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单细胞各个亚群基因按照平均表达量排序后gsea分析
数据库
sql
编程算法
如果一定要做gsea或者gsva这样的给基因集合打分，也有几个补救措施，比如把单细胞表达量矩阵进行缺失值插补，或者把单细胞表达量矩阵构建成为metacell矩阵。不过，最简单的方法是把单细胞表达量矩阵按照各个亚群来进行表达量平均，我们以大家熟知的pbmc3k数据集为例，大家先安装这个数据集对应的包 SeuratData，并且对它进行降维聚类分群，参考前面的例子：人人都能学会的单细胞聚类分群注释 ，而且每个亚群找高表达量基因，都存储为Rdata文件。标准代码是：
生信技能树
2023-02-28
1.1K
0
怀疑了不该怀疑的人
黑石物理服务器
编程算法
前面介绍了 ： 一行命令将count转为CPM/TPM/FPKM ，是一个Python软件，也是读取gtf文件，根据id来自动计算每个基因的长度后进行相对应的公式的转换：
生信技能树
2023-02-27
444
0
再牛叉的技术也无法解决你网络问题
编程算法
当然了，很多人会说可以多线程下载，其实并不然，多线程的前提也是网络好才行。比如我自己在mac设置 axel 多线程
生信技能树
2023-02-27
377
0
R版BBKNN整合去批次
编程算法
github
git
开源
r 语言
之前我有测试过很多整合去批次的算法，例如CCA，RPCA，harmony，LIGER等：
生信技能树
2023-02-27
1.2K
0
使用ggpubr包的stat_cor函数一步到位绘制相关性散点图并且添加统计学指标
编程算法
https
http
网络安全
再比如前面笔记两次单细胞差异分析后的结果进行相关性散点图绘制提到的两次差异分析结果的对比，就使用了ggpubr包的ggscatter函数绘制了相关性散点图：
生信技能树
2023-02-27
1.8K
0
学徒抽丝剥茧想搞清楚这个转录组数据问题出在哪里
编程算法
ftp
https
网络安全
腾讯云开发者社区
这个CNP0002454数据集来源的文章：Identification of a 3-Gene Model as Prognostic Biomarker in Patients With Gastric Cancer ，大家可以自行阅读
生信技能树
2023-02-27
419
0
R不规则数据长变宽
python
编程算法
r 语言
我看了看，大概是提问的小伙伴自己没搞清楚自己想要什么，他自己给出来了一个非常丑陋的解决方案， 他实现如下：
生信技能树
2023-02-27
578
0
整合单细胞数据和Bulk数据的多种方法（二）：R包Scissor
编程算法
github
git
开源
https
上个帖子介绍了整合单细胞数据和Bulk数据的最新方法scAB，整合单细胞数据和Bulk数据的多种方法（一）：R包scAB。除了scAB以外，衔接单细胞数据和Bulk测序数据的方法还有Scissor， scPrognosis 和DEGAS 等工具。本系列文章计划依次介绍这些算法，提供给大家更多的选择。本文将继续介绍Scissor算法。
生信技能树
2023-02-27
2.9K
0
整合单细胞数据和Bulk数据的多种方法（一）：R包scAB
编程算法
github
git
开源
最近刷到NAR最新的一篇算法文章《scAB detects multiresolution cell states with clinical significance by integrating single-cell genomics and bulk sequencing data》，DOI10.1093/nar/gkac1109。通过整合单细胞基因组学（包括scRNA-seq和sc-ATAC-seq数据）和Bulk RNA 测序数据及表型信息，在这里作者提出了一种称为 scAB 的新算法。
生信技能树
2023-02-27
2.6K
1
不输于LASSO的SVM单细胞分类器
编程算法
jupyter notebook
开源
机器学习
索性就把各种其它机器学习算法都演示一遍吧，接下来是支持向量机，因其英文名为support vector machine，故一般简称SVM，五年前我就在咱们生信技能树公众号分享过它的用法，见：一文掌握SVM用法（基于R语言） ，如果要完全理解SVM原理及算法，还需要理解 线性回归，最小二乘法，逻辑回归，线性分类器，线性可分，核函数，损失函数。。。。。。
生信技能树
2022-12-16
508
0
为什么同一个文章使用两个不同转录组测序差异分析方法？
腾讯云开发者社区
编程算法
https
网络安全
是发表于2017的文章：《Transcriptome sequencing identifies ANLN as a promising prognostic biomarker in bladder urothelial carcinoma》
生信技能树
2022-12-16
392
0
配色神器R-grafify
编程算法
这里介绍一下grafify这个包，虽然它只能做基础绘图和基础分析，比如说柱状图、点图和ANOVA，
生信技能树
2022-12-16
979
0
ggplot的aes和aes_string的差异
https
http
编程算法
网络安全
数据结构
总共是26个基因，它们都是在case 和 control两个分组需要看表达量差异，而且case 和 control两个分组内部都是10个病人。
生信技能树
2022-07-26
1.8K
0
看过来！！这里有超级好用的单细胞数据分析与流式数据分析软件
数据分析
编程算法
图像处理
访问管理
这几天小编被朋友圈刷屏，流式行业巨头BD公司将在中国推出全新一代的FlowJo® Portal门户激活系统以及单细胞数据分析软件SeqGeqTM。FlowJo®软件只要做流式的老师肯定不会陌生，近些年FlowJo®研发团队也是在致力于高维流式数据分析方面，开发了种类非常多的算法插件，基本上降维/聚类/可视化的算法插件分析都有。加上推出了不用装插件的Pluginplay bundle欢乐包，插件也不用费劲装了，也是给没有生信背景的科研人员提供了非常不错的选择。
生信技能树
2022-07-26
1.3K
0
RNA-seq入门实战（十一）：WGCNA加权基因共表达网络分析——关联基因模块与表型
编程算法
go
连续两次求贤令：曾经我给你带来了十万用户，但现在祝你倒闭，以及 生信技能树知识整理实习生招募，让我走大运结识了几位优秀小伙伴！大家开始根据我的ngs组学视频进行一系列公共数据集分析实战，其中几个小伙伴让我非常惊喜，不需要怎么沟通和指导，就默默的完成了一个实战！
生信技能树
2022-07-26
8.9K
2
RNA-seq入门实战（九）：PPI蛋白互作网络构建（上）——STRING数据库的使用
数据库
sql
r 语言
go
编程算法
连续两次求贤令：曾经我给你带来了十万用户，但现在祝你倒闭，以及 生信技能树知识整理实习生招募，让我走大运结识了几位优秀小伙伴！大家开始根据我的ngs组学视频进行一系列公共数据集分析实战，其中几个小伙伴让我非常惊喜，不需要怎么沟通和指导，就默默的完成了一个实战！
生信技能树
2022-07-26
5.3K
0
RNA-seq入门实战（三）：在R里面整理表达量counts矩阵
编程算法
连续两次求贤令：曾经我给你带来了十万用户，但现在祝你倒闭，以及 生信技能树知识整理实习生招募，让我走大运结识了几位优秀小伙伴！大家开始根据我的ngs组学视频进行一系列公共数据集分析实战，其中几个小伙伴让我非常惊喜，不需要怎么沟通和指导，就默默的完成了一个实战！
生信技能树
2022-07-26
17.4K
0
RNA-seq入门实战（二）：上游数据的比对计数——Hisat2+ featureCounts 与 Salmon
编程算法
https
网络安全
连续两次求贤令：曾经我给你带来了十万用户，但现在祝你倒闭，以及 生信技能树知识整理实习生招募，让我走大运结识了几位优秀小伙伴！大家开始根据我的ngs组学视频进行一系列公共数据集分析实战，其中几个小伙伴让我非常惊喜，不需要怎么沟通和指导，就默默的完成了一个实战！
生信技能树
2022-07-26
4.1K
0
有必要把不同染色体差异基因使用圈圈图展示吗
编程算法
这两天我们讨论了差异分析：TCGA等大样本量差异分析该使用DEseq2还是edgeR呢？ 以及：使用DEseq2做转录组测序差异分析的时候顺便去除批次效应，就免不了提一下可视化了：
生信技能树
2022-07-26
680
0
使用DEseq2做转录组测序差异分析的时候顺便去除批次效应
编程算法
昨天的讨论：TCGA等大样本量差异分析该使用DEseq2还是edgeR呢？ 让大家印象深刻，也有不少留言问到如果转录组测序数据集有批次效应该怎么办。所以我打个补丁给大家，其实使用DEseq2做转录组测序差异分析的时候顺便去除批次效应。
生信技能树
2022-07-26
1.6K
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