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R语言之双细胞检测工具DoubletFinder
https
网络安全
双细胞的定义是一个液滴或一个微孔中包含了2个或多个细胞 。根据Poisson分布，单个液滴包含超过一个细胞（doublets或multiplets）的频率随着上机细胞的浓度而改变。通常如果上样细胞浓度较高，doublets/multiplets的频率也会增加。因此，单细胞实验中的doublets事件限制了实验时的细胞通量。当前有两个工具是比较流行的，一个是基于python的scrublet。其原理是数据中出现doublet时，有两种情况。一种称之为内嵌双细胞，在这种情况下，doublet和真正存在的某种细胞类型有相似的基因表达，doublet会和这些细胞被聚类到一起，同时在分群结果中占某一个群的一小部分，不会对最终的分析结果产生严重的影响。另一种情况称之为新型双细胞，在这种情况下，doublet会构成一个和现有的细胞类型基因表达非常不同的群，而这个新的群会严重影响到后续的分析结果。但不管在什么情况下，都假定doublet只占样本数据中很小的一部分。
一粒沙
2022-11-21
5.9K
0
Python深耕之minGPT的使用
https
github
网络安全
git
开源
GPT（Generative Pre-Training）是OpenAI在2018年发表的一篇论文《Improving Language Understanding by Generative Pre-Training》中提出的框架，本框架通过两个阶段进行任务的实现：第一个阶段是利用语言模型进行预训练（无监督形式），第二阶段通过 Fine-tuning 的模式解决下游任务（监督模式下）。第一个阶段中其实和 Embeddings from Language Models（ELMO）模型 是类似的，区别在于GPT用的特征提取器是Transformer，ELMO用的是RNN;；ELMO使用上下文对单词进行预测，而 GPT 则只采用 Context-before 这个单词的上文来进行预测。第二阶段的下游任务在文献原文中进行了描述如下图：
一粒沙
2022-11-21
2K
0
R语言操作pdf文档
https
网络安全
编程算法
至此对pdf文档进行文本的提取过程基本完成。当然这里有一个漏洞那就是没有开发提取pdf中表格的功能，为此有团队开发了对应的包pdftables。但是这个地方需要在https://pdftables.com/注册ID才可以应用提取表格功能，并且有页数限制。另外还有就是从pdf中提取图像的工具也并未发现。为此还是希望大牛进行后期的扩展。
一粒沙
2021-07-05
1.9K
0
特别栏目之新型冠状病毒（2019-nCoV）序列分析
https
http
windows
网络安全
Clustalw http://www.clustal.org/download/
一粒沙
2020-02-25
1.2K
0
R语言相识生物信息学
数据库
sql
https
http
网络安全
R在生物信息分析中有着极其重要的重要，无论我们做什么样的分析，我们都离不开强大的R。无论是统计学分析，还是想得到漂亮的图形，R都成了我们工作必不可少的一部分。无论是统计学算法，还是测序深度、覆盖度、热图、火山图、Peak、PCA、共表达网络、GO、KEGG的图形化，甚至很多TCGA等数据库数据的下载，我们无一例外都可以用R实现。接下来，我们介绍几个比较有用的网站论坛，希望对广大学习生物信息的同志们有所帮助。
一粒沙
2019-07-31
1.2K
0
R语言网络爬虫之Pubmed API的使用
https
网络安全
go
r 语言
xml
查询文献你懂的，我认为Pubmed首选。当oncotarget杂志不再被Pubmed检索的收获，多少博士内心发慌，多少专家内心悔恨自己掏出的稿费。当然，用好Pubmed不能仅限于利用网页界面去检索那么几个关键词，AND 或者 OR。今天我来给大家介绍一下Pubmed API是如何在R语言中运用自如的。
一粒沙
2019-07-31
6.1K
20
R语言实现基因序列的匹配和比对
编程算法
https
网络安全
我们对字符串都很熟悉，那么面对大量的测序序列字符串，我们如何对其进行处理分析，获得最终的结果。在R语言中有学者专门针对字符串的处理开发了对应的包，命名为Biostrings。
一粒沙
2019-07-31
7.1K
0
R语言获取ArrayExpress数据库数据
express
linux
https
命令行工具
网络安全
大家可能有一部分人对ArrayExpress数据库是比较熟悉的，当然也有人可能没怎么听说过。今天我么主要介绍一个可以获取ArrayExpress数据库数据的R包的安装以及使用。
一粒沙
2019-07-31
1.6K
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