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生物信息云

旨在传播生物医学科研实验技能和生物信息学基础知识及应用技巧
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R绘图笔记 | 散点分布图与柱形分布图
https://docs.qq.com/sheet/DV0dxREV1YkJ0ZmVj
DoubleHelix
2020-11-11
2.7K0
R绘图笔记 | 二维散点图与统计直方图组合
前面介绍了散点图、柱状图、直方图和核密度估计图,有时候散点图不能很直观的看的出数据的分布情况,这里介绍散点图与统计直方图组合绘制。
DoubleHelix
2020-11-11
1.6K0
R绘图笔记 | 柱状图绘制
绘图:geom_bar用于绘制柱状图,ylim设置纵轴值范围,them设置主题,axis.title设置坐标轴名称参数,axis.text设置坐标轴参数。
DoubleHelix
2020-11-03
1.1K0
R绘图笔记 | 一般的散点图绘制
plot函数中,x和y分别表示所绘图形的横坐标和纵坐标;函数中的...为附加的参数。plot函数默认的使用格式如下:
DoubleHelix
2020-11-03
5.2K0
生信人的R语言视频教程-语法篇-第二章:与R语言的第一次约会(R语言安装和下载)
下载地址为:https://cran.r-project.org 进入链接,如下图所示,在页面顶部提供了三个下载链接,分别对应三种操作系统:Windows、Mac和Linux。请选择自己操作系统对应的链接。
DoubleHelix
2020-04-21
7270
生信人的R语言视频教程-语法篇-第一章:与R的第一次相亲
R:为什么选择我?而不是其他高级语言,比如Python,Java,C,C++....那么多编程语言?
DoubleHelix
2020-04-21
9010
R语言数据分析与挖掘(第五章):方差分析(3)——协方差分析
为了更好的帮助大家理解,下面简要介绍相关结构,大家也可以自行回顾一下本公众号推送的回归分析与方差分析模型的结构;
DoubleHelix
2019-12-17
7.2K0
R语言数据分析与挖掘(第四章):回归分析(4)——logistic回归
前面我们介绍的回归方法,一般适用于数值型数据对象,对于分类数据类型就不再适用。对于分类数据对象,我们需要引入广义线性回归方法,比如logistic回归和poisson回归模型。这里我们介绍logistic回归。
DoubleHelix
2019-12-13
13.4K0
R语言数据分析与挖掘(第四章):回归分析(2)——多元线性回归
上一篇文章中介绍了一元线性回归(R语言数据分析与挖掘(第四章):回归分析(1)——一元回归分析),然而,在实际操作中,多元性回归会更多见,因为一个响应变量会对应多个解释变量,一种现象常常是与多个因素相联系的,由多个自变量的最优组合共同来预测或估计因变量,比只用一个自变量进行预测或估计更有效,更符合实际。因此多元线性回归比一元线性回归的实用意义更大。
DoubleHelix
2019-10-01
4.3K0
R语言数据分析与挖掘(第一章):数据预处理(3)——数据整理
在介绍了缺失值处理的方法之后,我们可以得到完整的数据集,但在进行数据分析之前,还需要对数据进行整理,下面我们将介绍数据整理的相关知识。
DoubleHelix
2019-09-25
1.3K0
TCGA数据挖掘(一):TCGAbiolinks包介绍
肿瘤基因组图谱(TCGA)计划是由美国National Cancer Institute(NCI)和National Human Genome Research Institute(NHGRI)于2006年联合启动的项目,研究的癌症类型从最开始的多形性成胶质细胞瘤(GBM)到现在为止共有39种,涉及29种癌症器官,1万多个肿瘤样本,27万多份文件,当然其项目也将于2017年接近尾声。
DoubleHelix
2019-08-27
4.4K0
R语言基础绘图教程——第5章:直方图和柱状图
R基础教程可先阅读:R语言编程基础第一篇:语法基础 1 barplot()函数绘制 数据: Group Count1 Count2 Control 10 8 Drug1 28 13 Drug2 23 14 Drug3 9 18 Drug4 15 6 #读入数据 data = read.table("barplot.txt",header=T) #绘制条形图,仔细喊下面没一行代码都生成一个图,看他们的差别会知道参数是干嘛的。 barplot(data[,2]) barplot(data[,2],nam
DoubleHelix
2019-08-15
5.9K0
R语言基础绘图教程——第6章:箱形图和韦恩图
R基础教程可先阅读:R语言编程基础第一篇:语法基础 boxplot绘制箱形图 部分数据: Value Group 2 a 4 a 3 a 2 a 4 a 7 a 7 a 2 a 5 a 4 a 5 b
DoubleHelix
2019-08-15
1.7K0
R语言基础绘图教程——第7章:小提琴图
R基础教程可先阅读:R语言编程基础第一篇:语法基础 ggplot2绘制小提琴图 library(ggplot2) library(gplots) library(RColorBrewer) options(StringAsFactors=FALSE) #read in the data file data = read.table('violin_plot.txt', sep="\t", header=T) #take a glance at the data head(data) dim(data) d
DoubleHelix
2019-08-15
3.2K0
R语言基础教程——第1章:初识R
R是统计领域广泛使用的诞生于1980年左右的S语言的一个分支。可以认为R是S语言的一种实现。而S语言是由AT&T贝尔实验室开发的一种用来进行数据探索、统计分析和作图的解释型语言。最初S语言的实现版本主要是S-PLUS。S-PLUS是一个商业软件,它基于S语言,并由MathSoft公司的统计科学部进一步完善。后来新西兰奥克兰大学的Robert Gentleman和Ross Ihaka及其他志愿人员开发了一个R系统。由“R开发核心团队”负责开发。R可以看作贝尔实验室(AT&T BellLaboratories)的RickBecker,JohnChambers和AllanWilks开发的S语言的一种实现。当然,S语言也是S-Plus的基础。所以,两者在程序语法上可以说是几乎一样的,可能只是在函数方面有细微差别,程序十分容易地就能移植到一程序中,而很多一的程序只要稍加修改也能运用于R。
DoubleHelix
2019-08-07
9650
R语言基础教程——第2章:R下载安装和环境搭建
下载地址为:https://cran.r-project.org 进入链接,如下图所示,在页面顶部提供了三个下载链接,分别对应三种操作系统:Windows、Mac和Linux。请选择自己操作系统对应的链接。
DoubleHelix
2019-08-07
5.5K0
赶快收藏:R语言常用函数整理
文末有获取电子版方式
DoubleHelix
2019-08-07
6870
R语言基础教程——第五章:循环结构
在编程的时候,当我们需要执行一段代码多次时就不可能重复输入该代码多次,这就有了循环编程结构。一般来说,语句按顺序执行。首先执行函数中的第一个语句,然后执行第二个语句,依此类推。无论是R还是其他编程语言,都提供了允许更复杂的执行路径的各种控制结构。同时,循环语句允许我们多次执行语句或语句组,今天,我们来看下R语言中循环语句。
DoubleHelix
2019-08-07
8860
R语言基础教程——第7章:面向对象编程(S3类)
面向对象是一种对现实世界理解和抽象的方法,当代码复杂度增加难以维护的时候,面向对象就会显得非常重要。学过Java和Javascript两种语言的话,不难理解面向对象。
DoubleHelix
2019-08-06
3.2K0
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