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GWAS流程知多少-Hail
https
网络安全
html
python
Hail是一个用于可扩展数据探索和分析的开源库，特别是基因组学，为各种规模的基因组分析提供强劲支持，云原生的基因组数据框架和批处理计算。Hail需要Python 3和Java 8 JRE[1]， GNU/Linux 还需要 C 和 C++标准库（如果尚未安装）。有关库的高级用法，请参阅概述[2]，有关全基因组关联研究的简单示例，请参阅GWAS 教程[3]，以及安装页面[4]以开始使用 Hail。
用户1075469
2021-12-18
826
0
QIIME 2 2021.8到来啦
https
网络安全
html
编程算法
2.一个新工具:qiime tools cast-metadata，允许用户通过命令行将元数据列转换为新的 q2:types
用户1075469
2021-11-02
398
0
SMURF流程之q2-sidle（一）
html
php
前面说到Science封面文章用的16S数据分析流程有qiime2的插件版本，可以解决基于matlab MCR standalone版本的报错，于是实践一下！https://github.com/jwdebelius/q2-sidle。conda的安装就不表了，教程挺多的。
用户1075469
2021-03-11
585
0
宏基因组学习笔记2
html
metagenomics， 在希腊语中meta意思是超越的。宏基因组研究的目的是通过对菌种（株）的鉴定，获得真实的多样性数据，功能，协作和进化。宏基因组分析的三个任务是物种分析（它们是谁），功能分析（能干什么，潜力），比较分析（怎么比较它们）。
用户1075469
2020-08-18
1K
0
ade4TkGUI可视化统计和绘图
gui
http
html
网站
windows
在学习肠型的时侯发现了这个包，发现有图形界面，于是学习和分享一下！ 内容基本翻译自官网：http://pbil.univ-lyon1.fr/ade4TkGUI/home.php?lang=eng 一
用户1075469
2020-06-16
495
0
宏转录组学习笔记（二）
https
html
网络安全
php
继续前面的学习，前面已经把软件安装完成，数据库准备好，下面就是分析的过程了，基本上按照原文的命令进行的，由于教程中没有给出tara_f135_full_megahit.fasta这个文件，这里我们就把这几个样本的组装提到了前面，自己组装获得这个序列，然后再进行物种注释。
用户1075469
2020-03-31
1.4K
0
文献学习--大肠癌中富集的7种细菌是潜在的诊断标记物
数据结构
html
以上是来自2018年5月的热心肠日报，这篇文章[1]这会拿出来重读是因为，我发现有公司以这篇文章的方法做成了一个肠癌早筛产品，就是前段时间发布的以检测7种菌来进行肠癌早筛的产品。不小心找到了这个公司的专利，结合这篇文章一起学习一下。
用户1075469
2020-03-03
551
0
ubiome类似数据dada2处理探索2
http
https
网络安全
html
容器镜像服务
首先把usearch申请下载到工作目录，然后docker挂载到home，当然如果linux就直接省了这一步了，可以下载（安装）好直接使用。
用户1075469
2020-03-03
650
0
2019年主流测序仪参数对比
https
网络安全
html
硬件开发
大浪淘沙，好多基因测序仪厂家已经被历史的车轮甩在了滚滚红尘里，还余下几家大的公司屹立在市场上，有的正在垄断市场（Illumina），有的是正在急速掘起的翘楚(Oxford Nanopore, Pacbio)，还有的是国产的希望(华大智造)。今天，让我们来再看一下它们主流机器的参数，来对比下机器的性能。
用户1075469
2020-03-03
1.2K
0
肠型分析学习笔记
http
r 语言
html
肠型，Enterotype，是2011年在这篇文章中提出的，即将过去的2018年又有20多们肠道微生物的大佬对肠型的概念进行了回顾和确认。一直比较好奇怎样来用代码分析肠型，今天找到了这个教程，放在这：
用户1075469
2020-03-03
1.3K
10
做了个简陋的网页娱乐版HLA分型
硬件开发
https
html
网络安全
可以用snp芯片数据实现HLA分型，任意的SNP芯片，只要位点数足够即可（几十万）。
用户1075469
2020-03-03
551
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Q2studio学习笔记三
html
继续我的qiime2图形界面q2studio学习笔记，之前已经获得了featuretable，现在对这个表做个统计。依旧是很简单的，选择featuretable--visualization-summarize table，这里是需要实验设计文件（metadata）的，最好放上，这里我就不放了。点run之后，很快就有结果了。
用户1075469
2020-03-03
388
0
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