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生信技能树

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速度上吊打FindAllMarkers的单细胞亚群特异性高表达基因查询算法
但是, 最开始我们得到几十个单细胞亚群的时候,就需要对每个亚群找一下各自的单细胞亚群特异性高表达基因,通常是使用Seurat包的FindAllMarkers函数,这个函数的帮助文档写的是:Finds markers (differentially expressed genes) for each of the identity classes in a dataset ,默认使用 Wilcoxon Rank Sum test (default) 方法。
生信技能树
2022-06-08
5.9K0
甲基化捕获测序能否替代450K
发表于 Epigenetics . 2016; 链接 https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26786415/,文章标题是:《Comparison of Methyl-capture Sequencing vs. Infinium 450K methylation array for methylome analysis in clinical samples》,随着 甲基化技术的深入人心, epigenome-wide association studies (EWAS) 时代到来了,但是临床上的EWAS研究要求成本可控,而且样品DNA起始量低,但是红极一时的450K芯片不尽人意,所以研究者们想试试看Methyl-Capture Sequencing (MC Seq) 能否替代450K。
生信技能树
2021-11-23
1.1K0
50余种非抗癌药物居然也能杀伤癌细胞
我根据关键词定位到了发表于2020年1月的文章:《Discovering the anticancer potential of non-oncology drugs by systematic viability profiling》,链接是:https://www.nature.com/articles/s43018-019-0018-6 ,4518种药物(都是已获FDA批准或已在临床试验中证明是安全的现有药物和化合物)和578个癌症细胞系,必然得上高通量筛选的实验手段啦,如下所示:
生信技能树
2020-12-17
5040
使用R包deconstructSigs根据已知的signature进行比例推断
对wgs数据的somatic突变文件自己推断denovo的signature,可以使用SomaticSignatures 包的identifySignatures函数,这个教程我在生信技能树分享过:使用R包SomaticSignatures进行denovo的signature推断,比如:0元,10小时教学视频直播《跟着百度李彦宏学习肿瘤基因组测序数据分析》 这个文献,研究者就是使用R包SomaticSignatures进行denovo的signature推断,拿到了11个自定义的signature。
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2020-06-09
2.1K0
比较不同的肿瘤somatic突变的signature
前面我们详细讲解过,sanger研究所科学家【1】提出来了肿瘤somatic突变的signature概念 ,把96突变频谱的非负矩阵分解后的30个特征,在cosmic数据库可以学习它。不同的特征有不同的生物学含义【2】,比如文章【3】 就是使用了 这些signature区分生存!主要是R包deconstructSigs可以把自己的96突变频谱对应到cosmic数据库的30个突变特征。
生信技能树
2020-06-09
1.9K0
使用R包SomaticSignatures进行denovo的signature推断
前面我在生信菜鸟团的肿瘤外显子数据分析专辑提到了,很多研究者会嫌弃cosmic数据库的30个肿瘤突变signatures,他们觉得cosmic数据库30个signature的生物学意义并不好,会尝试自己分解出来自己的signature。比如:0元,10小时教学视频直播《跟着百度李彦宏学习肿瘤基因组测序数据分析》 这个文献,研究者就是使用R包SomaticSignatures进行denovo的signature推断,拿到了11个自定义的signature。
生信技能树
2020-06-09
1.8K0
UCSCXenaTools介绍
UCSCXenaTools 提供了下载 UCSC Xena 平台数据的 R 客户端,为官方文档 https://ucscxena.gitbook.io/project/overview-of-features/download-data 所推荐。
生信技能树
2019-10-24
2K0
多位点取样外显子测序看食管癌的肿瘤内部突变异质性(逆向收费读文献2020-15)
本研究发表于 Nat Commun. 2019 Apr ,题目是:Multi-region sequencing unveils novel actionable targets and spatial heterogeneity in esophageal squamous cell carcinoma. 纳入 39个ESCC病人,然后取肿瘤样品 185个,146个原位癌症样品和21个淋巴结转移样品。不仅仅是肿瘤外显子测序,还有一些TCR测序。
生信技能树
2019-07-05
7870
100篇泛癌研究文献解读之癌症相关基因的饱和度分析
为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在:TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达)
生信技能树
2019-05-15
1.1K0
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