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速度上吊打FindAllMarkers的单细胞亚群特异性高表达基因查询算法
对象存储
但是， 最开始我们得到几十个单细胞亚群的时候，就需要对每个亚群找一下各自的单细胞亚群特异性高表达基因，通常是使用Seurat包的FindAllMarkers函数，这个函数的帮助文档写的是：Finds markers (differentially expressed genes) for each of the identity classes in a dataset ，默认使用 Wilcoxon Rank Sum test (default) 方法。
生信技能树
2022-06-08
5.9K
0
甲基化捕获测序能否替代450K
硬件开发
https
网络安全
对象存储
数据处理
发表于 Epigenetics . 2016; 链接 https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26786415/，文章标题是：《Comparison of Methyl-capture Sequencing vs. Infinium 450K methylation array for methylome analysis in clinical samples》，随着 甲基化技术的深入人心， epigenome-wide association studies (EWAS) 时代到来了，但是临床上的EWAS研究要求成本可控，而且样品DNA起始量低，但是红极一时的450K芯片不尽人意，所以研究者们想试试看Methyl-Capture Sequencing (MC Seq) 能否替代450K。
生信技能树
2021-11-23
1.1K
0
50余种非抗癌药物居然也能杀伤癌细胞
https
网络安全
对象存储
我根据关键词定位到了发表于2020年1月的文章：《Discovering the anticancer potential of non-oncology drugs by systematic viability profiling》，链接是：https://www.nature.com/articles/s43018-019-0018-6 ,4518种药物（都是已获FDA批准或已在临床试验中证明是安全的现有药物和化合物）和578个癌症细胞系，必然得上高通量筛选的实验手段啦，如下所示：
生信技能树
2020-12-17
504
0
使用R包deconstructSigs根据已知的signature进行比例推断
对象存储
https
网络安全
数据库
sql
对wgs数据的somatic突变文件自己推断denovo的signature，可以使用SomaticSignatures 包的identifySignatures函数，这个教程我在生信技能树分享过：使用R包SomaticSignatures进行denovo的signature推断，比如：0元，10小时教学视频直播《跟着百度李彦宏学习肿瘤基因组测序数据分析》 这个文献，研究者就是使用R包SomaticSignatures进行denovo的signature推断，拿到了11个自定义的signature。
生信技能树
2020-06-09
2.1K
0
比较不同的肿瘤somatic突变的signature
对象存储
数据库
sql
https
网络安全
前面我们详细讲解过，sanger研究所科学家【1】提出来了肿瘤somatic突变的signature概念 ，把96突变频谱的非负矩阵分解后的30个特征，在cosmic数据库可以学习它。不同的特征有不同的生物学含义【2】，比如文章【3】 就是使用了 这些signature区分生存！主要是R包deconstructSigs可以把自己的96突变频谱对应到cosmic数据库的30个突变特征。
生信技能树
2020-06-09
1.9K
0
使用R包SomaticSignatures进行denovo的signature推断
https
对象存储
网络安全
数据库
sql
前面我在生信菜鸟团的肿瘤外显子数据分析专辑提到了，很多研究者会嫌弃cosmic数据库的30个肿瘤突变signatures，他们觉得cosmic数据库30个signature的生物学意义并不好，会尝试自己分解出来自己的signature。比如：0元，10小时教学视频直播《跟着百度李彦宏学习肿瘤基因组测序数据分析》 这个文献，研究者就是使用R包SomaticSignatures进行denovo的signature推断，拿到了11个自定义的signature。
生信技能树
2020-06-09
1.8K
0
UCSCXenaTools介绍
https
网络安全
对象存储
github
git
UCSCXenaTools 提供了下载 UCSC Xena 平台数据的 R 客户端，为官方文档 https://ucscxena.gitbook.io/project/overview-of-features/download-data 所推荐。
生信技能树
2019-10-24
2K
0
多位点取样外显子测序看食管癌的肿瘤内部突变异质性（逆向收费读文献2020-15）
对象存储
nat
NAT 网关
本研究发表于 Nat Commun. 2019 Apr ，题目是：Multi-region sequencing unveils novel actionable targets and spatial heterogeneity in esophageal squamous cell carcinoma. 纳入 39个ESCC病人，然后取肿瘤样品 185个，146个原位癌症样品和21个淋巴结转移样品。不仅仅是肿瘤外显子测序，还有一些TCR测序。
生信技能树
2019-07-05
787
0
100篇泛癌研究文献解读之癌症相关基因的饱和度分析
r 语言
数据库
sql
数据挖掘
对象存储
为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹，加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在：TCGA知识图谱视频教程（B站和YouTube直达）
生信技能树
2019-05-15
1.1K
0
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