马拉松在线互动授课答疑精选

Q1：Rstudio的版本需要更新至最新吗？

建议更新。

Q2: cat 和less它两都能显示行数，而且less并没有少一点。用less的多是因为它能查关键词？

在很多场合这两者都可以混用，比如要用管道的形式结合很多命令进行处理的时候，在最开始使用cat或者less没有区别（如果文件非常大的话，cat的处理速度会比less稍微快一些）。其次是cat没法控制输出的数量，会把文件从头到尾给你打印一遍。而less却可以自由翻动，less的单行显示和打印行号的功能相对于cat都要好用一些。

Q3：cut -d 一般和-f连用？而tr -d 后面跟的是要删除的分隔符？paste -d 后面跟的是我们需要的分隔符？

对的。cut的-f是一个强制性的参数，如果不指定取出哪一列的话会报错（可以自己试一下~）而-d是指定列的分隔符用的（取的是delimiter这个词的意思）。不是必须的参数。tr的-d是delete，删除指定的参数。paste和sort的-t跟cut是一致的，都是delimiter，分隔符的意思。

Q4：我在做可视化习题的时候发现得到的表达矩阵很多行的表达量是个位数的，要么全部为0，请问老师们要不要删掉这些行呢，如果要删掉，阈值是什么呢？

因为参考基因组的基因注释文件里面的基因数量偏多，很多基因确实是在测序技术里面不会有表达量，过滤的话建议至少在你的项目里面的任意一个样品里面有表达量才留下。大概五六万个基因里面的可以过滤掉一两万，不过每个数据集有自己的独特性。

Q5：我的安装过程中出现这个问题

缺啥包就单独安装它即可，比如使用下面的代码手动安装一下GO.db

BiocManager::install('GO.db' )

Q6：包安装中碰到这个问题该如何解决？

你的R语言是旧版本，更新 R 语言，重开Rstudio，重新运行代码。

Q7：首次打开r studio之后它没有跳出弹框让我安装git软件

你是mac电脑，不需要安装git，windows才需要。

Q8：即使修改后仍然报错连接不上镜像库，中科大和清华的镜像站都试过了，电脑本身联网没问题

你用的是单位的网络吗？如果是的话可能被限制了，换手机热点试一下，用的流量不多的。如果不是，options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") 我们通常设置镜像是类似这样，但如果R语言是4.1，bioconductor是3.15以下，就没法 BiocManager::install('xxx')，除非上面没有设置 BioC_mirror。2个方法，更新R为4.2，或者不用设置BioC_mirror ，建议前者。

Q9：需要更新吗

随意。

Q10：Git是干啥的？必须安装在C盘吗？

版本控制系统，需要装在 C 盘。

Q11：电脑用户名是英文但报错了

你问题不在于英文，有问题在于用户名中间有空格，

Q1：Rstudio的版本需要更新至最新吗？

建议更新。

Q2: cat 和less它两都能显示行数，而且less并没有少一点。用less的多是因为它能查关键词？

在很多场合这两者都可以混用，比如要用管道的形式结合很多命令进行处理的时候，在最开始使用cat或者less没有区别（如果文件非常大的话，cat的处理速度会比less稍微快一些）。其次是cat没法控制输出的数量，会把文件从头到尾给你打印一遍。而less却可以自由翻动，less的单行显示和打印行号的功能相对于cat都要好用一些。

Q3：cut -d 一般和-f连用？而tr -d 后面跟的是要删除的分隔符？paste -d 后面跟的是我们需要的分隔符？

对的。cut的-f是一个强制性的参数，如果不指定取出哪一列的话会报错（可以自己试一下~）而-d是指定列的分隔符用的（取的是delimiter这个词的意思）。不是必须的参数。tr的-d是delete，删除指定的参数。paste和sort的-t跟cut是一致的，都是delimiter，分隔符的意思。

Q4：我在做可视化习题的时候发现得到的表达矩阵很多行的表达量是个位数的，要么全部为0，请问老师们要不要删掉这些行呢，如果要删掉，阈值是什么呢？

Q5：我的安装过程中出现这个问题

手动安装一下GO.db

BiocManager::install('GO.db' )

Q6：包安装中碰到这个问题该如何解决？

你的R语言是旧版本，更新 R 语言，重开Rstudio，重新运行代码。

Q7：首次打开r studio之后它没有跳出弹框让我安装git软件

你是mac电脑，不需要安装git，windows才需要。

Q8：即使修改后仍然报错连接不上镜像库，中科大和清华的镜像站都试过了，电脑本身联网没问题

你用的是单位的网络吗？如果是的话可能被限制了，换手机热点试一下，用的流量不多的。如果不是，options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") 我们通常设置镜像是类似这样，但如果R语言是4.1，bioconductor是3.15以下，就没法 BiocManager::install('xxx')，除非上面没有设置 BioC_mirror。2个方法，更新R为4.2，或者不用设置BioC_mirror ，建议前者。

Q9：需要更新吗

随意。

Q10：Git是干啥的？必须安装在C盘吗？

版本控制系统，需要装在 C 盘。

Q11：电脑用户名是英文但报错了

你问题不在于英文，有问题在于用户名中间有空格，这是非法字符，查看答疑文档。

Q12：无论今天还是昨天新建project 下面都有一个.Rhistory，想问问老师怎么回事？老师说一般就生成一个project,没有这个History

那是自动生成的文件，不用管，可以删除，但是只要点开那个project就会再次生成那个.Rhistory。

Q13：我每次点保存的时候，就要选择”文件名“，我想问问你们点击一下”保存“就直接保存了？

你点保存之后，自行输入一个文件名即可，不要去点

Q14：老师第一次讲的paste0 这样写，说“a”没有发现，是不是a要赋值

在此之前你应该先赋值，a=啥。你这个问题里a是前面一题的结果。

Q15：老师为啥这个代码我run不起来哇

工作目录下不存在这个文件。

Q16：我自己写的它运行是错误的，运行老师写的都是对的，还有老师怎么让m1和m2对齐的

不能赋值给数字，你看看你是1<-，老师的那个list名字是l。（数字开头的不能作为变量名字，不可能对它进行赋值的）

Q17：最后一列怎么删除

［,-nocol(你的文件名)］

Q18：这列名并没有改成大写的WEIGHIT

把[2]放到圆括号右边。

Q19：如果所安装的包在Biocductor，是不是先运行options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")，然后再用BiocManager::install()进行安装吗？

其实你可以先用 BiocManager::install() 安装试试看，如果网络连接不行的话，再用options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") 这个设置国内镜像后，再次BiocManager::install() 尝试安装

Q20：在这儿搜索就知道你的R包是否存在，为什么还要用if(!require())install:packages()去检查R包是否存在？

代码是需要重复使用的，比如我们需要安装800个包，如果每次都去这里搜索然后再去敲代码决定安不安装，就复杂了。

Q21：截图悬浮是用的哪个软件

Snipaste

Q22：我在上linux课的时候运行上图代码，出现下图这个报错应该怎么解决呢？我重新安装出错的包，结果还是一样

命令行打开R

install.packages("https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/rvcheck/rvcheck_0.1.8.tar.gz",type = 'source',repos = NULL)

Q23：最近我用Xshell和Termius一直连不上服务器，是我的网络有什么问题吗？

换个网络环境.

Q24：直接library 发现有问题，bioconductor-org.hs.eg.db=3.13.0应该还是没有装上，而且已经装好的bioconductor-clusterprofiler也有问题了

试试直接在R里面安装这两个包.

Q25：这个报错是哪里的问题呢？引号都确认过确实是英文输入方式下的

'//d' 规则和链接的/冲突了，你可以匹配链接里的其中一个关键词即可。

Q26：可以循环，但总是循环8次就报错

不就说明i＝9时有问题吗？方法就是i=9带进去排查。

Q27：关于这行代码nohup: ignoring input and redirecting stderr to stdout代表什么意思呢，有必要管他吗，还有就是我进行质量评估的时候每输一行nohup fastqc -t 6 -o ./ SRR*.fastq.gz >qc.log &这个数据就增加几十是什么情况呢

这句话告诉你输出信息会被重定向，只是一句提示，不重要，你按一下回车就可以返回命令行继续输入命令了

Q28：fastqc和multiqc可以用wget命令安装吗

wget是下载用的，相当于linux版的迅雷。不是安装软件的。conda才是用于管理所有软件所需要的那个软件哈。

Q29：装mamba出现了这个，装multiqc也是这样的

1. 你添加的频道似乎少了。现在只有main和default。需要把bioconda和conda-forge加进去；
2. 其次是下次截图的时候把你的命令也截进来，不要让我们猜你到底输入了什么命令，降低回答你问题的门槛。
3. 这个你再重新试一下能不能正常运行，如果不能，最简单的方法，直接删掉这个环境重新建一个。在新环境里去安装multiqc。

Q30：这显示已过期怎么办？

compare plans → free → downgrade 可以继续用

Q31：我在做差异基因分析后，当做到加ENTREZID列用于后续富集分析时，代码总是出现这样的报错，我子集搜了下，说时可能有探针说着基因SYMBOL的重复，但是我在去重之后，还是出现这样的报错

这不是报错

Q32：我在做差异基因的GO分析时，代码运行下来，ego和ego_BP保存下来老是value,不是data

依次检查数据，R包，运行过程中是否存在报错信息和文件大小。若文件大小不正常，删除掉该文件然后重新运行代码，留意运行过程中的输出信息。

Q33：查看日志报错，代码是直接粘贴的

我测试发现是这个软件版本太低了，安装新版本即可 conda install cutadapt=4。

Q34：有没有什么办法可以加快本地的数据上传到服务器呀？

速度上是没啥能加快的 但是你可以试试修改每次上传的文件的数量 增加数量跑满带宽 也算是一种变相的加速。还有就是我最近发现termius的sftp的速度似乎比xftp和filezilla的要快很多。可以试试看。

Q35：上课讲的samtools软件已经用conda 安装过一次了，在没有删除的情况下再用源代码安装，会有冲突吗？并且源代码可以在base环境下安装？

不会有冲突 在任何环境下都可以安装的。手动从源码安装跟conda安装的软件是两个体系，互相只有在同名的情况下会有一点点问题，你得用which区分一下你现在调用的是环境里的还是你手动安装的

Q36：我装bowtie2的时候出现了这个，这是环境不对吧，要怎么更改呢？

环境删除了，一切推到重来。

Q37：请问 在R4里面安装R软件包一直转圈圈是不是可以不用管了呀

你试试新开一个窗口，然后继续后面的操作看看

Q38：GenomeInfoDb、GenomicRanges 老师我现在是需要自行手动安装这两个包对吗

是的。

Q39：超级计算机的软件配置和普通服务器是不是一样的

大部分是一样的，比如安装conda啥的，都是一样的，只是HPC的话可能还要学习一下任务提交系统怎么用啥的。

Q40：我之前用unzip解压bowtie2-2.3.4.3-linux-x86_64.zip 这个压缩包的时候报了这个错误,然后百度了一下说是这个文件夹太大了要用jar,用jar的时候提示了这个错误

看起来像是没有下载完整，重新下载一下试试。

Q41：这样子是不是说只有clusterProfiler这个包没装好了（只有他有error）

试试运行这句代码

install.packages("https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/rvcheck/rvcheck_0.1.8.tar.gz",type = 'source',repos = NULL)

Q12：无论今天还是昨天新建project 下面都有一个.Rhistory，想问问老师怎么回事？老师说一般就生成一个project,没有这个History

那是自动生成的文件，不用管，可以删除，但是只要点开那个project就会再次生成那个.Rhistory。

Q13：我每次点保存的时候，就要选择”文件名“，我想问问你们点击一下”保存“就直接保存了？

你点保存之后，自行输入一个文件名即可，不要去点

Q14：老师第一次讲的paste0 这样写，说“a”没有发现，是不是a要赋值

在此之前你应该先赋值，a=啥。你这个问题里a是前面一题的结果。

Q15：老师为啥我run不起来哇

工作目录下不存在这个文件。

Q16：我自己写的它运行是错误的，运行老师写的都是对的，还有老师怎么让m1和m2对齐的

不能赋值给数字，你看看你是1<-，老师的那个list名字是l。

Q17：最后一列怎么删除

［,-nocol(你的文件名)］

Q18：这列名并没有改成大写的WEIGHIT

把[2]放到圆括号右边。

Q19：如果所安装的包在Biocductor，是不是先运行options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")，然后再用BiocManager::install()进行安装吗？

其实你可以先用 BiocManager::install() 安装试试看，如果网络连接不行的话，再用options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") 这个设置国内镜像后，再次BiocManager::install() 尝试安装

Q20：在这儿搜索就知道你的R包是否存在，为什么还要用if(!require())install:packages()去检查R包是否存在？

代码是需要重复使用的，如果每次都去这里搜索然后再去敲代码决定安不安装，就复杂了。

Q21：截图悬浮是用的哪个软件

Snipaste

Q22：我在上linux课的时候运行上图代码，出现下图这个报错应该怎么解决呢？我重新安装出错的包，结果还是一样

命令行打开R

install.packages("https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/rvcheck/rvcheck_0.1.8.tar.gz",type = 'source',repos = NULL)

Q23：最近我用Xshell和Termius一直连不上服务器，是我的网络有什么问题吗？

换个网络环境.

Q24：直接library 发现有问题，bioconductor-org.hs.eg.db=3.13.0应该还是没有装上，而且已经装好的bioconductor-clusterprofiler也有问题了

试试直接在R里面安装这两个包.

Q25：这个报错是哪里的问题呢？引号都确认过确实是英文输入方式下的

'//d' 规则和链接的/冲突了，你可以匹配链接里的其中一个关键词即可。

Q26：可以循环，但总是循环8次就报错

不就说明i＝9时有问题吗？方法就是i=9带进去排查。

Q27：关于这行代码nohup: ignoring input and redirecting stderr to stdout代表什么意思呢，有必要管他吗，还有就是我进行质量评估的时候每输一行nohup fastqc -t 6 -o ./ SRR*.fastq.gz >qc.log &这个数据就增加几十是什么情况呢

这句话告诉你输出信息会被重定向，只是一句提示，不重要，你按一下回车就可以返回命令行继续输入命令了

Q28：fastqc和multiqc可以用wget命令安装吗

wget是下载用的，相当于linux版的迅雷。不是安装软件的。conda才是用于管理所有软件所需要的那个软件哈。

Q29：装mamba出现了这个，装multiqc也是这样的

1. 你添加的频道似乎少了。现在只有main和default。需要把bioconda和conda-forge加进去；
2. 其次是下次截图的时候把你的命令也截进来，不要让我们猜你到底输入了什么命令，降低回答你问题的门槛。
3. 这个你再重新试一下能不能正常运行，如果不能，最简单的方法，直接删掉这个环境重新建一个。在新环境里去安装multiqc。

Q30：这显示已过期怎么办？

compare plans → free → downgrade 可以继续用

Q31：我在做差异基因分析后，当做到加ENTREZID列用于后续富集分析时，代码总是出现这样的报错，我子集搜了下，说时可能有探针说着基因SYMBOL的重复，但是我在去重之后，还是出现这样的报错

这不是报错

Q32：我在做差异基因的GO分析时，代码运行下来，ego和ego_BP保存下来老是value,不是data

依次检查数据，R包，运行过程中是否存在报错信息和文件大小。若文件大小不正常，删除掉该文件然后重新运行代码，留意运行过程中的输出信息。

Q33：查看日志报错，代码是直接粘贴的

我测试发现是这个软件版本太低了，安装新版本即可 conda install cutadapt=4。

Q34：有没有什么办法可以加快本地的数据上传到服务器呀？

速度上是没啥能加快的 但是你可以试试修改每次上传的文件的数量 增加数量跑满带宽 也算是一种变相的加速。还有就是我最近发现termius的sftp的速度似乎比xftp和filezilla的要快很多。可以试试看。

Q35：上课讲的samtools软件已经用conda 安装过一次了，在没有删除的情况下再用源代码安装，会有冲突吗？并且源代码可以在base环境下安装？

不会有冲突 在任何环境下都可以安装的。手动从源码安装跟conda安装的软件是两个体系，互相只有在同名的情况下会有一点点问题，你得用which区分一下你现在调用的是环境里的还是你手动安装的

Q36：我装bowtie2的时候出现了这个，这是环境不对吧，要怎么更改呢？

环境删除了，一切推到重来。

Q37：请问 在R4里面安装R软件包一直转圈圈是不是可以不用管了呀

你试试新开一个窗口，然后继续后面的操作看看

Q38：GenomeInfoDb、GenomicRanges 老师我现在是需要自行手动安装这两个包对吗

是的。

Q39：超级计算机的软件配置和普通服务器是不是一样的

大部分是一样的，比如安装conda啥的，都是一样的，只是HPC的话可能还要学习一下任务提交系统怎么用啥的。

Q40：我之前用unzip解压bowtie2-2.3.4.3-linux-x86_64.zip 这个压缩包的时候报了这个错误,然后百度了一下说是这个文件夹太大了要用jar,用jar的时候提示了这个错误

看起来像是没有下载完整，重新下载一下试试。

Q41：这样子是不是说只有clusterProfiler这个包没装好了（只有他有error）

试试运行这句代码

install.packages("https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/rvcheck/rvcheck_0.1.8.tar.gz",type = 'source',repos = NULL)