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R语言ggplot2画柱形图展示GO富集分析结果—给坐标轴文本添加框线
go
ggplot2
工具
函数
数据
有朋友问到这个GO富集分析的柱形图坐标轴文本的框线是怎么实现的。我目前的思路是用geom_text()函数添加文本代替原来的坐标轴文本，然后用geom_rect()函数添加矩形框线。（这个框线是一个平行四边形，geom_rect()函数画的是矩形，如果要画平行四边形可以借助geom_polygon()这个函数实现，但是平行四边形四个顶点的的坐标不太好确定）整体试下来虽然能够实现，但稍显麻烦，暂时想不到比较方便的办法。目前看来还是先出图，然后借助其他修图工具来添加框线可能会相对简单一些。
用户7010445
2023-09-25
763
0
使用STEM程序分析基因表达的时间趋势并划分聚类群
go
java
express
前两篇分别介绍了使用Mfuzz包、TCseq包在具有时间序列特点的转录组、蛋白质组数据中分析基因或蛋白表达的时间趋势，并将具有相似表达模式的基因或蛋白划分聚类。这两种方法都是R语言程序包。但如果您不习惯用R，但仍期望实现类似的功能（时间趋势分析、聚类以及可视化作图等），本篇再继续介绍一个图形界面程序，短时间序列表达挖掘器（Short Time-series Expression Miner，STEM），它在很多文献中也常见到。
用户7010445
2021-07-12
9.4K
1
R语言ggplot2零散笔记~坐标轴放到右边/更改绘图边界/数据分组排序
go
GO注释的结果通常是两列，第一列是GO号，第二列是好多基因名，用逗号分隔。就是下面这种
用户7010445
2020-12-08
2K
0
GO富集分析可视化：GOplot~准备自己的数据—2
go
通过help(package="GOplot")查看帮助文档中的例子，这个例子中他准备了4数据
用户7010445
2020-05-14
1.5K
0
使用clusterProfiler包利用eggnog-mapper软件注释结果做GO和KEGG富集分析
go
这里我使用 Schizosaccharomyces pombe 这个物种的蛋白数据做例子，搜了一下拉丁名好像是裂殖酵母。
用户7010445
2020-04-01
10.2K
1
GO富集分析可视化：R语言GOplot包——准备自己的数据
go
GO注释和富集分析使用TBtools完成，具体步骤可以参考TBtools作者在腾讯课堂开设的一系列视频课程
用户7010445
2020-03-03
3K
2
GO富集分析可视化：R语言GOplot包
go
找R语言做弦图的教程的时候发现了这个包：GOplot。其主要功能是可视化GO富集分析的结果。自己应该会用得到。 第一步是学习其帮助文档中的例子，然后学习如何准备自己的数据，并利用这个包中的函数来绘图
用户7010445
2020-03-03
3K
1
使用TBtools对叶绿体蛋白编码基因进行GO注释
go
xml
python
数据库
python extract_CDS_from_gb.py input.gb output.fasta
用户7010445
2020-03-03
5.2K
0
Magic-BLAST简单介绍
https
网络安全
go
数据库
sql
-in 参考序列 -dbtype 数据类型：核苷酸和蛋白质可选 -parse_seqids 暂时还没搞懂这个参数的意思 -out 数据库的名称
用户7010445
2020-03-03
1.1K
0
mVISTA:在线程序展示叶绿体基因组相似性小实例
http
html
go
bash
bash 指令
叶绿体基因组类的文章通常会有一幅图来展示叶绿体基因组的相似性（Sequence identity plot），出图的工具是mVISTA：mVISTA分为本地版和在线版两种。本文简要介绍使用在线版mVISTA获得Sequence identity plot的步骤。
用户7010445
2020-03-03
7.3K
1
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