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今天聊一下，GWAS分析后，如何评价结果的好坏。GWAS每个性状，对应不同的模型，比如GLM、MLM、FarmCPU、BLINK等，同样对于性状如果不符合正态分...
前几天写了一些单倍型分析的博客：如何计算群体中的单倍型频率，单倍型的显著性分析，以及介绍了为何要做单倍型分析：GWAS分析完，要做单倍型图，还要做单倍型的显著性...
之前写了几篇如何计算单倍型的博文：如何计算群体中的单倍型频率，单倍型的显著性分析，以及介绍了为何要做单倍型分析：GWAS分析完，要做单倍型图，还要做单倍型的显著...
家系划分，也算是将亲缘关系近的放在一起，作为一个家系。因此是可以使用系谱构建的亲缘关系A矩阵，进行聚类分析，然后可视化，然后挑选家系的。
今天聊一下，GWAS分析后，如何评价结果的好坏。我们知道GWAS分析有两个可视化的图：R语言如何绘制GWAS的曼哈顿图和QQ图
MEGACC 是 MEGA 的命令行版本，能在无图形界面的环境里进行进化分析，软件地址：https://www.megasoftware.net/
昨天写了一篇（单倍型的显著性分析）的博文，里面介绍了为什么GWAS分析后，要进行单倍型的显著性分析，简而言之，如果显著性位点在block中，以block为代表进...
GWAS分析完成后，进行单倍型图分析的核心目的是验证显著性位点的可靠性并深入理解其遗传背景，具体原因包括以下几点：
前几天有小伙伴问了我Genstat和R语言对比的问题，Genstat我经常使用，R语言我也经常用，所以，直接回答不如写篇博客。
上面的方法可以修改内存和硬盘，大部分都可以搞定。如果发现硬盘没有增加，可以使用下面方法，进行分区：
下面分享一个PPT，将植物育种中的数据分析内容介绍得非常清楚，这里加上我自己的理解，分享一下。
之前我总是认为，基因型数据对PCA分析，不需要进行LD质控，因为PCA构建需要先计算G矩阵（基因型数据绘制PCA图和聚类分析图），而G矩阵依赖LD，原则上SNP...
之前，准备写一下群体遗传分析三剑客（搞起来！群体遗传三剑客：PCA、Admixture、进化树），第一篇来啦！
这个代码是qqman画的，具体教程参考：GWAS分析中可视化：qqman和cmplot以及颜值即正义 | 只知道qqman而不知道cmplot是不专业的
飞哥推荐：基因型数据填充，对于GWAS和GS都至关重要，今天看到这篇文章，文中作者开发的软件，可以实现单细胞填充，针对低覆盖度的测序，有了更好的解决方案，以后G...
群体遗传学中常用的三大分析工具：主成分分析（PCA）、Admixture分析和进化树（Phylogenetic Tree），它们在分析基因型数据时各有侧重，互为...
昨天介绍了DeepSeek本地部署的思路（DeepSeek部署到个人电脑，用自己的笔记训练，本地运行，绝对安全），今天介绍一下如何操作。网上的教程很多，我实际操...
数据分析后，结果的可视化非常重要，比如GWAS分析后，将显著性位点进行可视化，AT的突变，共有AA、AT、TT三种基因型，比如对应的是体重，那么这三种基因型都有...
