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育种数据分析之放飞自我
生物统计, 数量遗传学, GWAS, GS
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gemma软件在Linux安装教程
linux
教程
软件
数据
系统
GCTA和GEMMA是GWAS分析中应用最广泛的两款软件，GCTA可以在Windows电脑下运行，而GEMMA软件只有Linux和Mac系统，这里介绍一下如何在Linux系统中安装GEMMA软件。
邓飞
2023-11-05
738
0
LD衰减图绘制--PopLDdecay
linux
ld
list
txt
LD衰减图，可以形象的查看群体LD衰减的情况。LD衰减是由于连锁不平衡所致，LD衰减速度在不同物种或者不同亚种中差异不同，通常用LD衰减到一般的距离来作为群体的衰减距离（还有其它计算方法），如果LD衰减很快，则在进行GWAS分析时需要更多的位点才能达到一定的精度。（计算群体GWAS分析所需要的最少SNP个数）
邓飞
2022-12-13
1.3K
0
不会安装使用PRSice-2软件就太不讲究了
linux
之前说要学习PRS，研究了一下，发现它和MAS、GWAS、GS都有相通之处，尤其是MAS，对于分子标记辅助选择，选择最适合的位点进行表型数据的预测，真是一个非常好的工具，它可以自动考虑LD冗余，矫正effect，选择最优子集，并给出目标群体（候选群）的预测值。
邓飞
2022-12-13
593
1
当R语言遇到plink，就在R中运行plink吧
r 语言
linux
https
网络安全
R语言和plink软件都是常用的软件，随着对软件的熟悉，就不用自己写代码了，直接改代码了，既然改代码，就在一个环境下运行就行了，不想来回切换R和Bash。问题来了：如何在R语言中运行plink软件。
邓飞
2022-12-12
1.4K
0
如何运行plink软件--三种方法
命令行工具
windows
git
linux
不不不，它只是一个软件，一个只能在命令行添加参数的软件，没有图形界面，没有快捷方式，不能用鼠标点击的软件。
邓飞
2022-07-27
2.2K
0
GCTA学习3 | GCTA的两篇NG：fast-LMM和fast-GLMM
linux
https
网络安全
编程算法
bash
GCTA在2010年首次释放，现在的版本是1.94.0beta，2021年到现在更新了3次，重要的更新时增加了fastGWA、fastGWA-GLMM，相关文章发表在NG上。
邓飞
2022-02-09
595
0
GCTA学习2 | 软件下载安装--windows和Linux
linux
腾讯云测试服务
windows
https
网络安全
GCTA官网：https://yanglab.westlake.edu.cn/software/gcta/#Download
邓飞
2022-02-08
4.3K
0
GCTA学习1 | 抛砖引玉--初步介绍
linux
数据分析
https
网络安全
康德说：世界上只有两样东西是值得我们深深景仰的，一个是我们头上的灿烂星空，另一个是我们内心的崇高道德法则。
邓飞
2022-02-08
989
0
混合线性模型 | 常用模型与代码演示
网站
linux
看报错，应该是Rcpp版本过低导致的，我建议老师重新安装一下lme4和Rcpp，如果还不成功，那就回到lib目录，手动删除这两个包，然后再重新安装，毕竟之前写过经验贴：R包安装失败之粗暴解决方法，以及不用砸电脑成功安装R包的方法。
邓飞
2021-12-06
833
0
关于Linux的grep -f命令，我以为我发现了bug
grep
linux
windows
r 语言
今天，我像往常一样提取基因组的样本，我有一堆样本的ID，需要从所有的基因型的文件中提取出来。
邓飞
2021-09-03
957
0
PCA分析的方方面面
数据分析
html
linux
今天做PCA分析时，发现了这个ggord包，绘图很给力。利用官方的文档，学习一下。这其中，我又将PCA相关的分析方法和作图汇总了一下：
邓飞
2021-03-30
1.6K
0
N1 | 什么是BLUP值？
linux
BLUP ：Best Linear Unbiased Prediction = 最佳线性无偏预测
邓飞
2021-01-12
2.1K
0
git | Windows下如何利用Linux的命令
linux
bash
windows
grep
bash 指令
在windows下，我也想用awk，sed，grep这Linux的三剑客，怎么办？之前我时安装的cywin软件，很麻烦，而且界面不好看，用着不方便。有没有方便一点，简单一点的软件呢？
邓飞
2020-10-23
2.4K
0
笔记 | GWAS 操作流程4-5：LM模型+数值+因子+PCA协变量
编程算法
数据分析
linux
r 语言
第一列为FID 第二列为ID 第三列以后为协变量（注意，只能是数字，不能是字符！）
邓飞
2020-05-29
3K
0
GWAS多环境表型数据用BLUE值还是BLUP值？
编程算法
linux
因为BLUP估算的是随机因子的效应值，随机因子的模型假定是：平均数为0，所以BLUP值之和应该是0或者接近于0，所以肯定有正有负的。
邓飞
2020-03-19
1.6K
0
基因组选择的几个概念
编程算法
linux
基因组选择利用覆盖全基因组的高密度SNP标记, 结合表型记录或系谱记录对个体育种值进行估计, 其假定这些标记中至少有一个标记与所有控制性状的QTL处于连锁不平衡状态.
邓飞
2019-11-19
1.1K
0
混合线性模型如何进行多重比较
linux
这里，得到的LSD = 6.708889, 多重比较中，用水平的平均值的差值，与LSD比较，如果大于LSD，则认为两水平达到显著性差异。
邓飞
2019-11-04
3.4K
0
GWAS和GS的结合：SSGWAS的应用
linux
满血复活。注意：这个blupf90的新功能，貌似有点问题，好几个人测试显示SSGWAS结果P-value不显示。还未坐实，待我测试后公布。
邓飞
2019-09-04
1.4K
0
可以做structure的R语言包：LEA
编程算法
linux
LEA: An R package for landscape and ecological association studies
邓飞
2019-06-13
1.4K
0
如何高效的在服务器和本地进行上传和下载文件
linux
bash
bash 指令
perl
html
昨天, 师弟告诉我可以在xshell中使用sz进行下载, 想要上传的话用rz就行了. 然后我竟然没有听过. 学习最好的方法就是写一篇博客, 比如这篇.
邓飞
2019-06-13
3.6K
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