邓飞

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R语言 | 根据数据框的顺序进行筛选

这里有两个数据框,两者有相同的列(ID),这里想把第一个数据框,按照第二个数据框的ID列进行提取,顺序和第二个数据框一致。

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如何使用TASSEL l 做GWAS 说明文档

之前写的Tassel说明文档,虽然我都是使用命令行相关的软件,但是我发现,Linux,命令行对大多数人还是可望而不可即,分享一篇我做的说明文档,用示例数据,一步...

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R语言读取 xlsx 和xls 文件

xlsx文件,是2007,2013,2016版本的Excel文件,R语言中可以通过openxlsx包进行读取。

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如何利用系谱进行家系划分并可视化?

概念定义共祖系数:共祖系数为概率fAB,表示一个来自个体A,另一个来自个体B的两个同源基因(或等位基因)在系谱上是一致或相同的概率,也就是说来自同一祖先基因的概...

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怕死秃头工作站???

我仔细看了一下,原来Rstudio新建的脚本,默认的是R脚本,如果想要运行Python,需要新建Python脚本。

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机器学习 | 使用statsmodels和sklearn进行回归分析

记录一下使用Python进行的单变量回归分析的操作流程。另外推荐一个sklearn机器学习的哔哩哔哩视频(文末阅读原文,进行观看)。

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转基因蚊子后代死亡的原因

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笔记 | GWAS 操作流程5-1:根红苗正的GWAS分析软件:GEMMA

这个肯定厉害了,是「大家闺秀」,是「名门望族」,是「根红苗正」的GWAS分析软件。

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笔记 | GWAS 操作流程5-2:利用GEMMA软件进行LMM+PCA+协变量

这里,我们用正常的GWAS分析,考虑所有的协变量(数值协变量+因子协变量)+ PCA协变量,然后用混合线性模型进行分析。

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遗传评估中数据能不能转化,比如log转化?

最近有朋友问到这个问题,说是计算某个性状的遗传力,发现这个性状不符合正态分布,问怎么转化才可以分析???

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笔记 | GWAS 操作流程4-5:LM模型+数值+因子+PCA协变量

第一列为FID 第二列为ID 第三列以后为协变量(注意,只能是数字,不能是字符!)

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笔记 | GWAS 操作流程4-4:LM模型+数值+因子协变量

GWAS分析时,无论是一般线性模型,还是广义线性模型,都要对协变量进行处理。数值类型的协变量(比如初生重数值协变量,PCA的值)直接加进去,因子协变量(比如不同...

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机器学习编辑器的选择:Spyder

Spyder是一个强大的科学环境是用Python编写编辑器,由科学家,工程师和数据分析师所设计。它具有一个综合开发工具的高级编辑、分析、调试和概要分析功能与科学...

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笔记 | GWAS 操作流程4-3:LM模型+因子协变量

第一列为FID 第二列为ID 第三列以后为协变量(注意,只能是数字,不能是字符!)

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笔记 | GWAS 操作流程4-2:LM模型+数值协变量

上一篇,我们介绍了数量性状进行GWAS的一般线性模型分析的方法(笔记 | GWAS 操作流程4:LM模型assoc),这里我们考虑一下数字协变量,然后用R语言进...

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混合线性模型学习笔记1

利用混合线性模型在农业,食品科学,生物学,医学和技术科学中的应用,获得有关数据统计分析的知识和能力。

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使用矩阵操作回归分析兼论学习方法

这是一个描述女性身高和体重的数据,我们以height为X变量(自变量),以weight为Y变量(因变量),进行模型的计算。

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笔记 | GWAS 操作流程1:下载数据

这里,总结一下GWAS的学习笔记,GWAS全称“全基因组关联分析”,使用统计模型找到与性状关联的位点,用于分子标记选择(MAS)或者基因定位,这次学习的教程是p...

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笔记 | GWAS 操作流程2-1:缺失质控

清洗数据的时间占80%的时间,有句话这样讲:“Garbage in, Garbage out(垃圾进,垃圾出)”,所以清洗数据非常重要,今天学习一下基因组数据如...

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