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如果R代码一定要访问github链接导致运行失败
github
代理
代理服务器
函数
解决方案
然后我在运行immunedeconv包里面的mcp_counter时候，发现它需要访问一个在github的文本文件：
生信技能树
2023-10-23
168
0
批量安装一系列github上面的R包
github
api
https
com
tar
ConsensusTME DoubletFinder EPIC MCPcounter SCENIC SCEVAN SCopeLoomR VISION copykat cpbnplot depmap ggforestplot immunedeconv jjAnno mMCPcounter presto scMetabolism spatstat.core tgutil xCell yaGST
生信技能树
2023-09-19
424
0
假如审稿人让你把单细胞数据挖掘代码上传到github
数据挖掘
github
数据处理
工具
工作
而且不得不说，github在生物信息学领域的重要性，之前我们介绍过代码海洋，详见：《代码海洋-你想模仿的这里都有啊》，比如《单细胞天地》公众号分享的文献：单细胞转录组揭示肺腺癌特有的肿瘤微环境，就是配全部的代码。也有专门的github收集整理的更加齐全，而且还分门别类整理好了，详见：https://github.com/genecell/single-cell-papers-with-code
生信技能树
2023-09-04
242
0
搞生物信息学怎么能不使用Git和GitHub
git
github
工具
工作
管理
这篇文章的标题是“利用Git和GitHub的十条简单规则”，作者是Yasset Perez-Riverol等人。这篇文章主要讨论了如何有效地使用Git和GitHub来管理和推动项目。以下是文章的主要内容：
生信技能树
2023-09-04
210
0
Python也能画漂亮的complex heatmap？
javascript
python
https
github
对于经常用R语言来画图的科研工作者来说，应该对ComplexHeatmap（https://jokergoo.github.io/ComplexHeatmap-reference/book/）很熟悉了吧。这个包画的热图，既专业又漂亮。
生信技能树
2023-02-28
1K
0
使用MuSiC以及MuSiC2来根据单细胞转录组结果推断bulk转录组细胞比例
github
git
开源
数据库
sql
这些工具都是依据肿瘤病人的转录组测序表达量矩阵进行的分析，也有几百篇类似的数据挖掘文章了，它们总是喜欢落脚到estimate或者CIBERSORT结果的预后意义。
生信技能树
2023-02-28
970
0
scATAC-seq| motif 分析
github
git
开源
数据库
sql
但是没有能坚持下来，其实文章给的配套github代码非常齐全了，就是需要花时间钻研和解读。
生信技能树
2023-02-28
1K
0
scATAC-seq| 可视化DARs
github
git
开源
腾讯云开发者社区
https
但是没有能坚持下来，其实文章给的配套github代码非常齐全了，就是需要花时间钻研和解读。
生信技能树
2023-02-28
603
0
R版BBKNN整合去批次
编程算法
github
git
开源
r 语言
之前我有测试过很多整合去批次的算法，例如CCA，RPCA，harmony，LIGER等：
生信技能树
2023-02-27
863
0
三个buff都不能让你成功getGEO吗
github
git
开源
https
网络安全
一番搜索，发现是GEOquery更新过后，downloadFile这个函数做了改动。
生信技能树
2023-02-27
568
0
相关性热图、圈图、弦图（笔记）
github
git
开源
如下所示，可以看到有多个样品，每个样品都有多个基因表达量，这个时候我们比较关心的是这些基因的表达量相关性（在多个样品），基因与基因之间有两两组合相关性：
生信技能树
2023-02-27
1.6K
0
整合单细胞数据和Bulk数据的多种方法（二）：R包Scissor
编程算法
github
git
开源
https
上个帖子介绍了整合单细胞数据和Bulk数据的最新方法scAB，整合单细胞数据和Bulk数据的多种方法（一）：R包scAB。除了scAB以外，衔接单细胞数据和Bulk测序数据的方法还有Scissor， scPrognosis 和DEGAS 等工具。本系列文章计划依次介绍这些算法，提供给大家更多的选择。本文将继续介绍Scissor算法。
生信技能树
2023-02-27
2.1K
0
整合单细胞数据和Bulk数据的多种方法（一）：R包scAB
编程算法
github
git
开源
最近刷到NAR最新的一篇算法文章《scAB detects multiresolution cell states with clinical significance by integrating single-cell genomics and bulk sequencing data》，DOI10.1093/nar/gkac1109。通过整合单细胞基因组学（包括scRNA-seq和sc-ATAC-seq数据）和Bulk RNA 测序数据及表型信息，在这里作者提出了一种称为 scAB 的新算法。
生信技能树
2023-02-27
1.8K
0
终于轮到aspera高速下载的方式被抛弃了吗
数据库
sql
数据分析
github
https
但是读者多了之后我接受到的大家的反馈就是从ncbi的sra数据库里面下载sra文件实在是太慢了，因为我做演示的服务器在境外，所以自己压根就没有意识到这点。但是陆陆续续有小伙伴告诉我应该是使用aspera从ebi的ena数据库直接下载fastq文件即可，高速而且还少了一个sra文件转为fastq的步骤。所以后来我也开始在日常更新的公众号里面推荐这个方法，就是参考：使用ebi数据库直接下载fastq测序数据 , 需要自行配置好，然后去EBI里面搜索到的 fq.txt 路径文件：
生信技能树
2022-12-16
535
0
马上都2023了，但是CNS级别单细胞文章仍然是使用monocle2
https
github
网络安全
git
开源
其实大家简单的搜索就能发现 trapnell 实验室虽然出了 monocle3 ，而且写的很清楚：Monocle 2 and Monocle 3 alpha are deprecated， Please use our new package, Monocle 3 ，如下所示的链接 ：
生信技能树
2022-12-16
1.9K
0
升级了R4.2的好处
github
git
开源
然后重新安装了最新版R，并且重新一次性安装了一千多个包，这次居然有意外收获，莫名其妙的我可以在线直接安装GitHub包啦：
生信技能树
2022-07-26
1.3K
1
听说你的拟时序图跑的像蜈蚣
腾讯会议
github
https
git
开源
文章是：《Defining the emergence of myeloid-derived suppressor cells in breast cancer using single-cell transcriptomics》，数据集是：GSE139125
生信技能树
2022-07-26
1.8K
0
批量运行多个R脚本
github
linux
https
git
开源
如果把这些R代码文件一个个打开，然后一个个运行，工作量也不小，所以我们推荐一个技巧：
生信技能树
2022-07-26
1.8K
0
ProTICS 揭示了不同分子亚型中肿瘤浸润免疫细胞的预后影响
tcp/ip
git
github
开源
数据处理
这是生信技能树知识整理工作的第2个文档，前面的是：基于支持向量机模型的TNBC的分子亚型预测
生信技能树
2022-07-26
548
0
快速将rmd文件转化为R纯代码文件，你喜欢吗？
github
https
git
开源
网络安全
但是这样的入门，远远不够，一般来说看几十个甚至上百个各个方向的R包的文档是躲不过去的，而R包文档往往是以 rmd文件的网页形式给出来 ，比如 scRepretoier结果 -> 传入 Seurat，这个很完整的解决方案就需要看文档。都在 https://ncborcherding.github.io/vignettes/vignette.html 基本上就需要大家根据这个文档慢慢的一步步复制粘贴代码去运行，才能体会 Interacting with Single-Cell Objects的技巧 ；
生信技能树
2022-07-26
958
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