邓飞

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短篇:call snp和GWAS的关系

首先,要确定样本,无论是300个自交系群体,还是300个病人的血液或者组织样本,这些自交系或者病人都称为样本(sample),提取DNA,每个样本对应一个DNA...

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使用TASSEL学习GWAS笔记(4/6):一般线性模型进行GWAS分析(GLM模型)

GLM模型中,将每个SNP作为固定因子进行回归分析,进行显著性检验,P值就是GWAS分析的p-value,effect就是SNP的effect值。如果有其它因素...

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育种不懂多性状模型,皆枉然

分别计算出单性状的育种值,然后根据权重进行选择。这种方法有一定效果,但是模型中没有考虑到性状间的协方差,误差较大。

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关于Linux的grep -f命令,我以为我发现了bug

今天,我像往常一样提取基因组的样本,我有一堆样本的ID,需要从所有的基因型的文件中提取出来。

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用最酷的方法学习R语言

这里推荐几本线上的电子书,作者都在不断的更新,网页版的电子书,copy代码无障碍,无广告,很流畅。

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1.5w字的Rmarkdown入门教程汇总

Rmarkdown 是 R 语言环境中提供的 markdown 编辑工具,运用 rmarkdown 撰写文章,既可以像一般的 markdown 编辑器一样编辑文...

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多重比较的可视化 | 增加趋势线及调整顺序

我不了解如何加趋势线,调整顺序的话可以设置factor的level,然后建议他研究一下,如果成功的话,可以把经验写出来,我转发一下。

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Excel如何插入中国地图进行可视化

今天,我们演示一下如何在Excel中插入中国地图,并对各个省份的销售额做一个可视化。上网上搜索了一下。看了网上面的解决方案,大体包括:

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圈图 | 不同品种的基因型数据绘制PCA图和聚类分析图

很多软件可以分析PCA,这里介绍一下使用plink软件和R语言,进行PCA分析,并且使用ggplot2绘制2D和3D的PCA图。

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育种数据分析中的遗传相关及其显著性的计算

3. 软件实现遗传相关计算 3.1 数据格式 前三列是系谱,有3个性状: y1, y2, y3 , 想要计算y1和y3的遗传相关,并用LRT检验显著性

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plink软件cookbook

快,真的是快,我用perl或者Python编写的代码运行需要50s,plink不到1s完成,在C语言面前,我掌握的语言是苍白的。所以,好好利用plink软件,对...

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PCA分析的方方面面

今天做PCA分析时,发现了这个ggord包,绘图很给力。利用官方的文档,学习一下。这其中,我又将PCA相关的分析方法和作图汇总了一下:

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PCA分析 | 不同品种的基因型数据绘制2D和3D的PCA图

很多软件可以分析PCA,这里介绍一下使用plink软件和R语言,进行PCA分析,并且使用ggplot2绘制2D和3D的PCA图。

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GCTA如何做PCA分析并进行可视化

看完gcta, 发现plink也可以构建G矩阵, 也可以进行PCA分析, 本数据使用plink的解决方案:

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RStudio server 自动掉线 安全是安全了,但是方便在哪里???

勾选Stat signed in when browser closes,再次打开RStudio还是要重新登录!

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GWAS学习 | 01-分析路线图

•基因型数据质控•MAF•geno•HWE•建模•GLM模型(连续性状)•logistic模型(二分类性状)

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radian | 一款21世纪的R语言编辑器

总所周知 1 【职业随想】我的电脑挂了,然后就不能使用服务器上的RStudio了 2,终端的R太丑了 3,而且不方便,就试一下radian这款编辑器 4,顺便写...

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不同试验设计遗传力的计算方法

农业和林业, 经常涉及到要计算遗传力的问题, 这是一个数量遗传学问题. 和动物计算遗传力不同, 植物和林木计算遗传力时, 一般是使用家系遗传力, 动物计算遗传力...

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R语言tryCatch使用方法:判断Warning和Error

R中判断warning和error状态的函数,我没有找到。一个玩Java的同事说,try.....catch多经典的方法,你怎么不用呢?

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WOX 软件 高效使用方法

比如你想通过google进行搜索(前提是你能上谷歌),使用g + 内容,比如你想搜索遗传评估

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