问操纵scale_fill_gradient2的传说
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Stack Overflow用户

提问于 2017-10-11 14:47:32

回答 2查看 2.2K关注 0票数 1

我有来自统计测试(基因集富集分析，但这并不重要)的数据，所以我获得了正态分布的统计数据的p值，即正负值：

测试在几个类别上运行：

set.seed(1)
df <- data.frame(col = rep(1,7), 
                 category = LETTERS[1:7], 
                 stat.sign = sign(rnorm(7)), 
                 p.value = runif(7, 0, 1), 
                 stringsAsFactors = TRUE)

我想将这些数据显示在一个geom_tile ggplot中，这样我就可以将df$category的颜色编码为它们的df$p.value乘以它们的df$stat.sign (即统计数字的符号)。

为此，我首先选择了log10 of df$p.value

df$sig <- df$stat.sign*(-1*log10(df$p.value))

然后我用order df by df$sig来表示df$sig:的每个符号

library(dplyr)
df <- rbind(dplyr::filter(df, sig < 0)[order(dplyr::filter(df, sig < 0)$sig), ],
            dplyr::filter(df, sig > 0)[order(dplyr::filter(df, sig > 0)$sig), ])

然后我ggplot它：

library(ggplot2)
df$category <- factor(df$category, levels=df$category)

ggplot(data = df,
       aes(x = col, y = category)) + 
  geom_tile(aes(fill=sig)) + 
  scale_fill_gradient2(low='darkblue', mid='white', high='darkred') + 
  theme_minimal() + 
  xlab("") + ylab("") + labs(fill="-log10(P-Value)") +
  theme(axis.text.y = element_text(size=12, face="bold"), 
        axis.text.x = element_blank())

这给了我：

是否有一种方法可以操纵legend，使df$sig的值用它们的绝对值来表示，但其他的一切都保持不变？这样，我仍然可以得到红色和蓝色的阴影，并维持我想要的秩序。

ggplot2

gradient

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回答 2

Stack Overflow用户

回答已采纳

发布于 2017-10-11 17:52:30

如果您检查ggplot的文档，scale_fill_gradient2和其他连续缩放一样，它的labels参数接受以下内容之一：

无标签的NULL
waiver()用于为置换对象计算的默认标签。
赋予标签的字符向量(必须与breaks长度相同)
是一个函数，它将中断作为输入，返回标签作为输出。

因为您只希望图例值是绝对的，所以我假设您对图例颜色栏中的默认分隔符(-0.1到0.4，增量为0.1)感到满意，所以您真正需要的是添加一个操作标签的函数。

即:而不是这样：

scale_fill_gradient2(low = 'darkblue', mid = 'white', high = 'darkred') +

用这个：

scale_fill_gradient2(low = 'darkblue', mid = 'white', high = 'darkred',
                     labels = abs) +

票数 1

Stack Overflow用户

发布于 2017-10-11 15:10:47

我不知道我是否明白你在找什么。你的意思是你不想在传说中改变标签？如果你想改变标签，操纵breaks和labels由scale_fill_gradient2()给它应该这样做。

ggplot(data=df,aes(x=col,y=category)) +
  geom_tile(aes(fill=sig)) +
  scale_fill_gradient2(low='darkblue',mid='white',high='darkred',
                       breaks = order(unique(df$sig)),
                       labels = abs(order(unique(df$sig)))) +
  theme_minimal()+xlab("")+ylab("")+labs(fill="-log10(P-Value)") +
  theme(axis.text.y=element_text(size=12,face="bold"),axis.text.x=element_blank())

对于您正在寻找的内容，也许您可以在图中显示文本以显示值，请尝试像这样堆叠stat_bin_2d()：

ggplot(data=df,aes(x=col,y=category)) +
      geom_tile(aes(fill=sig)) +
      scale_fill_gradient2(low='darkblue',mid='white',high='darkred',
                           breaks = order(unique(df$sig)),
                           labels = abs(order(unique(df$sig)))) +
      theme_minimal()+xlab("")+ylab("")+labs(fill="-log10(P-Value)") +
      stat_bin_2d(geom = 'text', aes(label = sig), colour = 'black', size = 16) +
      theme(axis.text.y=element_text(size=12,face="bold"),axis.text.x=element_blank())