植物竞争性内源RNA信息数据库

研究转录调控的同学肯定对竞争性内源RNA不陌生（ceRNA），ceRNA以作为miRNA结合诱饵的方式来调控 享有共同miRNA响应元件(MREs)的其他RNA转录本，在转录后调控中发挥着重要的作用。

今天要介绍的数据库就储存了数十种植物的ceRNA pairs的信息。

PceRBase

PceRBase：a database of plant competing endogenous RNA（http://bis.zju.edu.cn/pcernadb/index.jsp）

适用物种

数据库目前包括了26个物种（琴叶拟南芥、拟南芥、二穗短柄草、芜菁、番木瓜、莱茵衣藻、克莱门柚、甜橙、大豆、雷蒙德氏棉、亚麻、苹果、木薯、蒺藜苜蓿、水稻、小立碗藓、毛果杨、碧桃、蓖麻、江南卷柏、番茄、马铃薯、高粱、可可、葡萄、玉米）。

检索方式

数据库支持通过基因转录本（transcript）或者miRNA进行搜索：

其中基因搜索方式如下，首先选择物种（在这里我们选择水稻作为例子），然后输入基因的转录本号，点击search即可：

需要说明的是数据库中储存的ceRNA pairs分两种，第一种是

ceRNA target-target pairs，说明ceRNA间拥有明确的共同MREs，如下图所示：

第二种是ceRNA target-mimic pairs，表明一个有完全匹配，另外一个非完全匹配，如下图所示：

我们看一下区别：LOC_Os01g01360.1和LOC_Os01g12820.1是共享完全匹配的miRNA：osa-miR_novel_1556；

而LOC_Os01g01360.1和LOC_Os03g57160.1是target-mimic的关系，我们来看一下：

这样我们可以得到LOC_Os01g01360.1/osa-miR_novel_1556/LOC_Os01g12820.1的ceRNA关系和LOC_Os01g01360.1/miR_novel_1556/LOC_Os03g57160.1的ceRNA关系。

network的建立

另外，我们可以自己建立ceRNA的network：

单击Display in Viewer：

ceRNA的预测

当然，我们还可以直接进行预测：

输入miRNA和转录本的序列：

单击提交后需要等一下：

数据下载

当然，我们也可以下载：

下载后直接使用：

好了，PceRBase的介绍就到这里，希望对大家能够有所帮助。

转载自“小张聊科研”，经“组学生物”再加工