和导出功能。最开始是为了培训时，学员更方便搭建流程引入的，现在分享出来，方便更多人使用。

2019-08-23

1.9K0

在线平台如何做单细胞测序分析全套？有它so easy!

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专业生物信息学家也懂大家的痛，这不，单细胞测序数据兴起的时代，大佬们就在推出应对单细胞测序数据的在线工具（Granatum），方便你我他。

2019-05-14

2.6K0

Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（七）-导入10X和SmartSeq2数据Tabula Muris

Tabula Muris是测序小鼠20个器官和组织的单细胞转录组图谱的国际合作项目 (Transcriptomic characterization of 20 organs and tissues from mouse at single cell resolution creates a Tabula Muris)。

2019-05-09

1.8K0

AI科研绘图（二）：模式图的基本画法

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经过上次对基本元素和工具的学习（AI科研绘图（一）：零基础入门和基本图形绘制），我们基本上掌握了最常用和基础的工具的用法。

2018-12-05

5.2K0

别人的电子书，你的电子书，都在bookdown

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bookdown是著名R包作者谢益辉开发的，支持采用Rmarkdown (R代码可以运行)或普通markdown编写文档，然后编译成HTML, WORD, PDF, Epub等格式。样式清新，使用简单，值得拥有。(点击阅读原文，跳转博客，所有外链可点) 在Bookdown的官网，有很多免费的用bookdown写的R书籍，如Hadley Wickham等撰写的《R for Data Science》，Roger D. Peng撰写的《R Programming for Data Science》, 陈总的《液

2018-03-30

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