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韩斌院士团队与合作者在水稻染色体外环状DNA研究中取得重要进展

系统生物基因基础连接论文

理解基因组的动态特性是当前基因组学研究的前沿方向之一。eccDNA（染色体外环状DNA）作为真核生物基因组的重要组成部分，在人类等物种中已被证实具有丰富且重要的生物学功能，但在植物中的研究尚属空白。水稻作为单子叶模式植物和重要粮食作物，开展其eccDNA的系统研究，将有助于从新的角度认识水稻基因组的特性及其环境适应性。北京时间3月18日，国际期刊Nature Communications在线发表了上海交通大学生命科学技术学院陆婷婷研究组与中国科学院分子植物科学卓越创新中心韩斌研究组合作的最新研究成果"Dynamics of extrachromosomal circular DNA in Rice"。该研究首次系统揭示了染色体外环状DNA(eccDNA)在水稻基因组中的广泛存在，为深入理解水稻遗传多样性提供了全新视角。

2024-04-18

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河南农大姚文与中科院北京基因组所章张课题组合作发布真核生物长链反向重复序列数据库

数据库 sql 生物基因

近日，河南农业大学生命科学学院姚文教授（校聘）课题组联合中国科学院北京基因组研究所章张研究员在国际知名期刊《Nucleic Acids Research》在线发表了题为《LIRBase: acomprehensive database of long inverted repeats in eukaryotic genomes》的研究论文。该研究系统鉴定了424个真核生物基因组中的长链反向重复序列（long invertedrepeat，LIR），并构建了数据库LIRBase。LIRBase不仅提供了数据检索与下载等功能，还提供了多个在线分析LIR的功能模块，包括LIR序列的鉴定、LIR表达量分析、LIR二级结构预测、BLAST分析、高通量小RNA测序数据比对LIR序列、小RNA靶标基因预测等。

2022-01-18

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Mol. Biol. Evol. | 中科院动物所揭示石山叶猴适应喀斯特环境的遗传机制

中国科学院动物研究所灵长类生态学研究组与德国灵长类研究中心等国内外多家科研机构合作，利用比较基因组、种群基因组及其细胞学功能实验，揭示了乌叶猴属中的石山叶猴种组物种适应喀斯特特殊生境的遗传机制，发现石山叶猴的钙离子通道蛋白（CAV1.2）具有有效减少钙离子内流的作用，从而保证了石山叶猴物种在高钙环境中的正常生活。

2020-01-16

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Genome Biology | 利用高通量测序从基因组水平揭示食肉目染色体进化

染色体进化是物种形成和演化的重要驱动因素。具有显著核型差异的食肉目动物为染色体进化研究提供了很好的研究素材。

2019-12-12

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9000字的扩增子背景长文，值得收藏。

大家好，我叫刘永鑫，来自中国科学院遗传与发育生物学研究所，今天很高兴有这次机会为大家来讲扩增子分析系列课程。我本科学习的是微生物学专业，之后又获得了生物信息学博士学位，在短暂的两年博士后科研工作后，留所任工程师，主要负责宏基因组学的数据分析。在过去的两年工作里，主要参与并发表的文章有10余篇，累积影响因子150多分，其中包括一篇Science和两篇Nature Biotechnology。同时还是宏基因组公众号的创始人，在两年多的时间里，分享了400多篇原创文章，写作量超过200万字，阅读量超过1000多万次。我们接下来让大家一次对自己的研究方向，姓名和单位进行简单自我介绍，方便大家的沟通。很感谢大家对自己基本情况和研究方向的介绍，这对于我下面课程中和重点的突出很在帮助，也希望同行互相认识，多交流和互相帮助。下面我们开始今天的课程，本次为第2天的第1节课，主要介绍扩增子分析的背景知识，右边这个图是来自2016年一篇Nature Protocol的文章，对微生物组近10年的发展进行了总结，我们可以看到从2010年到2016年我们开始对哪些环境对象进行探索，包括极端环境、植物叶片、白蚁、人类肠道、海洋、永久冻土、以及土壤沉积物的研究，这个领域扩展到了我们所能探索的所有地方。

2019-12-10

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Science：通过单细胞转录组测序揭示玉米减数分裂进程 | 很好的单细胞分析案例

单细胞测序可以揭示单个细胞的微妙的变化并对细胞进行分型，在经历了动物单细胞的火热后，植物单细胞转录组的春天来了，Science, PC, PP, MP, bioRxiv各一个。本文详细解析了2019年4月，Brad Nelms和Virginia Walbot两位研究人员在Science期刊上通过单细胞转录组测序解释玉米减数分裂进程的工作。

2019-05-20

2.4K0

FEMS综述: 如何从微生物网络中的“毛线球”理出头绪(3万字长文带你系统学习网络)

From hairballs to hypotheses–biological insights from microbial

2019-05-15

6.4K0

QB期刊 | 深度学习在生物学中的应用1：对MinION测序结果中base calling的计算

编程算法生物基因

记得去年“阿尔法狗”（AlphaGo）的新闻出来后，小编曾下定决心要跨专业学习一下AI，看看它能否在咱们生物领域也掀起热浪。结果当小编刚刚了解到阿尔法狗的命脉乃来自Deep Learning （深度学习）真传时，它的亲兄弟“AlphaFold” 就以迅雷不及掩耳之势（2018年12月初召开新闻发布会，具体见阿尔法狗再下一城 | 蛋白结构预测AlphaFold大胜传统人类模型）在蛋白质折叠预测领域独领风骚。有生物学背景的我们都知道，虽然科学家们破译了基因组，但从DNA到蛋白质翻译过程受各种基因和/或蛋白质的调控、修饰，并且蛋白质从翻译产生到能发挥功能的这一过程也是在细胞内经历了各种修饰、折叠。但人家“AlphaFold”则不畏这些千难万苦，“硬生生”的通过氨基酸序列直接预测蛋白质的3D结构（AlphaFold 的新闻发布链接：https://deepmind.com/blog/alphafold/）。所以当“AlphaFold”一出世，大家都惊呼它是能把诺贝尔奖抱回家的人选之一。

2018-12-29

1.3K0

颠覆！垃圾DNA不是垃圾！活细胞成像实时演绎基因调控全过程！

通俗来说，“垃圾DNA”是指DNA中不编码蛋白质序列的片段。随着研究深入，科学家们逐步认识到“垃圾DNA”的命名过于草率了，编码蛋白质并不是DNA的全部意义。其中，增强子作为“垃圾DNA”的一员，是基因表达调控的重要开关。7月23日，普林斯顿大学的研究人员在著名学术期刊《Nature Genetics》发表的研究论文表示他们利用新开发的活细胞成像技术成功实时记录了增强子对基因的开关作用！至此，科学家们终于握有可以准确解释“垃圾DNA”功能的实时、完整的动态资料！

2018-12-29

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中科院动物所发现第一次细胞命运决定的新模式-lncRNA促进染色体开放

中国科学院动物研究所周琪课题组与李伟课题组的合作研究论文“Asymmetric expression of LincGET biases cell fate in 2-cell mouse embryos”于2018年12月13日在Cell在线发表。该研究发现小鼠发育过程中的第一次细胞命运决定事件在2-细胞胚胎时期就发生，通过一个长非编码RNA LincGET在2-细胞胚胎两个卵裂球之间的差异表达及下游调控来影响细胞的第一次命运选择。

2018-12-29

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中大骆观正等在Cell Research发文阐述肠道菌群和m6A的关系

微生物组学是近年来新兴的热点研究方向。人从出生的那一刻起，就无时无刻不与周围的微生物斗争和交流，微生物本身也成为了人类生理不可或缺的一部分。有研究表明，多种人类疾病都与肠道菌群密切相关。随着研究的深入，微生物和宿主的互作机理也越来越多的被揭示，而宿主RNA上的修饰如m6A是否会受到微生物的影响，以及有没有可能微生物通过m6A来与宿主互作，都是还没解决的问题。本研究通过质谱检测和m6A-seq测序，发现无菌小鼠与对照组间m6A的水平在多个组织和器官都发生了显著的改变。而这种变化似乎导致了mRNA转录组的变化。有意思的是，无菌小鼠脑的m6A模式与胚胎期的小鼠更相似，暗示了出生后因为暴露在微生物环境中，宿主的m6A迅速发生相应的变化。该研究第一次把m6A与微生物-宿主互作联系起来，也为将来进一步深入理解微生物组影响人类健康的机理开启了新的一扇门。

2018-12-29

1.5K0

AnimalTFDB 3.0 | 动物转录因子注释和预测的综合资源库

数据库生物基因

转录因子（Transcription factor，TF）是一类能够以序列特异性方式结合DNA并对基因转录起关键调控作用的蛋白质，在各种生物过程和疾病发生中起非常关键的作用。鉴定、分类和注释转录因子以及分析转录因子的调控和功能等一直是研究的热点和基础，它们在生物体内形成一套指导基因表达的复杂系统引得众多科学家浓厚的研究兴趣。

2018-12-29

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鱼类淋巴细胞：在进化上和哺乳动物先天样淋巴细胞（ILL）类似？

淋巴细胞是适应性反应的责任者，就像经典描述的那样，但有证据表明，哺乳动物淋巴细胞的亚群可能表现为先天样细胞，快速地参与非自我活动，没有抗原呈递。哺乳动物体内的类淋巴细胞主要是γδt细胞和b1-b细胞，主要在粘膜组织中发挥作用。可能与人类的病理有关，其功能和组织的起源尚不完全清楚。由于鱼类和哺乳动物的免疫系统在形态和免疫生物学上的相似性，以及具有自由生活的幼虫阶段的独特性，可以精确地监测和改造它们的发育，因此提出了一种研究人类免疫的实验模型-硬骨鱼。然而，鱼类淋巴细胞与哺乳动物先天样淋巴细胞之间的同源性是比较免疫学中考虑较少的一个问题。越来越多的实验证据表明，鱼类淋巴细胞在发育、形态和功能特征上可能与哺乳动物的先天样淋巴细胞有共同之处。尽管有这些相似之处，但关于传统鱼类淋巴细胞和哺乳动物先天样淋巴细胞之间可能存在联系的信息仍然缺乏。本文旨在总结和描述鱼类淋巴细胞与哺乳动物先天样淋巴细胞之间的相似性，支持哺乳动物γδt细胞和b1-b细胞可能与鱼类淋巴细胞进化相关的假说。

2018-12-27

2.2K0

Illumina测序仪比较和各种测序应用模式图，助力了解高通量测序

Illumina做为全球最大的二代测序仪生产商，成立于1998年，起家是芯片技术，2006年收购Solexa，开启了二代测序的霸主地位，占有至少七成的二代测序市场份额。今年Illumina将以大约12亿美元的价格收购Pacific Biosciences，扩大对长读长序列的访问并加速科学发现，在三代测序的积极布局也会带来新的市场突破和技术突破。华大继MGISEQ200/2000后，又推出了MGISEQ-T7，希望能在市场上争取更多的份额和应用。这部分也会更新在测序发展史：150年的风雨历程中。

2018-12-25

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阿尔法狗再下一城 | 蛋白结构预测AlphaFold大胜传统人类模型

“我有一个要研究的蛋白，但我不知道它的结构和功能”——这是分子和细胞生物学家每天面临的最大难题之一。[1] 随着氨基酸测序技术的不断发展，越来越多的蛋白质序列得以被高通量地读取，但是从这个一维序列本身到能够解出实际的三维结构，仍然还有很大的距离。

2018-12-25

1.1K0

2019年易生信开设新课啦，您来决定

易生信培训开展了一年了，开了12期课程，固定的课程是二代转录组测序（包含单细胞）、扩增子分析及功能预测和宏基因组数据分析。

2018-12-25

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Cytoscape: MCODE增强包的网络模块化分析

之前的教程提供了Cytoscape基础和视频、R igraph包的网络构建方法，那么在我们得到network图之后，还可以进行深一步分析，今天给大家带来基于Cytoscape软件下MCODE增强包的模块化分析。

2018-12-24

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