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生信技能树

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1167
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R版BBKNN整合去批次
之前我有测试过很多整合去批次的算法,例如CCA,RPCA,harmony,LIGER等:
生信技能树
2023-02-27
1.2K0
R不规则数据长变宽
我看了看,大概是提问的小伙伴自己没搞清楚自己想要什么,他自己给出来了一个非常丑陋的解决方案, 他实现如下:
生信技能树
2023-02-27
5790
安装退出历史舞台的R包
会根据包的情况自动跳转,这个包就进入了:https://cran.r-project.org/web/packages/customLayout/index.html
生信技能树
2022-07-26
6480
RNA-seq入门实战(九):PPI蛋白互作网络构建(上)——STRING数据库的使用
连续两次求贤令:曾经我给你带来了十万用户,但现在祝你倒闭,以及 生信技能树知识整理实习生招募,让我走大运结识了几位优秀小伙伴!大家开始根据我的ngs组学视频进行一系列公共数据集分析实战,其中几个小伙伴让我非常惊喜,不需要怎么沟通和指导,就默默的完成了一个实战!
生信技能树
2022-07-26
5.3K0
通过R包UCSCXenaTools链接UCSC的XENA浏览器来探索TCGA等公共数据
类似的机构其实还是 MD Anderson Cancer Center 和 UCSC,其中UCSC的XENA浏览器就把TCGA等公共数据整理的工工整整。官网链接是:https://xenabrowser.net/
生信技能树
2022-07-26
7010
复制粘贴就能运行的100套R实战演练代码也有错误
前面整理了100多套R代码,因为时间跨度有点长,而且公众号写作后没办法修改,所以安排实习生进行代码审查,看看是不是确实复制粘贴就可以运行。
生信技能树
2022-06-27
8470
往前一步是优秀,退后一步是懵懂
我们的生信入门班和数据挖掘线上直播课程已经有了三年多的历史,培养了一波又一波优秀的生信人才。前面提到R语言授课时的超纲练习题,已经分享过两位优秀学员的答案。
生信技能树
2022-06-27
6330
超纲练习题不超纲
我们的生信入门班和数据挖掘线上直播课程已经有了三年多的历史,培养了一波又一波优秀的生信人才。本期分享的内容不是课堂上讲的,而是给了踮一踮脚能做出来的超纲练习题,启发学员主动学习,而不是一味等待投喂。
生信技能树
2022-06-27
5750
一波三折终于在R里面读入了这个Excel表格
换成read.table() 后 (我也不知道自己为什么会这样思考,换函数肯定是不对的,但是初学者就是需要勇于探索,在碰壁中成长)
生信技能树
2022-06-08
5580
学习order函数的记录
看到这个问题的时候,我是不知所云的,因为课堂上只讲过order(x),没有出现order(x,y),不理解其运算逻辑,就不能理解函数的结果。因此我整合了order( )函数从基础到上述问题解决的学习过程,仅供参考!
生信技能树
2022-06-08
9940
学习R语言里的排序函数
我们的生信入门班和数据挖掘线上直播课程已经有了三年多的历史,培养了一波又一波优秀的生信人才。新一期的生信入门班学员热情高涨,他们富有探索精神,又乐于助人,这是一个在帮助别人的过程中自己也获得进步的例子,令我们非常开心。
生信技能树
2022-06-08
1K0
从 R 绘图入门看 R 语言学习方法论
因为一些网络素材引用不规范,我们的这个笔记被网络吞掉了一次。很多朋友在公众号后台催更,还好鲍志炜抽空抢救回来了,不负大家的等待。
生信技能树
2022-06-08
8750
记录单细胞学习过程中的两个R包报错
1.SeuratData包,因为学习单细胞测序的很多示例数据全在这个包里,所以这个包的出镜频率其实是比较高的,但是我在成功下载后library出现了如下报错
生信技能树
2022-06-08
2.8K0
Mac电脑安装自己的conda
打开conda官方网站,查看版本和下载链接:https://repo.anaconda.com/miniconda/
生信技能树
2022-03-03
1.5K0
套娃一样的conda和r
一般来说, 假如大家有一些R包安装非常困难,或者某个数据分析的流程基于了一系列R包,我们会使用conda来安装R语言及其配套的R包,比如:singlecelltk和singlecellsignalr,很简单的几句话代码,主要是安装适合自己用户的R语言环境及相关的R包:
生信技能树
2022-01-10
1K0
你不需要真的这个包,而仅仅是需要它里面的数据
实际上,但凡学过一点点R语言的,都知道如何下载这样的R语言源代码压缩包文件来进行安装。实际上,这个包的 的官方说明书也写的很清楚:http://research-pub.gene.com/IMvigor210CoreBiologies/
生信技能树
2021-12-24
1.3K0
使用conda配置一个单细胞数据分析环境
这个时候,你无需理会你的服务器的R语言版本或者R包啦,因为你每次都会 conda activate r 激活你自己的R语言环境哦。我们在这个环境里面安装了 bioconductor的 singlecelltk和singlecellsignalr,因为它们本身就会依赖大量的其它R语言包,所以理论上这个时候你的这个 conda activate r 小环境,已经是比较好的可以用来做单细胞转录组数据分析的啦!
生信技能树
2021-11-25
2.1K1
R包安装失败居然真的是版本问题
我下意识的认为他应该是有其它错误,但是看大家在群里讨论的热火朝天, 我就去试了试。首先看了看最原始的安装方式:
生信技能树
2021-10-12
3.6K0
使用R语言的parallel包调用多个线程加快数据处理进度
使用方法非常简单, 就是 makeCluster 函数定义好需要并行计算的线程数量,然后之前的apply家族循环就区别在函数名字前面加上par的签字,比如 lapply就替换成为了 parLapply 函数。
生信技能树
2021-10-12
4K0
在非Linux系统的电脑也可以使用命令行工具操作R语言
而在个人电脑,通常是Mac或者Windows,都是直接使用界面版本的rstudio更方便的交互式使用R语言。交互式的好处是所见即所得,每个代码随时响应随时看到效果,尤其适合各种各样的统计可视化需求。
生信技能树
2021-10-12
1.2K0
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