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QIIME2 2022.8来啦
https
网络安全
github
git
开源
有多少小伙伴和我一样,一直期盼着Qiime2更新的,在月末,qiime2新版本终于发布啦!小编敲黑板:
用户1075469
2022-11-08
390
0
开发了个在线绘图小站+github加速
https
github
git
开源
网络安全
最近,和同事一起做了个绘图小站,刚刚起步,虽然只有两个图的画图功能,可能还存在bug,欢迎试用反馈呀!本着先上线,小步迭代的思想,决定把这个小站公布下,希望能坚持做下去。建站的方法比较简单,之前已经搭建好的lamp,外加上shiny server,使用shiny解决的啦,基于基本没有前端基础,审美也一般情况,于是就采用了一个还算美观的模块,把shiny App嵌入其中实现的,只是为了掩饰App的丑。估计小站没有什么流量,就用了自己搭建博客的小站,性能一般,画图应该几秒可以出来的,不过网页加载有点慢,请轻拍砖。如果有更多个性化绘图需求,请联系我们。
用户1075469
2022-11-08
574
0
SAIGE用户手册笔记1
https
网络安全
github
git
开源
群体遗传学领域,看起来华人(中国人)至少是占据前线的,至少很多软件的一作就是中国人的名字,至少活主要是我们干的。当然,也有很多华人(国人)大牛开发了史诗级别的软件,向勤劳的华夏人致敬!SAIGE 这个软件也是如此。最新更新了1.0版,一起来学习下新的软件文档。
用户1075469
2022-04-15
1.8K
2
扩增子甲基化流程知多少
github
git
开源
https
网络安全
最近涉猎了些扩增子甲基化的测序的内容,发现单就分析方面,就有不少的分析流程呢,一一列举一下!
用户1075469
2021-11-02
474
0
《高效R语言编程》9、10--高效协作和学习
git
github
开源
本章主要是代码标准与技术的内容,需要安装的包是lubridate和dplyr,这些包用来演示良好的实践。高效协作的5条高级技巧:
用户1075469
2021-07-27
991
0
QIIME 2 2021.2 版本发布啦
api
github
git
开源
提醒一下,我们下一个计划发布的QIIME 2计划于2021年4月发布(QIIME 2 2021.4),但请继续关注更新。
用户1075469
2021-03-11
613
0
SMURF-Science封面文章使用的16S新流程
matlab
github
git
开源
r 语言
肠道微生物是近两年的研究热点,但是去年登上Science封面的是一篇研究肿瘤中的微生物的文章,另人眼前一亮,有些肿瘤即使没有与外界环境相通,也是有微生物的存在的。外行看热闹,内行要看看他是具体怎么进行研究的。
用户1075469
2021-02-15
748
0
ngs进行HLA分型(二)
github
git
开源
发现这个软件之前的官网已经打不开,但是在github上仍然在更新,https://github.com/SyntekabioTools/HLAscan或许是换了工作?最近一次更新是2019.12.4,还是比较新的。发现wegene的NGS HLA分型报告是用的这个软件的参考文献,估计还是权威些的。
用户1075469
2020-11-11
863
0
windows 安装 miniconda3 +jupyter lab ,使用系统R语言
r 语言
开源
https
网络安全
git
觉得jupyter+R挺配的,可以每块代码直接在下面输出结果,适合R语言学习。我觉得我就是因为这个工具+生信技能树的R语言入门教程而入门的R语言。当然,入门一门语言很可能不能靠一本书,而是需要多本书才能实现。
用户1075469
2020-10-23
1.4K
0
生物信息学数据管理习题 Python3
r 语言
github
git
开源
python
这是我两三年前学习过的一本书,我觉得这本书挺好,把生物学的问题直接在python学习中解决了,推荐给大家,之前还整理了习题代码,分享一下。之前分享在了github上,收获了10颗星,惭愧,已经是我最多星的一个。还有一两个习题记得没有解答出来,如果你解答出来了,欢迎交流!代码有的肯定不是最优的,只是一种解答方法,可能有错误,也欢迎指正,谢谢!我坚信分享使我们快乐,加油!我是用python3完成的,当然二者区别也很小(目前我基本只认识到了print函数的区别),除非遇上那种多年不遇的bug。
用户1075469
2020-05-18
903
0
使用nf-core的ampliseq(qiime2)流程分析16S数据
数据分析
github
git
开源
最近看到生信技能树的一篇推文在介绍nf-core这个流程管理工具,发现官方有qiime2的流程,学习一下,顺便探索一下中间的坑。关于nf-core,这篇推文已经介绍的够多了,我这里主要学习它的搭建和使用。
用户1075469
2020-04-14
1.3K
0
画个草原之旅路线图
https
github
http
网络安全
git
这周的六天时间,去了祖国的内蒙古,体验了草原的辽阔,人民的好客,精准扶贫开发的进展。由于报了个以大巴车为主要交通工具的团,行程两千公里以上,跨越半个中国,我突发奇想觉得画个路线图是一个多么好玩的事,于是,我一路上用地图记录经过和几个大的地点,决定使用R语言来画个图看看。
用户1075469
2020-03-03
511
0
祖源探索"三步曲"
https
网络安全
github
git
开源
最近探索了一下祖源的分析,从R语言代码分析所有染色体的祖源成分,到Y染色体和线粒体,大概是三步,和大家分享一下:
用户1075469
2020-03-03
1.1K
0
使用R语言读取PUBMED存入MYSQL数据库
r 语言
github
git
开源
数据库
最近,在科研狗网站看到了一个有趣的项目,使用R语言读取pubmed存入mysql数据库,之前报名没有报上,还是决心要跟着做一下,无奈R语言水平比较渣渣,只能复制别人的代码来用,悲剧的是,原代码复制过来还是报错,来一个小目标,把这段代码运行起来。花了两三天的功夫,终于实现了目标。
用户1075469
2020-03-03
3.4K
0
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