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百味科研芝士
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单一癌种综合分析也能发8分+SCI
数据库
sql
大家好！今天给大家介绍一篇2022年6月发表在Journal of Translational Medicine(IF:8.440)上的一篇文章。本研究作者全面分析了胶质瘤患者的小胶质细胞的作用并基于相应亚通路构建预后模型。
百味科研芝士
2022-12-12
294
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凝血相关基因免疫相关分析发13分+SCI
数据库
sql
大家好！今天给大家介绍一篇2022年6月发表在Briefings in Bioinformatics(IF:13.994)上的一篇文章。本研究作者对肝细胞癌患者的凝血相关基因进行全面分析并构建预后模型，随后研究两个亚型的免疫水平差异。
百味科研芝士
2022-12-12
437
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NETs相关基因构建预后模型干湿结合发12分+SCI
数据库
sql
大家好！今天给大家介绍一篇2022年5月发表在Journal for ImmunoTherapy of Cancer（IF:12.469）上的一篇文章。作者使用泛癌数据集研究NETs相关基因的表达水平并构建NETs-打分预后模型，可以用于预测癌症的生存期。
百味科研芝士
2022-12-12
664
0
除了用肉眼你还可以在线预测m6A位点-附m6A数据库列表
数据库
sql
http
ide
做完测序，下一步很重要的实验就是要找到m6A修饰的位点后进行下一步操作。比如在体外合成一段mRNA序列后决定该位点是否要携带m6A修饰。又或者过表达这段mRNA时把A碱基突变成其他碱基。总之无论如何，找到这个真正的m6A修饰位点还是非常关键的。
百味科研芝士
2021-09-03
6.2K
0
通路绘制软件介绍:PathwayMapper
数据库
sql
昨天我们介绍了两个基于现成数据库来可视化通路的工具。同时也说到这两个工具有两个不好的地方：1. 数据结果到处是png格式的；2.通路会显示所有相关的基因，有可能会造成可视化信息的混淆。这个时候其实最好的就是自己来绘制通路图，所以这两天就给大家介绍了几个自定义可视化通路的工具。今天就介绍这个PathwayMapper(https://www.pathwaymapper.org/)吧。
百味科研芝士
2021-09-03
915
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在线数据库帮你搞定多组学分析
sql
数据库
数据分析
随着高通量测序技术种类的越来越多，我们经常会拿到相关样本的不同组学的数据。那拿 TCGA 的数据库而言，对于同一个患者，就检测了RNA-seq， miRNA-seq， 甲基化芯片等等多组学的数据。对于这样有多组学数据的情况，除了基本的单一组学的分析，也可以尝试着融合多个组学一起分析。所以，今天就介绍一个多组学分析的工具。OmicsAnalyst (https://www.omicsanalyst.ca/OmicsAnalyst/home.xhtml)
百味科研芝士
2021-09-03
815
0
甲基化结合免疫浸润如何打造5分+SCI
数据分析
数据库
sql
题目：NEFM DNA methylation correlates with immune infiltration and survival in breast cancer
百味科研芝士
2021-07-12
713
0
这个在线神器帮你快速查询蛋白家族信息
数据库
sql
对于蛋白质而言，由于编码的氨基酸一个也就那些，所以总会碰到相似的氨基酸组合到一起然后发挥类似功能的这种情况。所以我们经常把那些序列和结构相似的一类蛋白质称为：蛋白家族。对于单一蛋白功能检索的数据库有很多，例如：gene、uniprot这类的。但是有时候我们需要知道一类蛋白家族的功能的话。那该怎么办的呢？所以今天就给大家推荐一个经典的蛋白家族检索数据库：pfam[http://pfam.xfam.org/]。
百味科研芝士
2021-01-07
3.6K
0
重磅！这个生信神器助你文章秒出图——miRNA与基因互作数据库
数据库
sql
网站
miRactDB为癌症和基因组学界提供了独特的资源，可以在正常和癌症患者不同样品数据中分别进行筛选，确定优先级并合理化其miRNA与基因相互作用的候选对象。而且可能存在一小部分但至关重要的miRNA，可深刻影响各种癌症的标志性过程。相信这个数据库会给正在进行miRNA与基因作用研究和生物信息分析研究者带来巨大的帮助。
百味科研芝士
2020-12-07
3.4K
0
GSEA分析学不会？这个在线数据库帮你搞定！
数据库
sql
linux
在某一项研究中，我们通过转录组或者蛋白组学研究了干预组和对照组的表达谱，获得了数千个基因的变化信息，如何从这些表达谱中发掘有用的信息？初步的生物信息分析可能已经给我们提供了它们之间的差异倍数，P值等等。接下来我们可以使用在线工具对基因表达的分布进行分析。这里提供一个最近更新的简单又快捷，不需要安装软件的在线分析工具：WEB-based GEne SeT AnaLysis Toolkit。
百味科研芝士
2020-11-13
9.1K
1
仅在免疫治疗不良反应上做文章，SEER数据库也能发4分+SCI
数据库
sql
大家好，这次给大家分享一篇2020年10月发表在Frontiers in Oncology上的文章，影响因子4.848。标题为Overall Survival in Heart Disease–Related Death in Non-Small Cell Lung Cancer Patients: Nonimmunotherapy Versus Immunotherapy Era: Population-Based Study。文章根据SEER数据库的晚期非小细胞肺癌患者数据，研究免疫疗法产生的心脏毒性不良反应对患者总生存率（OS）的影响。
百味科研芝士
2020-11-13
2K
1
如何利用cBioPortal分析基因家族？
数据库
sql
cBioPortal数据库是探索肿瘤的基因组学特征，是从DNA水平进行的，是对机制的进一步研究。基因差异表达、生存分析和免疫浸润分析，上述分析严格意义上讲均属于表型。免疫浸润分析属于交叉，算是表型式的解释，就是用现象解释现象，但其实并没有涉及具体的机制。
百味科研芝士
2020-11-05
1.9K
0
比EndNote还好用的文献引用方法
sql
（建议把软件Styles目录下不常用的期刊都删除，这里就不会显示这么多了，方便查找！）
百味科研芝士
2020-11-04
1.2K
0
cncRNAdb研究，怎能少了这个数据库？
数据库
sql
分子生物学的“中心法则”通常将信使RNA(mRNA)作为蛋白质合成中携带信息的中间产物。近些年来，各种不编码蛋白的RNA（ncRNA）被发现，如microRNAs、lncRNA和CircRNA，其功能范围包括从表观遗传调控到转录调控和信号转导。因此，目前对RNA主要根据蛋白质编码能力分为mRNA和ncRNA。
百味科研芝士
2020-11-04
641
0
生信神器带你揭秘细胞死亡新模式
数据库
sql
网站
腾讯云开发者社区
铁死亡是一种依赖铁的调节细胞死亡的新模式。细胞因内部脂质活性氧物质的有毒积累而死亡。它与多种人类疾病（例如癌症和退化性疾病）紧密相关。铁死亡过程很复杂，由多种代谢物和生物分子组成。尽管目前对铁死亡的研究已经有了一定的进展，但铁死亡的发病机理仍然需要进一步探索研究。现如今铁死亡已成为除m6A、自噬、代谢、免疫等明星研究的又一大热点，因此找到有效分析和利用铁死亡数据的方法至关重要。FerrDb网站，绝对是铁死亡研究分析的利器！
百味科研芝士
2020-11-04
1.2K
0
生信如何巧妙利用circRNA发3分+
数据库
sql
小编今天解读的这篇文章是2020年发表在Annals of Translational Medicine杂志（IF：3.297），题目为Identification and integrated analysis of hepatocellular carcinomarelated circular RNA signature。本研究识别出肝细胞癌相关环状RNA，进而揭示了circHMGCS1 / miR-581 / AURKA，circHMGCS1 / miR-892a / KIF5B和circTMCO3 / miR-577 / RHOA调控轴可作为检测HCC的新型生物标志物。上述circRNA的相互作用对可能参与了肝癌的发生和发展。
百味科研芝士
2020-10-09
2.3K
0
这些数据库助力你的脂代谢研究！
数据库
sql
tcp/ip
http
网站
代谢重编程是目前疾病研究比较火热的一个话题，代谢常常影响着多种疾病，以癌症为例，通过代谢通路研究，可以靶向寻找肿瘤细胞能量供应途径，从而抑制肿瘤细胞增殖，其中脂代谢可以称为疾病代谢机制研究中十分重要的一员。随着对脂质在细胞生物学，生理学和病理学中的多种生物学作用的更好的理解，脂质的研究已经发展成为越来越重要的研究领域。
百味科研芝士
2020-09-24
3.3K
0
如何利用生信数据库来深入挖掘突变相关课题
数据库
sql
基因突变有很多种类型，其中核苷酸的插入有可能影响基因的蛋白的编码。所以对于基因突变插入的研究是是很重要的。
百味科研芝士
2020-09-22
1.1K
0
啥？肿瘤细胞系还有在线数据库？
数据库
sql
硬件开发
肿瘤细胞系在肿瘤发生机制的阐明，药物敏感性的检测，肿瘤标志物的发现等研究内容中发挥重要的作用。肿瘤细胞系的数据显得尤为重要。
百味科研芝士
2020-08-24
3.1K
0
如何深入挖掘单基因分子机制发4分+纯生信文章？
数据库
sql
大家好，这次给大家分享的文献是microRNA-Dependent Modulation of Genes Contributes to ESR1's Effect on ERα Positive Breast Cancer，2020年5月发表在Front Oncol杂志上，影响因子4.848。文章重点研究ESR1基因在ERα阳性乳腺癌中的分子机制，着重使用了网络分析来构建分子调控机制！
百味科研芝士
2020-07-20
1.2K
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