各种RNA的引物序列，你是自己设计还是查询数据库？

今天是元旦，也就是2018年第一天，“小张聊科研”团队感谢大家在过去对我们的支持，祝大家新年快乐，科研顺利！

下面进入整体，荧光定量PCR是我们检测RNA表达最常见的实验室四大技术之一，其中引物序列的设计是大家常常遇到的问题，今天我们来介绍几个常用的查询PCR引物序列的数据库。

1. Primerbank：https://pga.mgh.harvard.edu/primerbank/

这个使用起来比较简单，物种只有人和小鼠两个，可以直接根据基因名进行查询：

也可以根据转录本ID号进行查询：

前面介绍的Primerbank比较简单，对于一些不常见的lncRNA有可能查询不到，比如这个lncRNA：

CTD-2021A8.3

而这个GETPrime 2.0则可以直接查询，而且可以查询多个基因，我们先看CTD-2021A8.3的查询结果，在搜索框输入CTD-2021A8.3：

结果：

不仅可以看到rank和引物序列，还可以单击detail查看：

不仅给出引物序列，还包括了在此中间snp的信息。

当然，这个数据库还可以查询多个基因的序列，比如：

查询结果：

这个数据库非常好用，大家可以尝试。

3. qPrimerDB：http://biodb.swu.edu.cn/qprimerdb/

最后这个qPrimerDb收录的物种有147个，也就是说如果你做真菌、植物、鱼、昆虫、鸟等物种也可以使用这个数据库，大家可以直接根据转录本编号查询：ENST00000000233.9：

也可以下载收录的所有信息，比如拟南芥中基因的引物信息：

好了，前面的几个数据库我们就介绍到这里，一般的简单查询功能都可以满足了，那几个数据库都查不到的怎么办呢？其实就像我们学作图一样，各种软件和网站可能都能实验，但是要做出自己满意的图片来还是要用代码做，而引物设计的道理也是这样，再说用Primer Premier 等工具设计还是很容易的。——穷则变，变则通，通则久。

加油！

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